孙泰如果就此做官，放弃传教，可能会是一世荣华。然而，信仰的力量是穷的，孙泰在做官的同时，继续传播五斗米教，教徒遍三吴，这引起了一个豪门大家的担忧。
谢家。
谢家的大本营，在会稽（绍兴）一代，东晋著名山水田园派诗人谢灵运曾经用《山居赋描绘过他们谢家在会稽的庄园的壮观景象。如今，五斗米教在会稽壮大，引起了谢家对家族财产及人身安全的担忧。
不久，一封称孙泰要谋反的奏章，从会稽进了建康城。在豪门大家和孙泰之间，司马元显很快做出选择—杀孙泰。
孙泰的侄子孙恩逃到了舟山群岛上，得到众多教徒的拥护，随时准备为叔叔报仇。
司马元显显然没把孙恩这个流亡到岛上的道教徒放在眼里。他心里只想着怎么对付桓玄、王恭、殷仲堪等这些割据地方、不听招呼的军阀。
当年，东晋朝廷为了抗衡荆州、扬州军，组建了北府兵。如今北府兵也成了地方军阀，那只有再组建新军为中央所用。
组建新军得需要钱，钱从哪里来？
荆州、江州、雍州？不可能，那里的钱是养桓玄等人的兵的。江淮地区？也不可能，那里是养本来的中央军、现在的地方军北府兵的。那么，对不起，这项税收就只能来自三吴地区了。
三吴地区，即吴郡、吴兴、会稽。这疙瘩是富足，但再富足也经不起中央和地方士族豪门的双重剥削，三吴百姓颇有怨言。
组建新军钱的问题解决了，人从哪里来呢？
东晋实行世兵制，即把普通百姓户籍化为两种，一是民户，二是兵户，兵户世代为兵，受国家随时征调。东晋常年打仗，不是跟北方打，就是自己内部打，兵户本来就越打越少，现在又要组建新军，哪里去找这么多人呢？
司马元显还是有头脑的，他把目光瞄准了一类人—客。
客是什么？东晋的农民也分两类，一类是豪强地主在自家的庄园经济中拥有的附属农民，另一类才是国家控制的编户农民。
庄园经济中的这些农民又有两种编制，一是类似于奴隶身份的，一类是本来是奴隶身份但后被赋予相对人身自由的半自耕农，称为“免奴为客”，但这部分也不能说随便就可以离开地主主人。
司马元显就把目光瞄准了这部分“免奴为客”的人。他以朝廷的名义下了道命令，宣布赦免这部分客为自由身，可离开地主，当然，得有个条件---必须当兵。
司马元显自以为办了件妙事，把这部分人称为“乐属”，大体意思就是成为自由人后欢欣鼓舞、情绪稳定。
但是，这道命令却惹来了社会各阶层的一致反对。
三吴地区的地主们当然不乐意，大批属于自己的劳动力朝廷一纸文书就给弄没了，而且别的地区不搞，为何单单在我们这搞？
被“乐属”的客们也不愿意，好不容易从奴隶提高了一下社会地位，成了半自耕农，生活也有保障，这下好，一下子成了把脑袋拴到裤腰带上的士兵，还美其名曰“乐属”。乐你个头，以为我们傻呀，我们精的跟猴似的。
民怨沸腾，孙恩瞅准了机会。
399年11月，孙恩从舟山群岛率教徒登陆，起兵反晋，东南八郡纷起响应。
继东汉黄巾军之后，道教徒的第二次大规模起义就此爆发。
东晋朝廷忙派精锐部队北府兵前往镇压，领军的一个叫谢琰，另一个就是大名鼎鼎的刘牢之。
谢琰，一看这个姓，就知道是著名豪门贵族陈郡谢氏家族中的人物。刘牢之则是淝水战役中大破前秦王苻坚的北府名将。
在镇压孙恩起义的战斗中，孙终将部将刘裕推荐给刘牢之，刘裕毫征兆的迎来了自己一飞冲天的机会。
平定孙恩叛乱中，刘裕屡次充当先锋，披坚执锐，冲锋陷阵，其不仅作战勇猛，而且长于谋略，指挥有方，善于以少胜多，因此逐步擢升。
凡成大事的将领，都有一个普遍的特点--军纪严明，善于走群众路线。刘裕也不例外。
