门下院需要恢复，且需要发展。门下院原先有审议朝政的权力，现在的门下院的主要职责还是审议朝政，且内阁票拟，贴黄制度都转移到门下院。
门下院实行议郎制，议郎由各省选推，名额按当时的方案执行。原先的内阁大学士，六部尚书，都可以兼职议郎，中书令也可兼职议郎，议郎中名额较多，中央一级在五百人以上，时常参会的也在三百人以上。
门下院众议郎都一样，没有大小之分，众人议事，然后票决，票决结果由督察院政事记录部记录并公布天下。
门下院初立，有关议郎的选推，院内议事，需要发展中完善，票决情况也仿照原先内阁的票决惯例。门下院的票决，到底是多数就通过，还是三分之二的大多数才算通过，需要在发展中完善。
门下院初期，皇帝还有最后裁决权，此崇祯的想法是，一般礼法，需要大多数，一般政策，则多数就行。
现在有所发展变化的是门下院，先前的门下院也是大官决定事务，现在的门下院是众人议事，提出票决的条呈，然后众人票决，票结果为政策法令。
大理寺和督察院照设并在中央一级得到加强，大理寺管理天下司法，推官和通判成为专业法官。督察院分为三块内容，司法督察部，行政督察部，政事记录部。
督察院设左右都御史二人、中左右副都御史三人。其中的中副都御史掌政事记录部，中副都御史对政事记录部的人事，有一定的参考权。政事记录主要是记录门下院的议事情况，票决数字，兼掌贴黄事务。贴黄只是门下院议事可票决的内容，门下院没有决定的事，不需要贴黄。
督察院的政事记录部专门从事记录门下院的决议，公布政策法规，如最高税收限额，政事记录部没有公布的税收内容，天下人可以拒交。督察院的行政监督与司法监督也监督政事记录部是否公正真实的记录门下院的数据结果。
六科给事取消，其职责要并入督察院。
此崇祯不敢把步子迈得太大，还是皇帝暂掌大权。皇帝之下分文武两班，武班有总参谋部，五军都督等。文班有三院六部，督察院，大理寺，圣院，科学院等机构。
中央下属各行省仿照中央的三院六部建立类似机构。
省级中书院设三个中书令，相当于一正二副，也可简称高官或高官，也行使原巡抚和承宣布政使等省级高官的职务。
省中书院在中央的政策下，制定本省的政策，交门下院审议通过后，由省尚书院执行。
省尚书院按原职能运行，主要执行门下院通过后的政策和事务，也可向中书院提出意见和反馈情况。
省门下院也由议郎组成，省议郎由各府州选推，各议郎中有议事和表决权。省门下院主要审议省中书院的政策法令，宣讲中央的政策。
省级同样设立省督察院和省大理寺。一名督察院的副院长组织班子记录省门下院的事务并向公众公布。省督察院和省大理寺由中央督察院和中央大理寺直接掌管。
省级的都指挥使取消，军队由总参谋部统一指挥。崇祯六年，新军全面接管府县的军事力量，全国的军力量分为野战军，边防军，地方军和海军，所有军事力量由参谋部调配。
省级的提刑按察使也取消，省司法有关内容由大理寺系统直接管理，有关地方的刑事事务由省刑司管理。
承宣布政使职位保留，名称有所变化。布政使改为高官或高官，同样，巡抚等省级高官改名为高官或高官，省中书院的中书令，可兼职高官或高官之行政首脑职务。
地方州、府和县不设中书院，仿照省级组织，设置各种简化版本的衙门，县州府设立定期召开的门下院，审议和监督各衙门的工作。