1921年9月18日，蔡元培回到北京。远行归来，环顾海内，依旧是纷争不断的武人政治和兵戎相见的战乱。
北京教育界经历了五四运动后又一次大风潮，刚刚恢复平静。他的许多同志和朋友通过罢课请愿。甚至受伤流血才是促使政府发放了拖欠已久的教育经费。
在军阀主政的年月里。蔡元培深知苦撑教育残局的艰辛，但是，目睹欧美各国教育科学、文化的先进程度，出于一个教育家的天职和良知，他只能振奋自己；劝慰和勉励他人共图国家民族的百年大计。
在北大欢迎他归来的大会上，他鼓励师生们，从事教育工作的人，无论遇到怎样的困苦。也不可以自行放弃天职。他甚至认为罢课“是一种极端非常的手段。其损失比‘第三院做监狱’及‘新华门受伤’还要伤害的多”。
所谓“第三院做监狱”是指1919年五四事件之后。军警大肆拘捕游行示威的学生，并将其拘禁于北京大学第三院内。“新华门受伤”是指1921年6月3日，北京大学教职员工为索薪在清华门，向政府请愿时被军警殴伤的事件。
从这一年的10月起，蔡元培在北大开学美学课程，并招手编写《美学通论》一书。校长亲自授课， 吸引了大批的学生。
据蒋复璁回忆：“他教的是美学，声调不很高，可是很清晰。讲到外国美术的时候，还带图画给我们看，所以我们听的很有味儿，把第一院的第二教室，完全挤满了。挤的连台上也站满了人……于是没有法子搬到第二院的大讲堂。”
尽管蔡元培苦苦支撑。 但教育的现状实在是难以维持。连年的穷兵黩武， 耗占了国家的大部分收入， 教育经费在国家预算中都达不到1%。即使这样，也还是得不到保障，经常被拖欠，大学教员很多的时候只能领到半个月工资。
蔡元培完成欧美考察后回来这段时间，正值徐世昌当政的后期。前边不止一次的说过，这个时期，从财政上说，已经是频临破产的政.府了，教育经费的困难状况可想而知。
学校的状况是；教职员工的的半数工资都得不到保证，是购买书籍没有钱，购买仪器没有钱，购买实验用的化学药品没有钱，乃至购买一切物品都没有钱。
老师和学生人心惶惶， 都感觉到学校很难办下去了。于是，各校要求教育经费独立的呼声日益高涨。
“教育独立”作为一种思潮，萌发于“五四”之前，发展兴盛于20世纪20年代。是在军阀混战，经济凋敝，教育经费奇绌，教育事业陷于难以为继的条件下，为教育寻求出路。
“教育独立”的主要思想是表现在两个方面：
其一是教育应独立于政党。
教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。
在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以主张教育要超脱各派政党之外。
其二是教育应独立宗教。
教育讲究尊重个性，而宗教总是要人盲从。教育追求前进，而宗教趋于保守，尤其是教会学校借办学诱使青年信奉基督教，更是害人不浅，所以教育要摆脱宗教的影响。
蔡元培是教育独立的积极主张者。
1922 年初，蔡元培在《新教育》杂志上发表《教育独立议》，提出：“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”
李石曾发表《教育独立建议》，主张教育立法采用议会制，教育行政采用合议制。
1922 年 2 月，全国教育独立运动会在北京高等师范学校召开成立大会，发表教育独立宣言书，要求教育经费独立和教育制度独立。主张教育清高说、教育中正说、教育至上说的人一般均持此观点。
蔡元培认为教育独立应该包括：
第一，经费独立，要求政府划出某项固定收入，专作教育经费，不能移用。
第二，行政独立，专管教育的机构不能附属于政府部门之下，要由懂得教育的人充任，不能因政局而变动。
第三，思想独立，不必依从某种信仰或观念。
第四，教学内容独立，能自由编辑、自由出版、自由采用教科书。
第五，以传教为主的人，不得参与教育事业。
蔡元培关于教育行政独立的具体方案是：分全国为若干个大学区，每区设立大学一所，区内的高等专门教育，中、小学教育，社会教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。