接下来，段派积极备战，直军亦布置防线。
七日深夜一时，张作霖并未与任何人作别，悄然乘车出京，在军粮城下车，随即声言“局外中立”！
八日午前，段祺瑞由团河回到北京城，在将军府召集全体阁员及军政首要举行联席特别会议，靳云鹏等均列席，出席人员逾八百余人。
在发了疯的段祺瑞主导下，会议决定呈请总统将曹锟、吴佩孚、曹锳免职，交给段亲自查办。
下午国务院开临时会议，吴佩孚予以免职处分，曹锟则改为褫职留任，由交通总长曾毓隽、司法总长朱深送府盖印。
段在将军府议决惩办曹吴后，明知曹吴一定反抗，必至兵戎相见。回到私宅后，召集近畿各师长，研究出兵计划。
决定派出五师，以曲同丰所部边防军第一师为第一线，刘询所部第十五师为第二线，陈文运边防军第三师为第三线，李进才第十三师为第四线，魏宗翰第九师为第五线。
同时命交通部转饬京汉路局赶备专车输送。这一来，“惊惶的北京城，更为恐慌，纸币骤跌，要人家眷纷纷迁徙，箱笼什物遍街触目”。情形一如张勋复辟前后。
段祺瑞呈徐世昌请拿办曹吴呈文云：
“呈为揭劾奸凶，呈明拿办，以整纲纪而振人心事。窃维国于天地，必有与立。法制纪纲，人人所应恪守。封疆大吏，膺方面之重寄，为群众所具瞻，宜如何正己率属，恪供尔职，双报国家倚畀之隆，而尽守法服官之责。若曹锟者，始以第三师长奉派入川，无功而归，尚无大过，适直隶督军员缺，遂以畀之，意尚不满，寻与张勋歃血为盟，秘图复辟。讨逆军突起马厂，声威甚盛，曹锟中慑，乃请附义军，首鼠两端，论功已属可耻。
“事未几即定，而彼骤增三旅，并要请上将头衔，比因湘战方亟，姑予报可，授以两湖宣抚使之任，兼第一路总司令，俾率众南征。讵彼徘徊汉上，拥兵不前，继假吴佩孚转战之力，获拔长岳，而曹锟不以为喜，反从而嫉妒之。政.府拟任吴佩孚为湖南督军，曹锟则再四力阻，惟恐其名位出己上，嗣授以孚威将军，而曹锟仍怏怏，时出怨言，谓政.府将夺其所部。于是委师北旋，逍遥津保，嗾使吴佩孚叛变。一则要请经略四省，再则恳求增兵四旅，挟势邀赏，不获不休。政.府欲资劳以收统一之效，遂不惜委曲以徇所欲，尽允其请，而卒未出保定一步。
“今大总统当选时，吴佩孚以曹锟部将仍敢妄肆诋毁，称曰五朝元老，至就任后，犹称东海先生，未赏一尽敬上之礼，与入衡前行止顿异。电文具在，海内切齿。曹锟不惟不加约束，反曲代辩解，纵容指使，情节已属显然。吴佩孚驻守衡州，暗与敌通，受贿六十万无，沿途使用广东毫洋，证据确凿，无可讳言。擅自撤防，叛不奉命。逗留鄂豫，吓诈金钱。盘踞京汉陇海各路，检查邮电，梗阻交通，搜检行人，碍及商旅。又监视巩县兵工厂，私留部械，扣阻陆军部采购之军米，意令京军绝食。截留发给江西之枪弹，意令赣军陷敌。目无政.府邻省，跋扈恣睢。而曹锟乃派兵横出京奉、津浦各路，监视德县兵工厂，遥与为应，且令所属津保一带队伍，群向京师修筑炮台，作长围之势。其胆大妄为，罪恶擢发难数。
“此次湖南失事，全出曹锟奸诈所蔽，自知湖南沦陷，无颜居湘、鄂、川、赣四省经略之名，乃更觊觎直、鲁、豫、晋四省巡阅之职。觊觎而不遽得，羞惧无可掩饰，则妄造黑白，攻击西北边使，迫挟元首，违法出令，以泄骄蹇之气。外蒙全境，大逾内地数省，辛苦收回，未费国家一钱，较之丧失湘省损兵弃械，害民祸商，相去何啻天壤。不知为国进贤，乃独数数勾通陆荣廷，诱惑元首，屡请起用复辟罪魁之张勋，诚不知是何肺肠矣。至其贪墨黩货，不恤士卒，尤堪痛恨。
“南征时国库奇绌，强索军费数百万元，……其一切贪谋秘计，均由其弟曹锳为之布画，亦难兄难弟也。本上将军创建民国，至再至三，参战一役，费尽苦心，我国国际地位，始获超迁。此后正当整饰纪纲，益巩国基，何能听彼鼠辈，任意败坏法律，牵惹外交，希图摇动邦本。谨用揭明罪状，上请大总统迅发明令，褫夺曹锟、吴佩孚、曹锳等三人官职，交祺瑞拿办。余众概不株连。整饬纪纲，以振人心，而定国是，去腹心之患，则统一可翘足而待。兵队现经整备，备齐即发，伏祈当机迅断，立涣大号，与天下更始，不胜激切屏营之至。谨呈大总统。”
段祺瑞及内阁分别呈请要求惩办曹吴，为这命令与前令大相径庭，徐世昌不肯签署。段派便以重兵围总统府，强迫徐世昌下令。边防军方面则传出消息，如八日午夜免曹吴令不下，则琉璃河方面当于九日上午首先开火。
徐世昌在被威迫下，不得已将内阁送呈惩办曹吴之令盖印发出。
惩办曹吴令如下：“前以驻湘直军，疲师久戍，屡次吁请换防，当经电饬撤回直省，以示体恤。乃该军行抵豫境，逗留多日，并自行散驻各处，实属异常荒谬。吴佩孚统辖军队，具有责成，似此措置乖方，殊难辞咎，着即开去第三师师长署职，并褫夺陆军中将原官，暨所得勋位勋章，交陆军部依法惩办。其第三师原系中央直辖军队，应由部接收，切实整顿。
“曹锟督率无方，应褫职留任，以观后效。军人以服从为天职，中央所以指挥将帅者，即将帅所以控制戎行。近年纲纪不张，各军事长官，往往遇事辄托便宜，以致军习日漓，纪律因之颓驰。嗣后各路军队，务当恪遵中央命令，切实奉行，不得再有违玩，着陆军部通令遵照。此令。”
九日，边防军第三师开赴廊房，边防军第一师与陆军第九师、第十三师、第十五师开向长辛店、卢沟桥、高碑店一带。
十日，段祺瑞在团河成立定**总司令部，自任总司令，派徐树铮为总参谋，段芝贵为第一路司令，曲同丰为第二路司令兼前敌司令，魏宗翰为第三路司令，傅良佐为总参议。