继续旅行的小智一行人这一天来到了新的城市黑云市。看起来有些破败的城市，从海面吹来的风闻起来带着臭泥的气息，影响路过的心情。
“黑云市啊，果然城如其名，到处都是黑漆漆的。这个地方工厂林立，可是看起来怎么冷冷清清的啊，我不喜欢这种感觉。”小霞皱着眉头说道。
“黑云市以前可是关东地区有名的工业园区，但由于过度的消耗资源，导致海水和空气被污染，变成了现在的样子。”小刚很了解的解释着！
“曾经那么繁华现在却变成这个样子，说起来这个地方真叫人感觉压抑哎，天色不早了，我们还是在神奇宝贝中心休息下把！”小霞催促着。
“各位，我们还真得快点去神奇宝贝中心了，皮卡丘好像有点不舒服。”就在小霞他们说话的时候，小智注意到皮卡丘有些不太一样，“看来又进入带电状态了。”小智心想。
“糟糕，它好像发烧了，快，我们快走！”小刚上来摸了摸皮卡丘的脸颊，催促道。一行人便朝着神奇宝贝中心跑去。
来到神奇宝贝中心，这里的乔伊小姐果然还是性格怪怪的，虽然嘴上埋怨着小智等人这么晚还来打扰，但还是准备给皮卡丘治疗了。
就在乔伊小姐把皮卡丘抱进治疗室的时候，突然停电了。
“怎么回事啊，怎么停电了？”大家疑惑的问到。
“遭了！黑云市的电力都是由发电厂提供的，没有备用能源啊，要是停电的话，治疗中的神奇宝贝就有危险了！”乔伊小姐焦急的说着。
“没办法了，乔伊小姐，麻烦你照顾好皮卡丘，我们去发电厂看一下！”小智知道问题出在发电厂，就和小刚他们一起跑了出去。
看着小智离去，乔伊怀里的皮卡丘挣脱出来，跟着跑了出去。
一行人跑出神奇宝贝中心之后才想到，他们根本不知道发电厂的具体位置在哪，只好走到路边的警卫亭询问君沙。
“看到那个有大烟囱的工厂了吗？你们沿着这条路一直往前走就可以到了，希望你们能找到发电厂的工人，让他们解决停电的问题。”君莎小姐一边指路，一边期盼着电力能够早点恢复。
“谢谢你了君莎小姐！”谢过了君莎，正当小智他们准备继续前进的时候，皮卡丘从路边的草丛中跑了出来。
“皮卡丘？！不是要你在神奇宝贝中心好好休息的吗？干嘛跑来啊，身体会受不了的！”小智惊讶的看着皮卡丘说道。
“皮卡丘皮卡皮卡…”皮卡丘小声的叫着，声音有些不安。
“皮卡丘好像以为我们把它遗弃在神奇宝贝中心了哎。”一旁的小霞猜测到。
“是这样吗？皮卡丘。”小智问到，皮卡丘也点了点头。“真拿你没办法，那就跟上来吧，身体不好可不要勉强哦。”说完，皮卡丘高兴的跳到小智肩膀上，但因为带电状态，小智被电的浑身发麻！
结束了小插曲，一行人顺利到达发电厂，工厂里一片漆黑。
“看来不是机械故障哎？没有机器爆炸的情况，我们还是去找发电厂员工问一下吧。小刚，中央控制室在哪？”小智问道。
“我看看啊，在…”就在小刚用手电筒看工厂平面图的时候。工厂里传来一阵惨叫，小霞被吓的躲在了小智身后，不时的深处脑袋偷瞄着。“什么啊？有东西在叫哎…”
“小刚，好像有人在那，我们过去看看！”小智说完就走了过去，小刚紧跟在后，小霞虽然很害怕但也没有办法了，只好跟着走了过去。
三人走到一个厂房前，里面不时穿出惨叫，门地缝隙处还不时闪过光芒，一行人马上冲了进去，可眼前的景象让他们大吃一惊，一只黄色的浑身散发着电流的神奇宝贝在车间里发着脾气，旁边还倒着许多失去战斗能力的臭泥和小磁怪。
“这…这是，闪电鸟！”小智被惊呆了。原剧情中明明是臭泥们堵塞了入海口导致涡轮发动机停止转动才造成的停电，现在居然出现了三神鸟之一的闪电鸟，这下玩笑开大了，剧情又跟游戏重叠了。
一旁的小刚和小霞也处于大脑当机状态。
“你们在那干嘛啊，快跑啊，我们可不是它的对手！”这时，车间里跑出了一群工作人员，浑身被电的焦黑，一边喊着一边往外跑。
“小智，我们也快跑吧，对手可是闪电鸟哎！”小霞回过神来提醒道。
“可恶，不把它赶走的话神奇宝贝们就有危险了！”小智想着解决办法，突然灵机一动，“有了，去吧耿鬼！”然后小智让耿鬼当翻译，尝试着跟闪电鸟沟通。
“闪电鸟，请你离开这里好吗？停电会给这座城市的神奇宝贝带来伤害的！”耿鬼冲着闪电鸟喊到。
闪电鸟看了一眼耿鬼，回答它的是一发十万伏特，“除非你能打赢我，它是这么说的。”耿鬼翻译道。
“可恶，性格这么差，小刚把大岩蛇留给我，我要收服它！”没有办法，小智只有对战了。“小霞，先带着皮卡丘回神奇宝贝中心去，它现在生病不能战斗，小刚你是饲育家也去帮忙照顾神奇宝贝吧，我随后就到。”小霞没有办法只好先回去了，毕竟她的水系神奇宝贝在这儿排不上用场，小刚留下了大岩蛇也跑了出去。。
“去吧，尼多王！”“去吧，大岩蛇！”小智分别派出了拥有地面属性的尼多王和大岩蛇，毕竟是神鸟，免疫电气系还是很有必要的。耿鬼也再一旁打辅助。