昭宗选的一号种子，宰相孙偓，奉命挂帅凤翔征剿总司令，等待着汇集天下勤王之师，赶走岐贼，收复长安，建功立业。
但令人尴尬的是，天下竟无一兵一卒赶来会师，孙偓成了名副其实的光杆儿司令。在韩建的暗中指点之下，李茂贞认怂悔过，使得中央征剿凤翔的行动既无力也无必要。
一号种子选手孙偓的政治生涯也随之结束。先被免除了凤翔征剿总司令的职务，继而又被罢免了宰相。
不难理解，孙偓的罢相与韩建是密不可分的。
在大谋士李巨川的指点下，韩建对朝政的干涉可谓是润物细无声，不动声色地架空了中央朝廷。
除了搞掉一号种子孙偓，韩建还搞掉了三号种子朱朴。
其实搞掉朱朴并不费劲，因为这位大忽悠当初曾夸下海口，说用一个多月的时间复兴大唐。现在已经过去了整整半年多，他为昭宗画的“天下太平”的饼却一直无法兑现。
当初破格提拔朱朴的时候，就引起了群臣的不满，如今朱朴无法兑现当年吹过的牛皮，骑虎难下，舆论民意都对他很不利。
即使如此，韩建办事还是比较小心谨慎的，他先挑选了一个软柿子，道士许岩士。许老道是朱朴的举荐人之一。韩建就挑他做突破口，先诬告他犯罪，诛杀之后，再以朱朴与其亲善为由进行弹劾，把朱朴推到舆论的风口浪尖之上，于是昭宗将朱朴罢相。
搞掉孙偓、朱朴等“速成班”的昭宗嫡系，并非一件难事，因为他们原本就是烂泥扶不上墙，一般不具备兴风作浪的本事。而至于其它山头和派系，就没那么轻松了，例如宰相崔胤。
崔胤是抱了前宰相崔昭纬的大腿，而崔昭纬则是背靠王行瑜的大山。虽然同属关西利益集团，但王行瑜、崔昭纬均已丧命，崔胤失去了靠山，更重要的是韩建并不想与崔胤分享权利，于是也将其视为异己分子，列入打击对象。
在韩建的操作下，崔胤被逐出中央，外放到潭州（今湖南高官沙市）。崔胤知道中央人事调动的背后是强藩们较量的结果，若想在朝廷立住脚，就必须依附地方强藩，于是崔胤把目光放在了中原第一强藩——朱温的身上。
崔胤秘密联络朱温，指点他兴修东都洛阳，暗示他挟天子以令诸侯。
朱温立刻明白了崔胤的用意，急忙与洛阳行政官——河南尹张全义，联合上疏，请求皇帝迁都洛阳。同时声称自己要派两万人的部队护驾，又帮崔胤说了几句好话。
两害相权取其轻。韩建担心朱温真的会来跟他抢皇帝，于是改而支持崔胤留在中央做宰相。
崔胤再次拜相之后，立刻诬陷陆扆跟李茂贞是同党，将其贬出朝廷。崔胤的这波报复行为让韩建看得心花怒放，二号种子陆扆，不用自己费事了。
宰相都可以被搞掉，其他官员更是不在话下。韩建对文官集团的清洗工作基本完成，也宣告着昭宗的文官路线再次全面失败。
接下来，韩建要砍掉昭宗的另一条手臂：亲王典兵。
【十六宅惨案】
大唐乾宁四年（897）正月初八，昭宗接到一封紧急奏章，说有证据表明，睦王、济王等八位亲王，密谋杀害韩建，劫持天子去河中。
上奏者：韩建。
昭宗大惊失色，急忙召见韩建，要消除误会。韩建托病不来。
昭宗让那八位亲王亲自登门，到韩建那里解释。
韩建依旧是避而不见，还上疏说八位亲王忽然到访，动机不明，我不敢跟他们见面。
最后，韩建提出了自己的条件：禁止亲王典兵，并将亲王软禁。
他的理由是亲王应该主动避嫌，不能掌握兵权，更不能参与朝政，要效法祖制，让亲王们居住在十六宅。十六宅，软禁亲王之皇家大院。
亲王是昭宗的探路石，是他借力打力、迂回夺取兵权过程中的重要一环，不能轻易放弃。只能跟韩建虚与委蛇打太极，片儿汤汆丸子。
韩建二话不说，率领精锐部队包围了皇帝行宫，武力威胁。在军队的撑腰下，韩建得寸进尺，提出了更加苛刻的条件：新设立的安圣、保宁、宣化等禁军营必须裁撤！
在武力威胁下，昭宗不得不答应下来，于是，安圣、保宁、宣化等新军就地解散，亲王们收归十六宅软禁。
至此，由昭宗亲自统领的禁卫亲军，一个不剩，全部化为乌有。
韩建苦口婆心，教导昭宗，说自己所做的一切都是为了他好，为了皇家的江山社稷而着想，切不可饮鸩止渴，不能被眼前的藩镇割据迷惑了双眼而忽略了亲王的潜在危害。
汉有“七国之乱”，晋有“八王之乱”，本朝前有“永王之乱”，近有“李煴之乱”，外邦吐蕃之乱……无一例外都是拥佐皇族宗支以维系四方人心。藩镇顶多是割据一方，而亲王却能断了整个江山！
所以，韩建提出，为了不给番邦外族和别有用心的人留有可乘之机，还要把之前外放到地方上的亲王也招回来，一同软禁在十六宅。