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相对而言，海军在这起后来被成为“原子弹风波”的事件中最低调，一是海军不是“盘古计划”的主要参与者，二是当时是否使用原子弹对海军的影响并不大。三是聂人凤的态度，以及对海军将领下的“禁口令”。可是，有一点是海军无法摆脱关系的，那就是，当时不可能用轰炸机直接载着原子弹飞往前线，必须要由海军的战舰负担运送任务。
薛希岳在回到了帝国之后，就给聂人凤打了电话，要求聂人凤着手准备运送原子弹的工作。当时，这也只算得上是准备工作，并不是说薛希岳已经决定使用原子弹。总不可能在首相确定要使用原子弹之后再来研究运送计划吧。
这件事情也被交给了甘永兴去处理，而甘永兴则把这事交给了谈仁皓去处理。当时聂人凤在京城就没有呆几天，在首相回国后不久就回了京城，甘永兴要处理海军大量的事务，哪有精力来负责这件事，正好谈仁皓也没有要急着回莫斯科去，甘永兴就干脆把这事交给了谈仁皓，免得让谈仁皓成天呆在家里。
当时负责协助谈仁皓的参谋军官提出了好几套运输方案。
用运输机运送的方案首先被否决，就算原子弹能够装到运输机的货舱里去，运输机的安全率也是最低的，而且运送原子弹的工作必须做到万无一失，帝国花了几百亿的经费，就造出了三枚原子弹，如果中途弄出什么差错的话，那就是一笔巨大的损失了。
接着用潜艇运送的方案也被排除，潜艇内部空间有限，而且速度有限，单独航行的潜艇的安全性也不怎么样。更重要的是，没有哪艘潜艇适合运送原子弹，就算潜艇的行动很隐秘，可是谁敢让一个上校艇长押运呢？
用普通货轮运送的计划也很快就被排除了，美国仍然在旧金山部署了大量的潜艇，这些潜艇都在太平洋上活动，对船队的威胁很大，到5月份的时候，还有十多艘货轮被击沉呢，就算这个损失只占到了当时在太平洋上航行货轮总数的百分之一不到，但是就算这百分之一的危险系数也是无法接受的，更重要的是，货轮速度太慢，满足不了快速运送的要求。
用快速货轮运送的方案差点被采纳，但是最后也被排除，主要是帝国海军的所有快速货轮全都部署在了前线，并且承担起了为舰队进行补给的重任，从保密，以及安全性角度来看，从前线调遣快速货轮回国也没有什么好处。
最后采纳的方案是用战舰运送原子弹，而且必须是速度快，且航程足够，能够保证全程高速航行的战舰。最理想的是战列舰，可是帝国海军就那么几艘战列舰，且都在进行维修，如果仅调动一艘战列舰的话，那也太招人耳目了。排除了战列舰之后，就只有巡洋舰了。现在帝国海军有近百艘重巡洋舰，而且其中大部分都正在进行维修，部分重巡洋舰的维修工作即将完成。而抽调一艘巡洋舰来承担运送工作，这并不是什么引人瞩目的事情，本来帝国海军的巡洋舰就经常在各舰队之间相互调动，完全可以用前去替换第二特混舰队的护航巡洋舰为由，抽调一艘，或者多艘巡洋舰前往前线，完成运输工作。
当时的主要问题是，要不要为巡洋舰安排护航驱逐舰。
如果选择安排护航驱逐舰的话，那么就必须要在沿途几个港口停靠，至少得在阿普拉港，珍珠港这两处地方停靠。而运送工作是秘密进行的，且对安全性的要求非常高。阿普拉港的问题还不是很大，可珍珠港在美国潜艇的打击范围之内，如果美军潜艇埋伏在珍珠港外面，那么就会对出港的巡洋舰构成巨大的威胁。最大的问题是，如果舰队过于庞大的话，那也招人耳目。
进行了全面分析后，谈仁皓最后做出决定，不安排护航战舰，挑选一艘性能最稳定的巡洋舰，全程以30节的速度航行，中途选择偏僻港口停靠补充燃料，尽量缩短停靠时间，而且全程派遣岸基反潜巡逻机提供伴随护航，在到达了巴拿马，进入加勒比海的时候，再安排其他的战舰伴随护航，前往圣地亚哥港。
参谋军官对这套方案进行了全面的分析，最后得出了完全可行的结论。首先是以30节速度航行，并且避开美军潜艇主要活动海域，在全程有岸基反潜巡逻机伴随护航的情况下，几乎不可能遭到潜艇的伏击，在数年的海战中，就还没有一艘速度在30节的巡洋舰被潜艇攻击过。其次，单艘巡洋舰的行动容易保密，甚至不需要为此在海军备案，而且在到达了巴拿马之后，可以安排到其他的编队里，这样即使到达了前线，也不容易引起别人的怀疑。第三“江河”巡洋舰有足够的续航能力，在加足了燃料，并且减少其他物资的储备量，携带额外燃料的话，可以已30节的速度持续航行大概6000海里，而中途只需要进行一次燃料补给，全程航行时间大概就二十天左右。更重要的是，就算巡洋舰有一台主机出了故障，也能够保持24节的高航速，这仍然足以甩掉所有的潜艇。
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方案很快就确定了下来，六月初，第一批6艘“江河”级重巡洋舰完成了维修工作。为了检验这个方案的可行性，谈仁皓还安排了三艘巡洋舰，沿着三条不同的航向前往巴拿马。只是，这三艘巡洋舰都没有进入加勒比海，在到达了巴拿马之后就返回了帝国。而三艘巡洋舰都顺利的完成了任务，只有一艘巡洋舰在出发后的第十六天出了故障，但仍然证明可以以24节的速度前往巴拿马，而不需要立即进港维修。