甲午战争以1894年(清光绪二十年)7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。
最终，清朝政府和日本明治政府于1895年4月17日(光绪二十一年三月二十三日)在日本马关(今山口县下关市)签订《马关条约》。
根据《马关条约》规定，中国割让辽东半岛(后因三国干涉而未能得逞)、台湾岛及其附属各岛屿、澎湖列岛给日本，赔偿日本2亿两白银。中国还增开沙市、重庆、苏州、杭州为商埠，并允许日本在中国的通商口岸投资办厂。
《马关条约》签订的消息传到国内，中国的失败、不平等条约的签字，深深刺痛了蔡元培这位青年知识分子的心。
个人正春风得意之时，国家却面临灭顶的危难，蔡元培还没来得享受功名带来的荣耀、施展满胸的才华，就值逢国家倾危的巨祸。巨大的反差，对蔡元培的刺激是无可言表的。
国家兴亡匹夫有责，何况蔡元培这样的深怀家国忧患的热血学子呢！他再也无法安心地正襟安坐于朝堂之上，闲散优游于诗酒酬对之中。我们从蔡元培青年时的一些作为中也大致可以看到，这是一个深深把济世情怀、忠孝信义的儒家品质写入灵魂深处的人，这样一个人，怎会只关心个人宠辱而把世事的安危置之度外。
蔡元培认为，甲午战败乃是中国数千年历史上前所未有的奇耻大辱，“聚铁铸错，一至于此，可为痛哭流涕长太息者也”。他说，“韩、魏于秦，宋于金，不如是之甚也”，就是说，他认为这个马关条约简直比战国时期韩、魏屈事于秦，南宋屈事于金更加让国人屈辱。他谴责清王朝的治下“疆臣跋扈，政府阘茸，外内狼狈，虚疑恫愒，以成炀灶之计，聚铁铸错，一至于此”。
1894年底，李慈铭因病逝世，李家南归，蔡元培移居北京城南半截胡同的绍兴会馆。
甲午战争的惨败，促使已近“而立之年”的蔡元培重新思考许多问题。而“甲午之后，朝士竟言西学”的大气候，也推动着他开始如饥似渴的摄取新学。
1895年夏开始，许多朝中官员，特别是主战的清流们，愤于《马关条约》的签订，纷纷请假离京返里。这一年的秋天，蔡元培也向上司乞假回乡一年。
归家途中，元培特赴南京，拜谒了他心仪已久名满天下的两江总督张之洞。张之洞对这以“怪八股”著称的后起之秀也很高看，接待他时，正巧康有为会试时的房师余诚格也在场。他们很自然地谈到了康有为。
让蔡元培有些意外的是，张之洞这位封疆大吏能对康大加赞扬，说他“才高、学博、胆大、识精，许为杰出的人才”。
蔡元培素来敬佩这位张香帅的见识， 对他赞杨康有为的话印象深刻。
此前，蔡元培曾以读书人的眼光，对康有为的《新学伪经考》很不以为然，但对康有为不久前的公车上书的壮举十分赞佩。从与张之洞的谈话中， 蔡元培深切的感悟到，甲午之后中国的社会正在发生着的变化。
1896年，在故乡绍兴闲赋的一年里，蔡元培的读书兴趣完全转到了西学上，特别关于日本这几十年是如何强大起来方面的读物。
此前，在甲午战争进行之时，他就已经研读了顾厚琨的《日本新政考》和李小池的《环游地球新录》等书，这一时期，他又先后阅读了日本冈本监甫的《日本史略》、沈仲礼的《日本师船考》、郑观应的《盛世危言》、梁启超的《西学书目表》和《读西学书法》、华蘅芳的《算草丛存》、以及《游俄汇编》、《电学源流》、《电学纲目》、《光学量光力器图说》、《声学》、《代数难题》、《几何原本》、《农学新法》、《支那教案论》、《西学启蒙》、《日清战史》、《生理学》、《进化新论》等等。
在这些书籍中蔡元培看到的，几乎是一个和以往完全不同的全新的知识天地和全新的世界。
毫无疑问，学习是一种能力，而蔡元培是当之无愧的学习能力超群之人。一个饱学经史的翰林学士，能够静下心来读这些学科广泛，内容生涩的各类书籍，除了学习能力，更有一种内生的动力在激励。
这一时期的蔡元培，对自己的人生进行了全新的思考，认识到：故纸堆再也找不到出路，先前所通行的考据、训诂做学问的路子，根本无法解决现实的问题。
长期传统教育熏陶出的对家国天下的责任感和使命感，使蔡元培不愿再埋头于经史子集这些给他带来功名荣耀的经典。他把头抬了起来，放眼四望。他想扩展自己的知识面，向西方先进国家学习治理经验，发掘救国救民的方略，寻找世界观、方法.论上的支撑点。
进入翰林院之前，蔡元培只是一个典型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。
对蔡元培来说，这一年是洗脑的一年，是浴火重生的一年。如同他自己所说：“少酖举业，长溺文词，经沽史法，亦窥藩篱，生三十年，始知不足”，“未尝不痛恨于前二十年之迷惑而闻道之晚”，决意“迷途回车，奚翅炳烛”，“ 他简直像获得了精神上的新生”。
1896年12月，蔡元培自陆路乘马车回京销假。
1897年的北京，喧嚣着改良的思潮，《时务报》、《新闻报》等连篇累牍 的倡扬变法，粤学会、蜀学会、闽学会等在京的各省人士，纷纷发起成立维新团体。很快，公车上书的领军、维新运动的领袖康有为再次来京，多次上书要求变法；标志着这场维新运动，正在从思想酝酿转变为付诸行动。
毫无疑问，蔡元培在思想上是属于维新派。只是，他已经过了特别容易头脑发热的青葱年岁。一个饱学经史又接触涉猎了大量近代科学知识的人，对任何事情都是不会盲从的，都要经过一个独立思考的过程，想一想是否真有道理，是否行得通。