下午，蔡元培召集北京高校校长到北大商讨营救对策，当即组成以蔡元培为首的“校长团”，随后蔡率“校长团”先后去警察厅、教育部、国务院及总统府交涉。
6日晚，在蔡元培一行人的强烈要求下，当局终于妥协，同意“有条件放人”。条件是国耻日不准学生参加国民大会，各校学生次日起一律复课。蔡元培等当即予以承诺。
当晚十点左右，蔡回到北大，召集学生领袖罗家伦、方豪等人说明交涉经过，劝说他们动员学生次日上课，并表示“可以用生命人格为担保”。
7日上午，被捕学生被各校用汽车接出，一起到了北大。蔡元培与北大师生齐集红楼门外，列队欢迎这些获释的学生，场面很沸腾。
关于五四运动，前边已经做了较为详尽的介绍，就不再累述了。这里想说的是，蔡元培在这场运动中究竟充当了什么样的角色？
首先，五四运动的爆发不是偶然的，和北大等在天安门举行的庆祝欧战结束，和大家对巴黎和平会议的期望是有直接关系的。再往远了说，和新文化运动，和蔡元培在北大的改革，和对学生所进行的爱国主义教育肯定是有关系的。
因此，如有些人所说，五四精神至少有一半是体现在蔡元培身上的，因为每一个清醒的人都会认识到这样的事实：没有北大就没有五四，而没有蔡元培先生就没有这样的北大。
经过这一系列改革，北大在短短的两三年内脱胎换骨，由一个“官僚养成所”初步转变成为一个“研究高深学问的机关”。在这个研究高深学问的机关里，大师云集，玉树盈阶，质疑问难，弦歌不辍，各种新学说、新思潮.喷薄而出争奇斗艳。
“思想自由之通则，而大学之所以为大也。”改革后的北大，正呈现出蔡元培心目中的“大学”之“大”。这种“大”，不仅是大师之大，学问之大，更是精神之大，气象之大。它表现为一种全新的思维方式和言行方式：不唯书不唯上，不迷信权威，敢于质疑批判；精神独立，思想自由，勇于求异创新。
这样一种大气象，在精神上和思想上为五四运动的发源做了充分的准备。
所以胡适说，“五四运动不是偶然的”，它是“有两年半的新思潮新文艺做背景”的，而这“新思潮运动的意义，就是一种批评评判的态度和精神，重新估定一切的价值”。
周策纵更是肯定了北大改革与五四运动的内在关系，他认为：“蔡元培在国立北京大学由1917年开始推行的各种改革，其在‘五四运动’发挥的重要性，不下于陈独秀之创办《新青年》。”
其实，自陈独秀被蔡元培“网罗”进北大之后，《新青年》就成为北大的一部分。经过蔡元培改革的北大，正是因为有了大批新型知识分子，因为有了《新青年》《新潮》，所以如虎添翼，它在人才上、思想上、精神上、组织上都已经为五四运动做好了准备，北大成为五四运动的发源地实乃势所必然。
在这个意义上可以说，蔡元培既是运动的奠基者和筑路者，也是运动的引发者和护航者，又是运动的助推者、行动者。
当然，这里边还有许多的具体情节，一是关于蔡元培的“报信”。
北大学生原定于5月7日（国耻纪念日）到天安门举行大规模抗议，按照罗家伦（当年新潮社学生领袖）的说法，计划“由北大学生在天安门外率领一班群众暴动”。后来将行动提前到5月4日，则与蔡元培有直接的关系。
据当时与蔡过从甚密的叶景莘（时任北京欧美同学会副总干事，蔡为总干事）回忆，国务总理于5月2日晚密电参加巴黎和会的中国代表团在“山东权益”协议上签约，3日蔡元培从汪大燮处得知这一消息，“当晚九点左右，蔡先生召集北大学生代表去谈，其中有段锡朋、罗家伦、傅斯年、康白情诸先生”。
另据许德珩（当年国民社学生领袖）回忆：“最初，这个消息是北洋政府外交委员会委员长汪大燮告诉蔡先生的，蔡先生马上透露给我。”
许回忆这是2日晚上的事，因为正好这天晚上《国民》杂志有个例行的社务会议，“讨论了卖国的北京政府准备在和约上签字的问题”。还有田炯锦（当年北大学生）回忆，５月３日下午，与田同住一室的狄君武回宿舍，说起“今天下午在一个会议上，蔡先生言巴黎和会的情势……”
蔡元培向北大学生透露这个消息是5月2日还是3日？到底首先是透露给谁的？各人回忆细节略有差别，但可以确定的一点是，正因为北大学生从蔡元培那里得到这个坏消息，遂于5月3日晚七点在法科大礼堂召开了全体学生大会（其他在京高校也有代表参加），“会议决定次日（4日），各校齐集天安门举行游街大会，同时推举代表到各国公使馆陈述对于青岛之民意及其决心；通电各省一致奋起抗争”。
可见，五四运动之所以为“五四运动”而不是“五七运动”或者其他什么运动，与蔡元培的通风报信有直接的关系。