心生退意的程勇遇到深夜造访的张长林，张长林说像程勇这么卖药，最多半年肯定就要被抓，第二天张长林举报，警察搜查，药神小队虽然逃过一劫，可程勇的心理防线崩溃了，他还有儿子和老爹需要照顾，他不能坐牢。
火锅店，药神小队散伙，黄毛摔碎就被，扎的自己满手是血，吕受益也再次戴上自己的口罩，所有人不欢而散。
一年后，拿到大笔钱的程勇开起来一家纺织厂，而吕受益的妻子则跪倒在程勇身前，向程勇求药，原来张长林把仿制药涨到两万，吃不起要的病友举报，药被警察抄了，程勇脑子里都是今天的大生意，可吕受益的妻子说，吕受益尝试割腕自杀了。
程勇去看吕受益，听着他清创是发出的惨叫，程勇内心无比挣扎，因为没有了代理权，这次程勇为了吕受益绝对只身赴印度购药。
开篇神油店的神像再次出现，印度街道上先是抬过蓝色的湿婆神像，湿婆大神象征毁灭和重生，然后是黑色的迦梨女神，迦梨女神的雕像同样曾在神油店出现过，象征杀戮，一手镰刀，一手人头，人头下是盘子，传说迦梨女神用镰刀砍下恶魔的头颅，但恶魔的每一滴血滴在地下都会复生，所以迦梨女神用盘子接住恶魔头颅滴下的血，迦梨女神战胜了恶魔，但自己也变得嗜血，迦梨女神疯狂踩踏大地，生灵涂炭，湿婆大神躺在迦梨女神身下，用自己的身体来平息迦梨女神的怒火。
隐喻程勇在成为药神之前，必将走弯路，也必将有人成为他脚下的献祭！
紧接着，献祭来了，吕受益不想在拖累家庭，在医院卫生间自杀，老吕的妻子拒绝了程勇的钱，也拒绝原谅程勇，程勇出门，之前受过他恩惠的病人全都带着口罩，目光冷漠，之前他受到的所有尊重，在这一刻荡然无存。
拥挤的楼道，要命的窒息感，压的人喘不过气来。
老吕的死让程勇决定重新卖药，可药神小队已经不在信任这个曾经逃跑过的伪神，直到程勇宣布这次卖药的价格是五百。
五百是进货价，算上运费，他这次是赔本卖药。
程勇的决定让黄毛回归了，先前黄毛加入时，程勇曾擦着一个神像，是猴神哈努曼，在印度神话中，哈努曼是罗摩王子的朋友和仆从，他们一起对抗恶魔。
黄毛回归，哈努曼回到了罗摩王子的身边，程勇距离封神已经不远了。
程勇劝黄毛抽空回趟老家，黄毛全片第二次露出轻松的笑容，他是真的打算回家看看了，他甚至已经买好的火车票。
夜里，警方突击逮捕了所有买仿制药的患者，所有人都不愿意供出程勇。
一个老太太摘掉口罩，最近而恳切地话语直击曹斌灵魂。
“我就是想求求你，别再追查印度药了行吗？我病了三年，四万一瓶的正版药我吃了三年，房子吃没了，家人被我吃垮了，现在好不容易有了便宜药，你们非说它是假药，这药假不假，我们能不知道吗？这药才卖五百块一瓶，药贩子根本没赚钱，谁家能不遇上个病人？你就能保证你这一辈子不生病？你把他抓走了，我们都得等死，我不想死，我想活着，行吗？”
老太太的话，镜头下无数绝望的病人，这一刻曹斌开始动摇，而屏幕前绝大多数的观众，这一刻眼角都涌上了泪水。
很多人都在偷偷抹掉眼泪，那些戴眼镜的观众最为明显。
第一排，先前还觉得程勇这个角色唯利是图，怕这部电影对或丈夫或父亲或伯伯的减刑没什么作用的三人，此时更是早已泣不成声。
夜里逃亡的张长林找到程勇，一句“我卖药这么多年，发现这世上就只有一种病——穷病！”，让影院里的所有人陷入沉思。
程勇走私救人没错，药厂报警维权没错，患者卖药保命没错，警察执法打击走私没错，全片仿佛没有真正意义上的恶人，似乎全片唯一的恶人就是假药贩子张长林，可是他在面对警察审讯的时候，却选择一个人抗下所有罪名，没有透露一句程勇的线索。
在最后一次接货途中，警方发现了他们的行踪，彭浩发现警察，他骗过程勇，独自开车引开警察，他不想程勇暴露，决定自己抗下一切，程勇第一次称他浩子，而不是黄毛，当彭浩冲出重围，露出全片第三次微笑，一辆大货车突然出现，撞在彭浩的车上，警察将彭浩送进医院，程勇从凡人到药神的第二次献祭到了，彭浩死了。
程勇崩溃大喊：“他才二十岁，他只想活命，他有什么罪！”
曹斌再也无法旅行职责，向领导请辞。
彭浩的遗体、照片、和一张回家的火车票，程勇痛不欲生。
他把千辛万苦争取来的儿子抚养权还给前妻，至此，程勇终于放下一切，药神归位了。
拉刘牧师入伙时的调侃成为程勇的写照，程勇从凡人修成药神，只做一件事，我不入地狱谁如地狱，放下一切私欲，凡人也能成神。
印度药厂被查封，程勇这次以2000元的价格从印度药店回购格列卫，但回到国内，他依然只卖五百元。
同时，以前因怕被抓而不敢向外省卖药的程勇这次让思慧开始联系外省的患者。
程勇知道他距离被抓的日子不远了，他要在被抓之前尽可能多的帮助一些人。
最后一次送药，程勇被抓，他面无表情，显然对这一天他早有准备，可是看着买到药的患者纷纷跑回来，他表情万分惊恐。
程勇最终被判有期徒刑五年，在服刑的路上，上千名患者沿途相送，押解程勇的警车路过的时候，每个患者都缓缓地摘下口罩。
仿佛是一场神圣的朝拜，连警察都察觉到异样，让警车放慢速度。
人生大事莫过于生死，救死扶伤者，当为药神！
程勇出狱，来接他的只有前小舅子曹斌，曹斌和他说别卖假药了，如今国家已经把格列卫纳入医保，每个人都吃得起。
妙手仁心普众生，徒留人间万古名，人家已经不需要他这个药神。
至此全片结束，也揭示了片名的由来。
影院里灯光亮起，观众缓缓站起，所有人都看者大荧幕上的字幕，久久不愿离去。
很多影迷都是奔着李浔导演的名头来的，来之前对这片并不是多么看好，因为根据以往经验，现实题材，想拍的好看太难。
可这部片子，已经不只是好看那么简单，而是震撼，一种从内心深处发出的震撼。