天聪九年（明崇祯八年，西历1635年）十月初二，继莽古尔泰出任正蓝旗旗主的爱新觉罗·德格类病死，随即，为了夺取正蓝旗，阿巴海以收买的正蓝旗梅勒章京冷僧机出面诬告同父异母的姐姐莽古济并姐夫索诺木。
由于当时阿巴海已经获得了后金的绝对权力，因此对于阿巴海对莽古尔泰一族的迫害，各旗权贵都绝口不言，生怕引火烧身，由此，坐视了莽古济最终被千刀万剐、额驸索诺木并正蓝旗甲喇额真屯布禄、巴克什爱巴礼等人无辜遇害。
消除了莽古尔泰一脉对正蓝旗的影响之后，阿巴海轻而易举的兼并了正蓝旗，并将正蓝旗与自己亲领的正黄旗混编重组，成为新的正黄旗和镶黄旗，随后，阿巴海又从新两黄旗之后分出8个牛录给予豪格统领的原镶黄旗，并将原镶黄旗改色为正蓝旗，这就是正蓝旗历史上的第一次大变动，至此阿巴海父子一举控制三旗兵马，不但在政治影响力上，而且在实控兵力上彻底压倒了代善父子所领的两红旗以及多尔衮兄弟所领的两白旗，为阿巴海登上帝位提供了最后、且最关键的保障。
在后金内部进行权力博弈的时候，崇祯皇帝鉴于洪承畴在关中消灭流寇计划的破产，对清剿计划做出了调整，遂以“淮抚兵二千三百、杨御蕃兵千五百扼南畿要害，护祖陵；以董用文兵五千走彰、怀（守河）；倪宠兵三千、牟文绶兵二千赴齐、豫之交，相机调遣；刘泽清推孤山副将，未行，令暂防曹濮；马爌移镇颍亳；陈洪范所募健丁三千，护陵；又以龙固关参将李重镇兵四千、辽东总兵祖宽兵三千，先后驰援河南”。
除了增调兵力之外，考虑到洪承畴“势不能舍秦入豫”的缘故，崇祯皇帝又任命时任湖广巡抚的卢象昇总理江北、河南、山东、湖广、四川五省军务，并规定了“寇在关内，属洪承畴，关外，属卢象昇”及“如秦寇尽入豫，则承畴剿西北，象昇剿东南；如贼复入豫，则象昇入关合讨”等分区讨剿的方略。
在这些正确的方略指导下，明军获得了一些成功。
其中，在高迎祥、张献忠等人转移后，坚持在陕西活动的李自成部因为洪承畴遣军邀击的缘故“不得渡河”，又因为明政府在各州县搞“坚壁清野”，导致严重缺粮，不得不“东西分窜”；洪承畴随即又“檄宁夏总兵祖大弼屯泾阳、甘肃总兵柳绍宗屯咸阳，副将曹变蛟扼潼关”，“合兵大破之”，迫使“闯将退屯兴平、武功、中部（黄陵）、宜君”，但又被明军接连击败，被迫退入秦岭。
又譬如，整齐王所部在汝州被官军击败，不得不退入河南府与闯王、扫地王、闯塌天等部联兵，以上各路“义军”连营“六十里”准备进攻洛阳，但被紧急赶来救援的辽东总兵祖宽、援剿总兵尚可喜两部练手在龙门白沙一线击败。
在不得已的情况下，闯王等部只能“东奔光州、固始，至霍邱，逼凤阳”，但此时的凤阳已经进驻了各路明军约六千多人，绝非“义军”轻易可以攻占的，所以，崇祯九年正月里，闯王、闯塌天、八大王、摇天动等7支“义军”裹挟沿途“数十万”百姓，越过凤阳城不攻，而疾攻滁州，并准备在夺取滁州后，南渡大江，威胁明廷的财富重地江南。
但回家省亲的行太仆寺卿李觉斯、滁州知州刘大巩率全城百姓死守滁州十昼夜，成功的为从河南赶来的卢象昇部争取了时间，“义军”遭到卢象昇部的急袭，当场“连营俱溃”，高迎祥手中最精锐的精骑也损失了两千余骑，让高迎祥等元气大伤。
高迎祥等部见无法南下，便决定甩脱明军后退回河南，但在撤回河南境内时，在途中于朱仙镇、汝州杨家楼、裕州（禹州）七顶山等地又多次受到明军的打击，“精骑逃死略尽”。
不过对于朱由崧来说，这些胜利根本算不得什么，因为，这一世他最重要的骨肉亲人之一的姚妃，因为尿毒症病发于崇祯九年二月二十日病逝了。