在唐帝国排兵布阵，准备再次拉开战役序幕的时候，美国方面也在做大的调整。早在六月初，美国情报部门就判断唐帝国的下一个进攻目标多半会是西南太平洋上的岛屿，然后寻找登陆澳洲大陆的机会。
为了应对新的挑战，美国也在对自己的战争指挥机构做出调整。如果仍然由太平洋战区司令部负责太平洋方向上的作战行动的话，显然无法照顾到每个方面。另外，西南太平洋方向上的情况与太平洋其他地区有很大的差别。在这个方向上，澳洲大陆的防御是重中之重，另外密集的岛屿分布也决定了地面战场的重要性。因此，在马里亚纳群岛战役还没有结束的时候，美国海陆两军就达成了协议，在太平洋战区之外，再成立一个新的战区，及西南太平洋战区。
这个编制变化实际上与唐帝国的改革是完全一样的，美国也将西南太平洋地区划了出来，成立新的战区。为了平衡海陆两军，西南太平洋战区司令官不是由海军将领出任，而是由一名陆军将领，也就是美国驻澳军团总司令麦克阿瑟上将出任。
麦克阿瑟一直就是美军驻澳军团的总司令，在美国参战的时候，他与尼米兹各提出了一套进攻方案。他提出的方案是从澳洲出发，进军南洋地区，从南部威胁到唐帝国的本土。这个计划后来被否决了，因为当时美军在澳洲兵力连防御都嫌少，哪有力量去扫荡南洋地区？而且，这样的作战计划必然要调动大批海军舰队，而美军在澳洲的港口设施是不足以支持整个太平洋舰队的。更重要的是，唐军已经巩固了南洋地区的防御，而美军主要部署在澳洲的东南部地区，在澳洲北部地区的军事基地少得可怜，能够部署轰炸机的机场更是少得可怜，要想发动进攻南洋的战役行动，就至少需要数千架轰炸机的支持，不说这些轰炸机的调动是个严峻的考验，就算调到了澳洲大陆去，恐怕也难以派上战场。
因为自己的提议遭到否决，麦克阿瑟曾一度向上反应，甚至闹到了总统那里，希望能够改变作战计划，将重点放到西南太平洋上来来，让陆军打上主力。结果还是不了了之。在马里亚纳群岛战役失败之后，麦克阿瑟更是四处活动，一方面指责尼米兹的指挥失误，一方面推广自己的作战计划，力吹进攻南洋的重要性。在麦克阿瑟的游说下，美国陆军总参谋长（美国陆军没有总司令，只有总参谋长）马歇尔上将，以及美国海军总司令金上将最后做出了让步，决定加强西南太平洋的部署，逐步将重点转移到西南太平洋战场上，如果唐军不在西南太平洋上进攻的话，那么就要尽量争取向南洋地区挺进。当然，这只是个计划而已，在没有足够的制海权保障的情况下，美国军队要想跨过大海，进攻南洋地区，这几乎是不可能的事情。
实际上，尼米兹在马里亚纳群岛战役中的指挥并没有什么大的错误，而且其委任的几位舰队司令官都在作战行动中完成了任务，哈尔西，斯普鲁恩斯都重创了唐帝国海军，挽回了局面。美军失败的原因是实力不如对手。从这场战役双方的投入，损失等各方面来看，美军明显处于下风，能够在数十万唐军的重压之下顶住半年，这已经是个了不起的奇迹了。因此，尼米兹并没有受到指责，没有理由要他来承担失败的责任。但是有一点是无法回避的，麦克阿瑟的指责必须要有人来做出答复，结果就是将太平洋战区一分为二，尼米兹负责处西南太平洋战区之外的其他地区的作战行动，而西南太平洋战区则由麦克阿瑟担任最高指挥官。
随着战区制度的改变，美国海军太平洋舰队的编制也出现了变化。在没有足够战舰的情况下，美国海军采用了一套全新的编制体系，即舰队的指挥体系基本不变，但战舰在不同战区执行作战任务，就分配到不同的舰队去。
变革之后的美国太平洋舰队分成了两支主力舰队，其中在尼米兹指挥下的为第五舰队，由原太平洋舰队司令部改组为第五舰队司令部。在麦克阿瑟指挥下的为第三舰队，由部分原太平洋舰队的参谋军官，以及一些从大西洋舰队调来的参谋军官组建舰队司令部。也就是说，第五舰队负责太平洋战区内的作战行动，而第三舰队则负责西南太平洋战区内的作战行动。而这套体制后来还扩大到了整个美国海军，编号为单数的为太平洋方向上的舰队，而编号为双数的则为大西洋方向上的舰队。
实际上，美国海军舰队的编制体系与唐帝国海军的舰队编制有异曲同工之妙。唐帝国海军没有严格规定舰队的番号，但特混舰队在不同的战区接受不同的战区司令部的指挥。这样，舰队的完整性基本上得到了保证，因此指挥舰队作战的都是一套班子，不存在临时换人，以及指挥官来熟悉舰队的情况，这能够提高舰队在残酷战斗中的战斗力。相反，美国海军则重点保证了战舰官兵编制的完整性，舰队指挥班子则将在不同的战区内更换，这实际上是保证了战舰的作战连续性，一艘战舰可以在几个战区内奔波，持续作战。实际上，这都是由两国不同的情况所决定的，唐帝国拥有战舰上的优势，更重视在重要海战中的表现，而美国海军却暂时缺乏足够的战舰，所以更重视战舰的出勤率。
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