黎就职当天颁下三令：
第一令云：“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云：“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云：“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他自己没有实力。当时的中国，最有实力当属北洋系，其次要属国民党，而黎既非北洋系，又不属国民党。
在北洋诸帅看来，黎不值得他们的拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后投靠袁以自保，不是真正革命党人。
可是黎元洪也有他的独特优势，因为他不属于任何一方，又是现任副总统，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他这个总统当回事，所以黎元洪的处境是尴尬又艰难。
黎元洪就职后，国人便对《约法》的执行引起争议。《约法》有两个，执行哪一个？是新《约法》呢？还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国三年的。
西南军务院抚军长唐继尧于六月十日通电提出：
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；
（二）请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
（三）请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等十三人；
（四）请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑春煊亦宣称这四个条件是护**方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。
唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持旧《约法》为奋斗的目标。
段祺瑞在黎元洪接任总统时提出的根据是新约法，自然不赞成恢复旧《约法》。
他没征求黎元洪意见，于六月二十二日以国务院名义通电各省：“黄陂继任，元首得人。半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，《约法》而已。然就《约法》而论，多人主张遵行元年《约法》。政.府初无成见。但此项办法，多愿命令宣布，以期迅捷，政.府则期期以为未可。盖命令变更法律，为各派法理所不容，贸然行之，后患不可胜言；是以迟徊审顾，未敢附和也。或谓三年《约法》，不得以法律论，虽以命令废之，而无足议，此不可也！三年《约法》，履行已久，历经依据，以为行政之准，一语抹杀，则中国一切法令，皆将因而动摇，不惟国际条约关系自重，不容不再三审慎，而内国公债以及法庭判决，将无不可一翻前案，加之何其可也？
“或又谓三年《约法》出自约法会议；约法会议出自政.治.会.议，与议人士皆政.府命令所派，与民议不同，故此时以命令复行元年《约法》，只为命令变更命令，不得以变更法律论，此又不可也。三年《约法》，所以不餍人望者，谓其起法之本，根于命令耳！而何以元年《约法》，独不嫌以命令复之乎？且三年《约法》之为世诟病，佥以其创法之始，不合法理，邻于纵恣自为耳！然尚经几许咨诹，几许转折，然后始议修改。而今兹所望于政.府者，奈何欲其毅然一令，以复修改以前之法律乎？此事既一误于前，今又何可再误于后？知其不可而尤而效之，诚不知其可也。如谓法律不妨以命令复也，则亦不妨以命令废矣！今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？
“或谓国人之于元年《约法》，愿见之诚，几不终日，故以命令宣布为速。抑知法律争良否，不争迟速，法而良也，稍迟何害？法不良也，则愈速恐愈无以系天下之心，天下将蜂起而议其后矣！纵令人切望治，退无后言，犹不能不虑后世争乱之源，或且舞法为奸，授我以资为先例，是千秋万世，犹为国史增一汗痕，决非政.府所敢出也。总之，复行元年《约法》，政.府初无成见，所审度者，复行之办法耳！诸君子有何良策，尚祈无吝教言，俾资考镜。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则致电驳复，词意坚决：“如此次我大总统依法继任，政.府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年《约法》规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年《约法》而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之《大总统选举法》，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等的电文，一语中的。如果按袁氏《约法》，现在的国务院都是非法的，何论其他。