十日后，征台军登陆台湾，战事总体较为顺利，只在台湾府城、淡水厅两地发生了相对激烈的战斗。
台湾府城位于今之台湾省台南市，是台湾府的府城，也是台湾道道台、台湾府知府、台湾镇总兵的驻地。
一城驻有一道台、一知府、一总兵，自然是台湾清军的防御重点。清军在此驻扎了四千人马，然则疲弱不堪。
台湾镇总兵是个旗人，不愿投降革命军，故奋不顾身，作战颇为勇猛。府城靠近大海，全靠炮台防御。
革命军派战舰逼近府城，利用大炮轰击城墙。又派出三千登陆兵，在府城南翼登陆。清军在城外略作抵抗，即收缩防线，退回城内。
战至第三天，革命军扫清府城外围障碍，架设云梯突入城内，攻破台湾府城。
府城一破，总兵战死，道台投降，清军顿失凭恃，群龙无首，再也不能形成有力的抵抗。
不久之后，杨国瑞率征台军司令部进驻府城，在此布告四方，宣布成立台湾军政府。
台南的局势迅速稳定下来，征台军随即北上，扫荡台湾西海岸，嘉义、彰化等重镇皆望风而降。走到淡水厅，遭遇到一股强有力的抵抗。
淡水厅初设于1723年，掌管台湾中部以北区域。厅治本设立于台湾中部的彰化。1756年，，淡水厅官署移至竹堑（今新竹）。自此之后，竹堑城成为北台湾政经文化教育的中心。
淡水厅有一个名叫姓陈的大地主，坐拥土地上千顷。他仇恨革命军，害怕革命军没收他的土地，纠集了两千名团练，号称“虎头军”，试图阻挡革命军进占淡水。
“虎头军”取的是“猛虎吞羊”的意思。因为革命军为杨烜所创，杨为“羊”，虎能吃羊。
然而，姓陈的自知“虎头军”徒有其名，又招募了三百名“熟番”、两百名“化番”，凑成了一支两千五百人的队伍。
清朝统治台湾，将台湾岛上的原住民分为熟番、生番和化番。
所谓熟番，是指汉化程度比较高的原住民，多居住在平原地区，从事农业耕种。生番则是汉化程度比较低的原住民，多居住在山区，靠狩猎采集维持生计。化番则介于生番与熟番之间。
原住民开化程度不高，却熟悉地形，勇武剽悍。历史上，日本殖民台湾五十年，高山族原住民时常起义，给日本殖民者以沉重的打击。以雾社起义为原型的电影《赛德克.巴莱》，极为形象地表现出了台湾原住民的风采。
征台军从台南至淡水厅，一路无往不胜，清军皆望风而降。逼近淡水厅时，有人说淡水的“虎头军”颇具声势，需要多加防备。
先锋由副团长王玉宝率领，听闻“虎头军”的故事，不禁嗤之以鼻，笑道：
“老子从小就是土司兵。第一次东征战役时，老子是新兵蛋子，连长给我佩的是长矛。老子不服，深入敌后，抢下了四杆火枪。
“征越战役时，老子做连长，带领全连充当全师的尖刀连，才进入越南就遭遇象兵。越南人的战象，站起来就像一座小山似的，老子照样打趴了战象，也给手下兄弟们弄了好些象肉。
“他娘的，那象肉又老又柴，嚼起来就像木头一样。要是牙口不好，真吃不下这越南象肉……
“老子称自己为‘虎头军’，还差不多。淡水厅那个姓陈的地主算什么东西，有几杆枪，拉了一群佃农，就敢称虎头军了？
“……”
王玉宝仍和以前一样，执意要带部队，虽是副团长，其实兼任步兵营营长。他喜欢说大话，经历的事情又多，吹起牛来有根有据，令手下崇拜不已。
主将如此，部下也就放松了戒备，没把“虎头军”当回事。走到一处小道，斥候发现了虎头军的旗帜。尖刀排急于争功，冲到虎头军跟前。
虎头军一触即溃，丢下许多军资给养，有战马、大米、蔗糖、鱼干等。尖刀排不知是计，放松了戒备，一窝蜂扑上去抢夺军资。
谁知道，几十个番兵已经潜伏在附近几十米远的树丛中。突然一声唿哨，番兵跳了出来。他们赤身跣足，脸上、胸口皆有文身，或持毒箭，或持土枪，向尖刀排发起了突然袭击。