这些法令虽然在朝堂上通过了，但还是经过残酷斗争的而来，其所以能够通过，主要是总后勤部，接管了文官政府的大部分粮钱。原先文官政府掌管的大部分钱粮必须交给总后勤部运送和管理，也就是失去了大部分地区钱粮的漂没的提成。即然文官系统失去了钱粮的过手权，只有小部分的九边的其它利益也就争夺不那么激烈。
文官也清楚，九边人口少，钱米不多，更清楚，九边与边防相关。极端自私，追求财富而不顾边防的极端官吏少，在临危投敌的人也不多。
其后不久也通过了卫所田制的有关法令，卫所制涉及全国大部分地方的卫所，其内容比照九边的法令，法令的主要内容是卫所的原屯田的所有田地收归卫所所有。
大明南部中部的卫所，部分在城镇附近，部分在偏远的地方，偏远地的田地，大户占窝现象少。
这些法令的通过，实质上是文官政府放弃的九边和卫所的管理权，卫所屯田的管理权由文官转移到武将系统。武将系统实质上就是皇帝系统，九边和卫所的军事和民政都是皇帝系统管理。孙承宗虽然是总参谋长，主要管理天下的军事训练与调度，且从不与皇帝争权。
事情发展现在，崇祯在总参谋部，总后勤部，总装配部之外又成立了屯田部。
九边和卫所屯田的主要问题是武官占田的现象较为普遍。
九边区域设置的卫所较普遍，卫所几乎取代的乡村行政机构，九边之外的其它地区的卫所则较少，卫所之田与民田相交错不多，卫所并不和其它地方争生存空间。就是到了现代的上山下乡时代在云南、海南岛建了那么多农场都没有出现过土地紧张局势。
卫所的军官必须在卫所，军官就利用权力，在几百年的时间里，抢占卫所的田和抢占军户的劳动成果。
面对较为普遍的军官占田现象，能不能管，可不可能整顿，这是一个时代的选择问题，也是一个生死存与死亡的选择问题。
现在的此崇祯掌握下的皇帝系统，肯定要管。南部中部地区用新军代替旧屯田军，九边也准备了一批新军，现在到了全面接管九边的时期了。
最开始接管九边时，崇祯在派往九边的工作队的学习班说，工作的重点是接管九边，九边的重点又是田地收归卫所所有，然后公平的分给军户耕种。
原先的田主主动退缩者，甚至不敢认领田地者，就不要再去找模烦了，向占田户追收税收的法令，只是对占田大户的威慑方法，追收税收的法令，可以执行，也可不执行。
有的土豪或武官来相争，则必须针锋相对，必要时可以动用武力，就是闹到操其家也不怕。官司打到朝庭，打到朕这里，你们也不会输。能够简单处理的，就不要去复杂化，能够不动武的尽量不要动武，以和为贵还是对的。
卫所和九边脱离文官体制，实质上就是要脱离文官那种贪污的风气对社会的影响。卫所和九边的管理队伍，多般要选择新军中的人和受过新系统培训的人，贫困的一般良民占有很大的比例，前有训导官的教导，后有督察官的督导，即使有少数了解贪污事项的人招入了队伍，在大风气和双重督导下，有冒险行贪污之行为者极少，基本上不会影响大风气。而崇祯需要的是确保几年内不出现贪污的风气，以后再花时间调整。
在九边中，有少部分是功臣家族的旁系后代或庶出后代，为了减少矛盾，把九边那些功臣后人调到京营中的武备营，武备营不要求和其他营一样要进行严格的训练，待遇还较好，但没有空饷吃，主要是给那些富贵官老养老，给九边屯田让空间。
九边的官员能合作者都留在九边，占田太多又争权阻碍屯田都作好杀掉的准备，罪不至死者，则调离。重点是各级主官，主官必须严格调配，许多中层官员中的不合作者，或是调入京营，或是调到其它地方。