关于大本营和关东军之间的矛盾那是由来已久了，这次与苏联之间的战争不过是一个导火索而已。
事实上早在1933年起，日军即全面着手对苏联的战争准备。
为此，日军构筑了由图门经宁安、牡丹江、勃利至佳木斯、伊春、铁骊、绥化的东部铁路，并建成由林口经鸡西市、密山到达乌苏里江岸虎头镇的支线；在北部建成经北安、孙吴至黑河以及由嫩江、霍龙门至黑河的战备铁路；在西部从白城子经索伦、五岔沟至阿尔山的铁路也被全部修通。
此外，日军还沿着这些战备铁路的两侧修建了大量的营房、仓库、机场、公路等军事建筑。
在东北内地，日军更是耗资巨万，扩建了兵工厂、车辆厂等军工部门。
其部队编制，则按战时编组，专门在东部、北部，成立了几个军一级的指挥机构。
关东军以临战姿态所需要的一切，其国内无不尽力解决。再加上日本宣传机关的鼓吹，“无敌关东军”的雄名几乎传遍了全世界。
然而，就是这样一支牛逼哄哄的部队，在这次的局部战役中，竟连连失利。
近代作战，突破对方阵地所需的飞机、坦克、大炮，关东军无不具备，但在实战中却都不占优势，关东军的对苏战争中心问题是进攻，进攻的重点是对各个阵地的突破。
可是关东军自6月20日直接指挥诺门罕作战以来，对苏蒙军阵地的进攻连连受挫，使其大本营极为失望。
此时的日军大本营，对关东军越权擅自轰炸外蒙的机场；拒绝驻青岛的第五师团增强诺门罕地区；使用象23师团这样的新部队，来解决与日本声誉有关的边境事件等等，都颇有意见。
可是关东军的那种傲慢不可一世的态度，却有增无减。
他们以建立伪满洲国，为日本开辟了数倍的疆土而自负，并以指使伪满洲国的方式，对待其国内问题；他们以自己是日本在大陆上的主要军事力量，拥有对大陆政策的最后发言权而有恃无恐；对一些重大问题，他们常常以根据现地的判断为理由而自作主张，对抗其国内。
当时的关东军，在日本政治生活中，已成为一个特殊有时又是很棘手的问题。
其原因除了关东军本身之外，还有日本军界利用这支庞大国外驻军的影响，来提高其在日本政治生活中的地位，有时甚至要挟其国内各界和左右日本政府的政策。
日军大本营在分析了日苏关系及根据诺门罕地区的军事情况后认为，该地的战事，短期内不会停止。为加强该地区的作战指挥，于是下令，在海拉尔地区成立第6军，辖第23师团、海拉尔第8国境守备队、在海拉尔地区的第1、第2陆军医院。
自第6军成立后，关东军与其大本营的矛盾越来越深。
日军大本营的想法是，以一个军专门组织计划、指挥该地区的作战，这样一心专用，也符合日军历来的做法，即根据需要成**一级的指挥机构，作战结束后，军的单位也随之取消，部队的各项军事工作，由师团为单位组织实施。
对成立第6军这样一级指挥机构，关东军认为诺门罕事件，从开始即由关东军指挥其直辖的第23师团作战。由于战事失利，而突然成立第6军，来隔开关东军的直接指挥，这是对关东军的不信任，有意给关东军难堪。
另外，在7月20日，日军参谋部为研究解决诺门罕事件，通知关东军参谋长矶谷廉介中将回国参加研究。会上按照事先拟制的“事件处理要纲”进行讨论，大意是对此一事件，本着局部就地解决的方针，至迟于今年冬季处理完毕。
武力如果不能达成目标，就通过外交途径解决，然后部队撤离该地，如苏军再侵入争议区，视情况进行反击。
对于空中作战，对越境的飞机应予以打击，只有“满境”遭到轰炸，才可进行空中进攻作战……