风暴给第31特混舰队带来的影响要比哈尔西所想像得严重得多，甚至比唐帝国特混舰队都要严重得多。至少，唐帝国舰队里的三艘航母都是大型舰队航母，抗风浪的能力还不算太糟糕，而哈尔西手里，那三艘小型航母在风浪面前就显得太脆弱了。
航母受到风暴影响最严重的地区并不是太平洋，而是北大西洋。北大西洋是世界上风暴最猛烈的海域之一，而航母都是高干舷战舰，受风面积很大，且飞行甲板实际上是敷设在主甲板之上的一层附加甲板，因此很容易在风暴中受到破坏。在北大西洋上，英国海军就有好几艘航母被风暴所破坏，这也是英国海军为什么不太重视航母的一个重要因素。
最先采用封闭式舰艏设计的就是英国海军的航母，采用开放式舰艏设计的航母在风暴中极为脆弱。为了抵抗风暴，英国海军甚至设计出了全封闭式机库的航母。结果，英国海军几艘排水量在两万吨以上的航母的载机数量都在60架左右，而同期唐帝国，美国，乃至日本的类似大小的航母的载机数量都要多得多，显然航母要加强结构强度，提高抵抗风暴的能力其主要的代价与牺牲就是削弱了航母的航空作战能力。
实际上，航母的战斗力就来自于其航空作战能力，没有了航空作战能力的航母与运输船没有多大的分别。另外，使用航母的核心战术思想是进攻，而不是防御，进攻是航母战胜对手的唯一办法。在这些方面，唐帝国海军与美国海军都极为强调航母的进攻能力，也就格外强调了航母的航空作战能力，为了尽可能提高航母的航空作战能力，在条约时期，双方的航母都以载机多而出名。相反，如同英国这种将航母当作了战列舰的护航战舰使用，且大部分任务是防御，而不是进攻的海军来说，其强调的是航母的适应能力，而不是强大的航空打击力量。
这些分别都决定了唐帝国与美国海军的初期航母的试航能力并不理想的特点。实际上，即使到了“湖”级与“埃塞克斯”级，两国的航母在适航能力方面仍然比较糟糕。这两种航母的排水量增加了不少，可仍然存在着重心太高的问题（后来，“埃塞克斯”级降低了防空火炮的备弹数量，而“湖”级则取消了上层甲板上很多不必要的隔离装甲带，都是为了降低航母的重心，增强航母的稳定性）。大型舰队航母尚且如此，小型航母的情况就可想而知了。
“独立”级是改造而来的小型航母，其机库内只能容纳30架战机，而为了提高航空作战能力，美国海军还在航母的飞行甲板上增加了15个系留点，可以系留15架作战飞机，使航母的载机数量达到45架，这几乎是“埃塞克斯”级航母标准载机数量的一半了。可实际上，在风暴中，别说保存系留的15架作战飞机，就连保管好航母机库里的30架作战飞机都非常的困难。
哈尔西在看到了这三艘航母的性能数据的时候，就知道这三艘航母只能在风平浪静的海面上作战，而无法到风暴区内活动（航母的极限横倾与纵倾角度就是航母试航能力的一个重要指标）。因此，哈尔西发现风暴不会立即离开，而他必须得让舰队脱离风暴区，到南面的海域作战的时候，他首先就命令三艘“独立”级航母组成的编队全速南下，争取首先离开风暴区，免得被风暴给摧毁。可实际上，这三艘航母也差不多快要被风暴给摧毁了。
在脱离风暴区之前，为了增加航母的稳定性，以及避免系留的战机撞坏了航母飞行甲板上的设备，三艘“独立”级航母都不约而同的将系留在飞行甲板上的战机给抛弃掉了。但是这并没有能够避免灾难的发生。因为排水量过小，而且采用的是开放式舰艏，在改造时为了控制排水量（实际上是为了保证速度），航母的主甲板与飞行甲板之间的承力结构并不是很牢固。结果，在脱离风暴之前，“普林斯顿”号航母的飞行甲板前端几乎被风暴给彻底摧毁，后方的机库也受到了影响，机库前端的几架战机被损坏。“独立”号的飞行甲板被吹掉了至少五块，虽然航母上有备用木板（没有采用装甲飞行甲板，而是用木板敷设的飞行甲板），但是要修复飞行甲板至少需要好几个小时的时间，同时还得让航母首先稳定下来。“贝劳伍德”号的情况要稍微好一点，只有裸露在外的一些航空设备受到了影响。结果，这三艘航母都在风暴中受了伤。
哈尔西在知道了这一情况之后暴跳如雷，差点立即解除三位舰长的职务。到三点半的时候，哈尔西得到了明确的答复。天亮前，“贝劳伍德”号可以安排战机起飞，“独立”号至少要等到七点半之后才能修好飞行甲板，而“普林斯顿”号必须要返回港口修理，无法在海上维修。
此时愤怒是解决不了任何问题的，哈尔西也控制住了自己的怒火。他只能让“普林斯顿”号航母编队先行返回维拉港，退出了这次的作战行动。同时让“独立”号加紧时间抢修，把原本应该由“独立”号派出的侦察机安排给了“贝劳伍德”号。可问题是，此时“贝劳伍德”号只有30架载机，其中有12架战斗机，18架SBD，而能够执行侦察任务的是SBD，而不是F4U。换句话说，在天亮前，只有“贝劳伍德”号可以派出18架侦察机，而这要比之前确定的24架侦察机少了6架。
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缺少六架侦察机还是小事，小型航母编队为了尽快脱离风暴的影响范围，是朝东南方向航行的，而不是与舰队航母编队一样，朝着西南方向航行的。换句话说，在脱离了风暴影响范围之后，小型航母编队还需要向西北航行，前来与舰队航母编队会合，而“贝劳伍德”号派出侦察机的时间不是五点半，而是六点，比两艘舰队航母派出轰炸机的时间至少晚半个小时。
在舰队赶来的时候，“勇猛”号与“大黄蜂”号航母都是满额携带战机的，每艘航母上有36架F4U，48架SBD，24架TBD，以及12架作为侦察机使用的SBD。而在风暴中，“勇猛”号航母上损失了8架战机（4架SBD，3架TBD，1架F4U），“大黄蜂”号损失了11架战机（5架SBD，4架TBD，2架F4U）。
难题再次交到了哈尔西的手里。为了确保找到唐帝国的航母特混舰队，哈尔西至少需要派出36架侦察机，而为航母护航的巡洋舰上的水上飞机都被摧毁了，也就是说，这36架侦察机都得由航母出动。就算减少到最低限度，只安排24架侦察机，在“贝劳伍德”号无法派出侦察机的情况下，两艘舰队航母得各安排12架侦察机。美国航母携带的侦察机都是SBD的侦察型号，实际上就是安装了性能更好的电台的SBD轰炸机。在紧急时刻，SBD也可以充当侦察机使用。现在两艘航母上都有SBD被风暴摧毁。如果哈尔西要确保找到对手的话，他就不得不削减轰炸机群的规模，而他要确保摧毁对手的话，多留下几架侦察机就更为重要了。