镇压孙恩叛乱的战斗中，东晋诸多部队，包括刘牢之的部队，军纪败坏，暴掠涂炭百姓。唯有刘裕治军整肃，军纪严明，深受百姓好评。
因镇压叛乱有功，刘裕被封为建武将军，领下邳太守。刘参谋一下子由处级干部升为正厅级干部，在东晋朝廷名声鹊起。
孙恩在刘牢之、刘裕北府兵的打击下，退兵困守海岛。然而经此折腾，东晋的国力大受消耗，京城防务也遭到削弱，这又给了另一地方军阀叛乱的信心。
桓玄。
桓玄坐拥荆州、江州，利用便利条件，截断了长江通往首都建康的漕运，并频频向司马元显挑衅。
司马元显知道，这场战争是不可避免了，决定先发制人。他派心腹谋士、庐江太守张法顺去联络北府兵将领刘牢之。
勇猛的武将，气质类型一般为胆汁质，普遍城府不深，做不到胸怀激雷而面如平湖。张法顺从刘牢之的表情上看出，刘牢之对讨伐桓玄,不太情愿。
张法顺也是个狠人，劝司马元显杀掉刘牢之。
正要依靠北府兵，杀其将领，这种事司马元显不干。张法顺见劝不动司马元显，又献了一计，可让刘牢之死心塌地的跟中央一起讨伐桓玄。
此计是，先让刘牢之诛杀在建康的桓玄的叔伯兄弟桓谦（桓冲的儿子），以彻底跟桓玄决裂，牢牢的跟自己绑在一起。
桓家兄弟们虽然小时候斗鹅玩腹黑，但那毕竟是孩提时代的事，堂兄弟们之间的感情还是相当好的。张法顺的这一计，可以说是即狠毒又有极效。
而司马元显的做法，却令张法顺大吃一惊。他不但没照张法顺说的做，反而委任桓谦为荆州刺史。
司马元显有自己的想法，一他不想把刘牢之逼的太紧，二是他知道桓家在荆州的威望，试图以此收买人心。
准备妥当，司马元显自任大都督统帅中军，以刘牢之为前锋，以司马尚之为后军，向荆州进发。此时，刘裕正在刘牢之军中。
本次征讨，刘牢之的心情是复杂的。因为，他的营帐中早就来了一个人。
桓玄的使者，已经来劝降了。
自东晋太元二年(377年)﹐他应募参加兖州刺史谢玄组建的北府兵开始，先是任一小参军，后因战功擢升为鹰扬将军﹑广陵相。南北淝水大战中，正是他刘牢之亲率精兵5000夜袭驻洛涧，击溃十倍于己的前秦军，对整个战争的胜利起了重大作用，并因功封龙骧将军﹑彭城内史。
后来谢玄的北伐﹐他刘牢之也是主将，相继收复了河南﹑山东﹑陕西南部等地区。
镇压孙恩的叛乱，自然也少不了他刘牢之。
然而，他却始终成不了封疆大吏。荆州、江州、扬州等州刺史，从来没人考虑过他，只因为他出身庶族将门，非士族豪门。有的人一出生就在罗马，有的人一出生就沦为牛马。万般皆是命，半点不由人。
因他执掌北府兵，王恭拉拢过他，司马元显拉拢过他，桓玄也拉拢过他。但他心里清楚，这些人从来都没真正瞧得起过他，只因为他的出身，这些士族豪门的子弟只是把他当作鹰犬驱使。
他因背叛王恭，才得到了征西将军﹐都督兖﹑青﹑冀﹑幽﹑并﹑徐﹑扬州和晋陵诸军事的地位。如今，司马元显与桓玄又开始互咬，他刘牢之又被当做鹰犬拉了出来。
怎么办？唯有在司马元显和桓玄二人之间做个选择。
这个选择，是异常艰难的。
深夜，大帐外繁星满天，大帐里烛火跳跃，刘牢之背垂双手踱来踱去，心也在左右摇摆。回想起本次出征出发前，他去拜见司马元显的那一幕，令他做出了最终的选择。
本次出征前，刘牢之从京口驻地赶到建康，想去拜见司马元显。门人多次去通报，司马元显竟然不见他，因为，他喝醉了。
直到大军开拔，白痴皇帝、晋安帝司马德宗出来饯行，刘牢之才见到司马元显。
庶族武将的出身，本来就令刘牢之极不自信，不自信的人神经一般都特别敏感，王恭的傲慢态度令他恼怒，才有了那次决定王恭命运的阵前倒戈。
