同时日军连续两次扫荡鲁南，致防区据点丧失殆尽。国民政府军事委员会鉴于苏鲁战区形势日趋险恶，战区所属部队需待整补，乃命令放弃鲁南及苏北根据地，向皖北转移，转至安徽阜阳。
加上鲁南之国军沂蒙游击基地也在1941年日军“扫荡”中丢失，眼下鲁中、鲁西的国军在日军连续“扫荡”下呈不支状态，计划中前往增援的第92军李仙洲部又在鲁西南与八路军摩擦中战败。
无奈之下，国民政府不得不将苏鲁地区的国军撤离，至此，日军彻底的占领了整个山东和江苏。
值得一提的是，冈村宁次虽然表面上告诫部队在军事行动中要“戒杀、戒烧、戒抢”，在扫荡中要奉行“三戒政策”。然而，在暗地里依然纵容部队实施三光政策，冈村宁次对于城内的老百姓和乡村的中国百姓采取了截然不同的手段。
在城镇日军对于普通老百姓是笼络有加，只要按时缴纳钱粮，其他的可以一律从宽。
但是对于游击区的老百姓则是依然奉行三光政策，单单两次扫荡就造成鲁西、鲁南地区数万间房屋被日军炮火摧毁或直接烧掉，上千万斤粮食和大量的牲畜被日伪军抢掠，群众累计有上万老百姓被杀、1300多人被抓走。
日伪军还在这些地区制造了几起集体屠杀的血案，1943年1月8日凌晨，扫荡莒县的日军行军至周家口村，立即对这个小村庄进行了全面包围，由于事发突然，所以村里一个人也没有逃出来，村里的老百姓被日伪军驱赶到3个院子里，遭机枪扫射。
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在这次暴行中有264人遭到屠杀，其中最小的只有3个月，年纪最大得有78岁。
1月13日，日军在沂南县的守军突然出动，袭击距离城南22里的柳庄，将正在庄子里养伤的二十多名国军伤员被抓获，日军将这些人绑在木桩上，然后将全村所有人都驱赶到村头，强迫老百姓观看日军屠杀这些国军伤员。
半个小时后这些伤员全部被当着柳庄村民的面处死，有的被开膛破肚，有的被刺死。
最令人恐怖的是有两个人的头骨被砸开，取出脑汁，搀放在白玉米馇粥中熬煮，取名“开脑粥”，熬好后，强迫村民喝掉。
事后，庄子里的老百姓许多年不敢吃白玉米馇粥，有的连看也不敢看。
面对日军的疯狂进攻，大量的国军将领率部投敌，除了之前提到的吴文华外，还有国民党忠义救国军副总指挥何行健，此人在苏南率部50000人投敌；苏鲁战区游击纵队副总指挥李长江率所部8个支队投敌；国民党江苏保安第八旅旅长杨仲华率所部全部投敌；新编第5军副军长刘月亭率所部全部投敌；国民党第30师师长公秉藩率该师及第3、第9、第17、第80、第93各军之一部共22000人投敌；国民党第69军军长毕泽宇率所部投敌。
在很短的时间内，国军在华北的军事力量遭到了重创！
与此同时，在冀中的日军也在第一军司令部的指挥下，对铁道线两侧的八路军防区展开进攻。
短短不到两个月的时间就有多支八路军游击队被打残，甚至于日军一度还占领了阜平和平山等地，八路军遭到了巨大的打击。
军事上接连的胜利，也使得华北方面军原本低落的士气迅速得到了振奋。
其次大量的抗日力量遭到毁灭性打击，日军大有重新攻打冀南等地的意图，使的冀察战区上下人心惶惶。
苏鲁战区的失败已经让冀察战区的不少人心里打了退堂鼓，再加上日军暗中的拉拢和利诱，冀察战区内部已经有不少人和日军眉来眼去了。
由于这次扫荡有日军的特战队以及情报部门协助，不管是小游击队还是正规部队都未能幸免，短短一个多月的时间损失极为惨重。