徐树兰家有藏书四万余卷，蔡元培如鱼得水。从20岁到23岁的四年里， 在此读书，可谓收获满满，学问也有大进。
他为徐氏校刊了《绍兴先正遗书》中的四部书，《重订周易小义》、《群书拾补初编》、《群书拾补补遗》、《重论文斋笔录》以及《铸学斋丛书》等若干书著。这期间，他的读书已“渐从泛览百家进入学有归旨”的境界。
如他自己所说：“治经便于故训及大意。治史偏于儒林文苑诸传。艺文志及其他关系文化风俗之记载。”
值得注意的是，这期间他受到常州学派今文经学家的影响很大。有段时间，他“读庄方耕氏、刘申受氏、宋于庭氏诸家之书，乃致力于《公羊春秋》，而佐之以《太史公书》。油油然寝窥于其间”。
经学是指中国古代研究儒家经典学说并阐明其含义的学问。
今文经学一般是指经学中研究今文经籍的学派。今文经，是指西汉学者用当时通行的隶书传授的儒家经典。
今文经学的常州学派，则是指清代乾隆、嘉庆年间出现的，以庄存与、庄述祖、庄绶甲、刘逢禄和宋翔凤为代表的，研究《春秋公羊传》的今文经学派。
特别是庄存与、刘逢禄和宋翔凤，是常州学派一脉相传的中坚人物。并且，他们的研究已经有了时代元素，所谓“常以微言大意比附现实。初启后来经世致用的端绪”。
庄存与（1719—1788），字方耕，号养恬，江南武进（属常州）人。幼诵六经，尤长于《书经》，乾隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名进士（榜眼），授编修，迁内阁学士。入值南书房及上书房。乾隆二十一年，督直隶学政。官至礼部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考时，巡抚送他金子他并没有接受，后来巡抚给了他一个二品官员（侍郎是二品）的顶戴，他接受了。
等到了路上，随从对他说“那帽子顶上的可是真珊瑚，可值一千两金子。”
庄存与大怒，说：“你为什么不早说”。
于是，奔驰千余里将帽子归还。
他当讲官的一天，皇上亲自驾临文华殿，讲习（主要是经史）完毕，同朝为官的人正在等待皇上起身离开。
“公（庄存与）忽然奏告皇上说讲的文章有错误”，说臣的意思是不能这么讲。于是，捧着书本近前讲解。同朝为官的人大惊，皇上为此停留了一会并对他的讲解点头认同。
庄存与为今文经学常州学派首创者。
刘逢禄（1776-1829），是清代经学家，字申受，号申甫，又号思误居士，江苏武进人。年十八，补博士弟子员。年三十二，举顺天乡试。嘉庆十九年成进士，改翰林院庶吉士，散馆，授礼部主事。道光四年，补仪制司主事。于礼部十余年未迁。卒于官。逢禄祖纶，官至大学士。
庄存与是他的外祖父，对他影响极大。
著有《尚书今古文集解》三○卷、《书序述闻》一卷、《左氏春秋考证》二卷、《公羊春秋何氏解诂笺》一卷、《春秋公羊经何氏释例》一○卷《后录》六卷、《谷梁废疾申何》二卷、《论语述何》二卷、《四书是训》一五卷、《箴膏肓评》一卷、《发墨守评》、《诗声衍》无卷数、《刘礼部集》一二卷，俱行于世。又有《易虞氏变动表》、《六爻发挥旁通表》、《卦象阴阳大义》、《虞氏易言补》各一卷、《庚申大礼记注长编》一二卷、《春闱杂录》一卷、《东陵勘地图说》一卷、《石渠礼论》一卷，等等。
宋翔凤，字虞庭，一字于庭，江苏长洲（今苏州）人。生于乾隆四十四年（1779年），卒于咸丰十年（1860年），享年82岁。其母是庄存与之侄庄述祖之妹，他常“随母至常州，得闻庄氏今文经学”。庄述祖说他的两个外甥“刘甥可师，宋甥可友”， 刘谓刘逢禄，宋谓宋翔凤也。嘉庆五年（1800年）中举人，选为泰州学正，历官湖南新宁（今资兴）、耒阳等县知县。咸丰九年以名儒重宴鹿鸣，加衔为知府。宋翔凤为学，把阐扬微言大义的经典从《春秋公羊传》扩展到《论语》等多部经典，把义理阐发的重点从政治方面转移到伦理道德方面。
宋翔凤也深谙考据学，著作还有《论语郑注》10卷、《大学古义说》2卷、《孟子赵注补正》6卷、《孟子刘熙注》1卷、《四书释地辨证》2卷、《卦气解》1卷、《尚书说》1卷、《尚书谱》1卷、《尔雅释服》1卷、《小尔雅训纂》6卷、《五经要义》1卷、《五经通义》1卷、《过庭录》16卷以及《论语发微》、《经问》、《朴学斋札记》等。其中《过庭录》一书，是其考据学的代表作，在晚清经学扎记诸书中成就较高。
清代今文经学派。因创始人庄存与﹑刘逢禄都是常州人，故名。最初根据今文《公羊》经说，故亦称"公羊学派"。
鸦片战争前后，龚自珍﹑魏源以《公羊》经义，发挥政见，抨击封建专制制度的腐朽。光绪年间，廖平分析经学，详论汉今古文学的歧异，以为古学系伪造，今学乃孔子自创新制。后来康有为利用今文"托古改制"，作为戊戌变法的理论依据。
此时蔡元培对今文经学兴趣浓厚。甚至发愿要编辑《公羊春秋大义》。这对于他后来积极投身于社会变革潮流，有着必然的关联。