但是，洪述祖此人实在是不争气。在被重用为井陉矿务局总办时，任内与法国东方汇理银行签订合同，以井陉矿务局的资产为抵押来借款七十五万两库平银，引起舆论非议，披露并批评他贪图回扣而出卖国家利益。
宣统二年（1910年）十二月，新任直隶总督陈夔龙弹劾他“办事荒谬”，遂被革职，留住天津。
他任职时应该是捞了不少油水，故而在天津过着奢华的生活，并结交了原民政部侍郎赵秉钧。
因对清廷不满，辛亥革命时，他与其姻亲赵凤昌在暗中活动，图谋推翻满清。曾亲拟退位诏稿（未被采用）。因此他后来常以“革命元勋”、“共和功臣”自居。
袁世凯成为大总统后，赵秉钧被任命为内务总长，洪述祖被当时的国务总.理唐绍仪推荐为内务部秘书。
纵观洪述祖为官，可谓“招权纳贿”、“名誉甚劣”。
一九一三年一月二十二日，洪述祖偕应桂馨南下上海，负责调查欢迎国会团，一月三十一日离沪北返。
在上海，洪述祖、应桂馨注意到了国民党对袁世凯政权的威胁，因此他们在袁世凯的默许下，先计划搜集国民党领袖孙中山、黄兴、宋教仁的黑材料与负面消息，试图将其散布到社会，但未能得逞。
在“宋案”发后不久，应桂馨、武士英先后在租界落网后。洪述祖于三月二十六日晨逃离北京，躲进德国租借地青岛。
五月，青岛的德国裁判所审问洪述祖，洪述祖坚称“毁宋”只是要破坏宋教仁的名誉，并非**消灭之意，因此德国人判他无罪，继续寄居青岛。
关于洪述祖的结局：日本占领青岛德国租界，将租界内所有房产充公，洪述祖便化名张皎厂，亡命上海。一九一七年四月行踪暴露，被上海公廨逮捕，四月三十日被保释。
然国民党已得知消息，在洪述祖被保释而上车离去之时，一群国民党人前来公廨探听消息。其中宋教仁之子宋振吕认出上车之人正是洪述祖，立即跃上汽车，将洪述祖扭下。押送至警局，后被解到北京。法院审理过程中，他始终不肯认罪。
一九一八年三月月二十七日，大理院判处洪述祖死刑。四月五日对洪述祖执行绞刑，这也是中华民国第一次使用绞刑机器，行刑时因身体太重、筋骨衰弱，竟然身首异处。洪述祖之妾。找了北京最善于连尸的医院把头缝好才下葬。
据说洪述祖临终前留下对联曰：“服官政，祸及于身，自觉问心无愧怍；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”
这为后话。
现在，还是回到宋教仁遇刺案的审理。经多方磋商，租界领事团决定在会审公堂第七次预审结束后，将“宋案”移交给中国当地法庭处理。
得此消息后，国民党方面迅速作出反应，并提议在上海组织特别法庭进行审理。之后，负责“宋案”的江苏都督程德全将此提议电告袁世凯与北京内务部、司法部。
袁世凯当天回电同意设立特别法庭，但在法庭的组织及所在地问题上，北京方面与国民党人产生了重大分歧。
司法总长许世英认为，宋教仁遇刺案影响重大，理应提交北京大理院公开审判。国民党人则认为，既然案件发生在上海，那就应该在上海设立特别法庭审理。
为此，国民党人抢先组织了以黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官的特别法庭，并提请中央批准。
对此，北京方面很是不满，因为伍廷芳是前南京临时**司法总长，黄郛与王宠惠又都是革命党人，司法总长许世英考虑再三，随后又提议由上海地方检察厅负责审理。
国民党人不同意此议，据理力争坚持己见。江苏都督程德全为难之下，只好再次致电袁世凯，强调组织特别法庭的重要性。
袁世凯接电后回复，称司法总长拒绝副署，他也无权驳回，因而无法按国民党人的意见颁布命令。