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经过四天时间，秦物与手下文武对“四总”辖下各个部门的设置、职能逐一讨论，终于将框架以及各部门的具体职责与权力论定。
如此重大的决定，涉及面如此之广，在四天时间内能讨论出结果，这绝对可用神速来形容，这样的事放到大明朝廷的话，没有一年半载时间，你休想有结果，甚至根本推行不了。
论定各部门的构架之后，最后便是人事任免了，这一点反而容易得多，没什么好争的，基本是由秦牧一言而决。
司马安被任命为总参谋长，蒙轲、马永贞、刘猛同为副职，三人虽为副职，但因他们手上都具体掌控有军队，实权上并不弱于司马安多少。
而在作战时，制定作战方案，兵力调度，特别是进行大规模的战役时，司马安又掌握着的调兵权。总的作战命令要由司马安下达。
当然了，秦牧这个“军委主席”掌握着战争的最终决定权。
总参下辖的最重要的一个部门是作战部。由何亮出任作战部部长。
作战部的核心职能是负责拟定作战计划。同时领导各军的战役战术训练；负责制订人员的补充、培养、分配和使用计划；
一言而遮之，总参谋部的其他部门都是为作战部服务的，拿总参军情部来说，它主要就是为作战部提供情报，供作战部有针对性地制定作战计划。
实际上作战部长才是除了总参谋长后的第一人。
总监察部归邵华管，前两天他提出让光棍之家纳入总参军情部，秦牧不但没有怪罪他，反而当场任命他为总监察部部长，原因是秦牧觉得他的提议不是出于私心，因为总参军情部并不归他的监察部管，他的提议不存在争权夺利的心思。
相反，秦牧觉得他是个有坚持的人。总监察部的实权并不弱于总参多少。以后军队中的佥事（政委）都将由总监察部派出，掌握着监督军中将领、以及士兵的功过赏罚大权。因此，总监察部长必须是个有坚持，有原则，公正无私的人。
总后勤总秦牧交给了堵胤锡。
堵胤锡，字仲缄，生于明神宗万历二十九年（公元1601年），宜兴屺亭镇前亭村人，崇祯十年（1637年）中进士。
他任长沙知府期间。有山贼萧相宇作乱，数败官兵。堵胤锡率乡兵破贼，杀贼魁，遂以知兵出名。
张献忠南下湖广时，湖广总兵尹先民等人开长沙城门投降，堵胤锡义不从贼，被投入狱中折磨得奄奄一息，还好秦牧很快夺回长沙，救了他一命。
因感激秦牧救命之恩，同时对大明极度失望。堵胤锡毅然投入秦牧门下，到目前为止，他是秦牧手下原来官职最高的人。
因为他能力出众，秦牧任命他为总后勤部部长大家都没有什么异议。总后勤部长平时是一个肥差，但战时却绝对是个苦得不能再苦的苦差，而可以料想，接下来将是战争不断。因此也没几个人羡慕堵胤锡，甚至还有人向他投去了同情的目光。
总装备部长则由吴晋锡担任。
吴晋锡，字梓授。江南吴江人，原是武昌推官，张献忠破武昌时被叛军挟持，朝廷以为他已从贼，革职入罪。秦牧破长沙时，一并将他救出，后一直帮着刘伯全打理“户部”。
吴晋锡爱好道学，精于太乙奇壬之术，同时精通各种“奇技淫巧”。这也是秦牧将总装备部交给他的原因所在。