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清军大败，秦军连破徐州、凤阳、寿州的消息传到福建，郑芝龙忧心忡忡，他一边稳住甘南，一边暗中筹备攻台事宜，修葺船只，整顿军队，准备粮草与武器，一切做得很隐密。
秦元年十二月二十三日。郑家的舰队在金门料罗湾集结完毕，共计两万五千人马，数百艘战舰，由郑芝豹率领，浩浩荡荡，扬帆离开海港，向东驶去。
这次攻打台湾岛，郑家军士气还是很高的。因为他们曾多次击败荷兰人。
荷兰人是在明朝天启四年五月被大明水师在澎湖击败后，才退到台湾南部的。也是颜思齐与郑芝龙等人密谋推翻日本幕府，未果而逃向台湾岛、并开始了台湾大拓荒的一年。
郑芝龙接受明廷招安后，活动范围渐渐转移到了福建沿海地区，对台湾的控制力下降了很多。荷兰人趁机不断坐大，并曾试图打破郑芝龙在远东贸易的垄断地位；
双方开战几回，基本都是以荷兰人失败告终，尤其是在料罗湾那场大海战中，荷兰人遭到空前的惨败。
和普通士兵的乐观相比，主帅郑芝豹却没有那么乐观，他对荷兰人的情况比较了解，知道这是一场硬仗，可不好打。
这几年来，荷兰人在台湾的实力在不断加强，他们虽然只筑了两座城，热兰遮城与赤嵌城。这两座城堡也与中国的城池不同，面积不大，但是纯粹的军事用途，非常坚固，一般火炮怎么轰也奈何不了它。
荷兰人在岛上的驻军目前有一千八百人，听起来虽然人数不多，但是他们的武器装备非常精良。
首先荷兰人的大型战船非常利害，郑之豹他们称之为夹板船。这种夹板船由两层甲板所构成、它采用了被调低的船首，以及延长了的船身，令它在水面航行时有着前所未有的稳定性；同时减低了其前舷的风阻；
每艘舰配备有三至五根桅杆，除了最后一根桅杆使用三角帆外，它大多都配以横帆作为船帆，航行速度得以提高，亦易于操舵。
每艘夹板船装备有二十五门以上的大炮，最多者多达四五十门。火炮威力要比郑家军强大；其次荷兰人基本上都使用西洋人制造的最先进的来复枪。这种来复枪据说射程远，精度高，威力非常惊人。
这次郑芝豹足足带了两万五千人马。五六百艘战船，如此兴师动众，就是出于对荷兰武器精良的忌惮。对于郑家来说，此战必须取胜，否则郑家就连条个安身之所都没有。
怀着这样的心情，郑芝豹率领着浩大的舰队顺风东去，第一天的航行非常顺利，次日，舰队抵达澎湖列岛。
在澎湖列岛休整一天后。郑家舰队继续向东航行，但遇上了大雾，好在郑芝豹他们这对附近的航道比较熟悉，到了中午。大雾散去，碧空如洗，万里无云，郑芝豹下令满帆全速前进。
次日拂晓。舰队抵达台湾岛外沙线，天亮时，驶抵鹿耳门。此时天下起了大雨。海上一片苍茫，而且此处暗礁很多，再前进十分危险。
士兵们因此变得躁动不安起来，有将领劝郑芝豹暂时退去，等天气转好之后再来进攻。
郑芝豹知道一但退去，士气必定低落，于是鼓舞大家道：“这雨早不下迟不下，这个时候才下，正是老天爷在帮助咱们，为咱们隐藏行踪。红毛鬼子一定想不到咱们会在这样的天气来攻打他们，大家不要怕，咱们只要坚持住，必定能打红毛鬼子一个猝不及防。”
赤嵌城与热兰遮城离得不是很远，临海一面有许多小岛屿，进入的航道主要有两条；
一条为北航道，又称为鹿耳门港道，这条港道水文条件十分复杂，港道曲折迂回，且水深较浅，水底皆沙，纵横布列，大船进入十分困难。只有熟悉航道的人才能从稍深处觅港出入，港路窄狭，仅容两艘船平行。