司马元显，你，就做第二个王恭吧。
刘牢之派儿子刘敬宣到荆州军中投降。外甥何忌和刘裕苦劝，开弓没有回头箭，刘牢之不听。
为安抚刘氏父子，桓玄设宴款待，还陪同刘敬宣参观名人书画展。对桓玄的这番忽悠，荆州在陪的官佐们都相视而笑，但刘敬宣竟毫察觉。
北府兵倒戈，桓玄荆州军顺利攻入石头城，建康陷落。
桓玄斩司马元显、司马尚之、张法顺等人，还有一个人也被斩。
此人就是，庾楷。
前文已有述，王恭二次反叛时，豫州刺史庾楷是其同盟。被司马元显击败后，庾楷只得投靠桓玄，被桓玄任命为武昌太守，由省部级干部成了厅级干部。
庾楷一直在左右摇摆，在桓玄与司马元显的对立中，他暗中选择了投靠司马元显，答应做司马元显在桓玄阵中的卧底，事泄，被桓玄下令干掉。
桓玄又罢黜司马道子的相权，借白痴皇帝司马德宗之手，封自己为丞相、录尚书事、都督中外诸军事，实际的军政一把手。
叔伯兄弟桓谦为尚书左仆射，即国务院副总理，作为自己在中央的助手。地方重镇，均由桓家子弟担任刺史：桓玄的弟弟桓伟为荆州刺史，叔伯兄弟桓修为徐兖二州刺史，叔伯兄弟桓石生为江州刺史。
杀完司马元显一党，布完中央和地方的局，桓玄准备给刘牢之安排一个好归宿。
桓玄任命刘牢之为会稽内史，就是郡太守，绍兴市市长。
刘牢之的根基在京口，政治资本是北府兵，桓玄的这一任命，用意昭然若揭。之后，刘牢之性命能不能保得住，得看桓玄的心情。
刘牢之恐惧异常，儿子刘敬宣主张立即起兵攻杀桓玄，刘牢之也想做最后一搏。
然而，北府将领们的态度，几乎令他绝望。
刘牢之问刘裕：我们去广陵（扬州）联合我女婿、广陵相高雅之，举兵匡扶社稷，你能跟我一起去吗？
刘裕即气愤又奈：将军你空拥强兵数万，说投降就投降了。桓玄现在控制天下已成既定事实，你还想去广陵，广陵是你的地盘吗？要去你去，我只有脱下军装回老家京口了。（将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。--《资治通鉴）
刘牢之又集合北府兵其他将领，但部将刘袭的话代表了北府将领们的态度：将军你先背叛王恭，又背叛司马元显，现在又要造桓玄的反，一人三反，反复常，岂足以托命矣？！(语毕，趋出，佐吏多散走--《资治通鉴)
左右摇摆，跟谁反谁，当世吕奉先，与三姓家奴一样，谁还把你当老大跟着混？
刘牢之在北府兵中的威信尽失。
奈，刘牢之派儿子刘敬宣去京口接家眷，准备跑路。
刘敬宣有事耽搁没及时回来，刘牢之心惊，以为谋反之事败露，赶紧率随从过江。
路上，刘牢之越想越懊恼，竟自己找了根绳子，吊死了。
淝水大战中，把大秦天王苻坚都惊得风声鹤唳、草木皆兵的一代虎将，北府之胆，就这样跟后世的魏忠贤一样，“投缳道路”，窝窝囊囊的挂了，令人唏嘘嗟叹。
人的强大，不在于你外表的威武雄壮，而在于你有颗大的心脏。内心强大到混蛋，你才能成为真正的王者。
刘敬宣接了家眷，却得知父亲自杀的消息，急忙逃往广陵投奔妹夫高雅之。后二人起兵反桓玄，失败后，北投南燕慕容德。
气场不行的刘牢之自绝于世，气场爆high的刘裕则得到了桓玄的欣赏。桓玄为绝后患，连杀高素（高雅之父亲、刘牢之的亲家）、刘袭、刘季武等北府旧将。但，他却留下了刘裕。
刘裕审时度势，暂时投靠桓玄，假意对桓玄推崇有加，韬光养晦。
桓玄自感已杀尽了北府兵一众大佬，后患基本消除，这支部队还是有利用价值的，鉴于刘裕在北府兵中威望颇高，留下他加以拉拢，还有用。桓玄做的这个决断，是对还是呢？且看。