获得了深红徽章，小智一行人正准备坐联络船回到枯叶市，之后再赶回常磐市，只不过出了些状况，联络船开走了。
“搞什么啊！我们还没有上船啊！”小智无奈的说到。
“还不是因为你睡过头！害我们赶不上船！”小霞在一旁嘲讽道。
“好了，大不了再在红莲岛居住一晚，明天再来坐船吧。”小刚则在一旁劝说道。
就在众人准备返回夏伯家借宿的时候，海边突然窜出一只神奇宝贝，小智躲避不及，被撞了个正着。
“痛痛痛！什么东西啊？！”小智揉着自己的脑袋问到。
另一边，小刚扶起那只神奇宝贝，众人才发现是一只卡咪龟。
“是卡咪龟啊！”小霞惊讶的说到。小智随即拿出图鉴，“卡咪龟，龟神奇宝贝。是杰尼龟的进化形。那长毛覆盖的尾巴，被人们认为是长寿的象征。”
“是野生的么？怎么会出现在这里。对了！”小智疑问到，突然，他好像记起了这部分的剧情。
缓过劲儿来的卡咪龟看见众人，十分焦急的卡咪卡咪的叫着。小智派皮卡丘前去交涉，可是却发现皮卡丘根本听不懂卡咪龟的话，没办法只好让自己耿鬼出来翻译。
“他说他来自一个叫做水箭龟之岛的小岛，他们的王好像出了点什么事故，一直沉睡不醒，而且越来越多的同伴也开始沉睡，只有他一个逃了出来，想找人寻求帮助。大致就是这个意思。”耿鬼将卡咪龟的话翻译了出来。
突然，小智的神奇宝贝球自行打开了，出现的是小智的卡咪龟，只见他在龟壳中掏出了自己的墨镜，冲着小智说了几句。
“你的意思是要去帮助他们么？”小智问到。小智的卡咪龟点了点头，催促着小智快点出发。
“既然这样，我们就去看看吧，说不定能帮得上忙。”小霞和小刚也都是热心肠，一行人决定出发去水箭龟之岛帮忙。
因为没有船，小智放出了暴鲤龙、哈克龙和喷火龙，分别载上了三人，一行人跟着那只野生卡咪龟，朝着水箭龟之岛前进。
这时在不远处的海面上，一个潜望镜悄悄的升了起来，一直金鱼王外形的潜水艇隐藏在海面下，果然还是火箭队三人组。
“小鬼头他们好像跟着一直卡咪龟跑掉了耶喵，我们要不要跟上去啊喵？”喵喵回头问了问武藏和小次郎。
“当然了！有皮卡丘的地方就有我们火箭队，出发！”武藏元气满满，三人飞快的骑行踏板，悄悄的跟了上去。
另一边，在神奇宝贝的帮助下，小智一行人很快就看见了一座小岛。一上岛，卡咪龟就带着他们来到了一个开阔海滩，那里聚集着许多杰尼龟系列的神奇宝贝，只不过现在他们都缩在壳里，一动不动。
“这是？杰尼龟和卡咪龟！好多啊！好可爱！”小霞看见这么多水系的神奇宝贝很是兴奋。
“这就是那只卡咪龟说到的奇怪现象么？虽然说杰尼龟系列的神奇宝贝属于龟神奇宝贝，但也没有长期休眠的习性啊，很奇怪哎。”小刚关注的则是神奇宝贝的习性。
正当众人疑惑的时候，带他们上岛的卡咪龟跑到一个平台的位置，朝着他们大喊着，一行人急忙跑了过去。
“这是？！水箭龟！这就是卡咪龟说到的王么？”来到平台跟前，一行人发现了之前提到过的水箭龟，和杰尼龟他们一样，水箭龟也陷入了沉睡的状态中。
小智来到水箭龟跟前，拿出图鉴记录着，“水箭龟，龟甲神奇宝贝。是卡咪龟的进化形。巨大的身体虽然没有速度的优势，但是力量惊人。坚硬的甲壳防御力特高，背上的水炮攻击力威力巨大无比。”
“这只水箭龟的体型和龟壳颜色都很正常，温度也没有异常，为什么会出现长时间休眠的状态呢？不应该呀。”一旁的小刚临时客串了神奇宝贝医生的角色，正拿着听诊器四处的检查着，毕竟饲育家还是有一定的医疗基础的。
“那就奇怪了，这么多神奇宝贝集体昏睡，没有一点征兆，这没道理啊。”小霞想不出有什么理由来解释目前的状况。
“你们看！我好想找到问题的所在了，你们快看这只水箭龟的炮筒！”经过一系列的观察，小刚终于发现了什么。
众人随着小刚的指示看向了水箭龟背后的炮筒，果然，有一只炮筒被什么东西堵住了。
“这是什么啊？粉红色的，还软绵绵的？”小霞凑上去大大咧咧的戳着那个不明物体。
“惨了，这不是胖丁么？！”小智突然反应过来，认出来卡在水箭龟炮筒里的神奇宝贝。
“胖丁！使我们之前碰到的那只神奇宝贝么？刚好上次跟丢了，这次我一定要收服它！”小霞倒是活力十足，准备动手收服。
“好了，收服什么的还是待会再说吧。看样子这只胖丁不小心钻了进去，又恰巧使用了唱歌技能，所以才导致所有的神奇宝贝陷入了睡眠状态，我们还是先把它救出来吧。”还是小刚比较稳重，冷静的分析着整件事情的来龙去脉。
一行人立刻着手解救胖丁，就在这时...
“这些杰尼龟和卡咪龟，我们火箭队收下了！哦哈哈哈！”随着一阵夸张的笑声，真主角登场。
“既然你诚心诚意的发问了，我就大发慈悲的告诉你。”