“皮卡！皮卡丘！皮卡丘！”皮卡丘做出使用技能的姿势，随后指了指隔壁的岩壁，又奋力的挥舞前抓，努力画出一个长方形，似乎想告诉小智些什么。
“你是说刚才的十万伏特击中了岩壁，出现了一个石洞？！还是什么？”小智似乎领会到了皮卡丘的意思，随后跟着皮卡丘来到了刚刚爆炸的地点。烟雾散尽，果然一个巨型建筑出现在出现在了刚刚的岩壁上，好像是个古庙，顶端还有一口大钟。
“终于又有新发现了！”就在小智等人准备进去一探究竟的时候，身后突然传来兴奋的喊叫声。众人闻声一看，一个身穿考古服的女生冲了出来。
那个女生第一时间冲了过来，疯狂的挖掘着，刚刚爆炸产生的碎石不断的被扔出来，其他考古人员也拿着放大镜和刷子在附近不断的勘察着。
“小智，你看这是什么？”这时小霞在旁边的碎石堆里发现了一个两头尖尖的东西，看起来是个很有年代感的物件。
忽然，一双手突然从小霞手中抢过了那个东西，“就是这个没错了！！金色之眼！！终于发现你了！”女生不断的用放大镜观察着，嘴里激动的喊道，这人正是新闻报道中的怀特博士。
“团长！我们终于有发现了。”怀特博士兴冲冲的拿着东西奔向了自己的考察团队。
“那个，不好意思，我们先发现的，能不能让我看...”“太感谢你了，我叫做怀特，请多多指教，多亏了你，没想到能这么快就发现金色之眼。大家把营地转移到这里吧，要抓紧发掘呀！”没等小霞说完，怀特博士就激动的握起小霞的手，不断的感谢着，随后还吩咐着同事。
忙活了一阵，科考队终于有时间接待小智等人，来到考古队的帐篷里，怀特博士正兴冲冲的给他们介绍着发掘的物品，有一个神似可达鸭的土偶引起了大家的注意。北斗也给大家介绍着此次发掘的遗迹叫做波克莫尼亚文明，而这个土偶似乎是古代人崇拜的神。
“这个是可达鸭么？没想到古代人居然会崇拜可达鸭，超古代文明真的很奇妙。”小霞不可思议的说道。
“波克莫尼亚文明啊，我之前有在书上读到过，好像是突然发生了天灾异变，一夜之间就消失了。他们把神奇宝贝当成超自然的力量来崇拜，不过文明的遗迹一直没有被发现，没想到今天能够有幸见到。”小刚摸着下巴思索着。
“没错，小刚的学识很渊博，这么冷门的文明都知道。很不错。能够证明这个文明存在的，就只有在这座山上挖掘到的这些古董了。”怀特博士称赞道。
随后，怀特博士拿出一个勺子，跟刚才新发现物品一样材质。“我从大量的古籍和偶然发现的石板中发现了一些线索，所以带着考察队来到波多罗山，直到突然发现了这两个物品，波克莫尼亚文明的两个力量，似乎就跟这两个东西有关。”怀特博士严肃的分析着。说着，拿出了那个写满了波克莫尼亚文字的石板。
“这是波克莫尼亚文字啊，看起来好难的样子。”小霞看着晦涩难懂的字符，感叹到。一行人的注意力全都在石板上，丝毫没有注意到身后的两个刚刚发掘出来的物品发出了金色的闪光，只有皮卡丘意识到了什么，回头疑惑的看了一眼。
“皮卡丘，怎么了么？”小智注意到了异样，回头问道。“皮卡皮卡...”皮卡丘无法解释自己的发现，只能摇了摇头。只是小智没有打算提前引导剧情，就这样放任自流了。
“这块石板是我们考察队无意间发现的，经过细致的研究，我们终于破译了这部分石板的内容。”另一边的怀特博士还在细致的讲解着自己的发现，小霞他们也十分期待的看着怀特。
“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑天空；金色的眼眸，扰乱气脉；把世界一分为二的争端，
人们束手无策。异界之门在天空打开，此时出现了平息一切的力量，化成圆球回到地下。”怀特博士低沉的声音诵读出这块石板上的文字，小霞和小刚似懂非懂的体会着这段话的意思，也只有小智才能理解这段话的含义，看着不远处的大钟发呆。
可是这一看不要紧，小智发现本该完整的那口大钟竟然从中间出现一道裂缝，直接将钟一分为二，这下可吓坏了小智，这口钟可是解决剧情的关键道具，现在却已经被毁，之后的发展显然已经脱离了小智的预料，看来之前的决定是对的，如果超古代神奇宝贝出现，能够抵抗他们的只有自己手中的神鸟了。
就这样，小智劝说小霞二人在营地露宿，待第二天再返回真新镇。事实上，小智是想在事情发生前阻止事态的进一步发展。这天夜里，小霞和小刚已经安然入睡，小智则辗转反侧不能入眠，始终在惦记着如何解决这件事。
突然，营地外传来了一声呼喊，“救命啊！有怪物啊！”一阵熟悉的声音传来，听起来是火箭队的声音。整个营地瞬间被惊醒，许多考古队的工作人员纷纷爬起，想看看到底发生了什么。
只见火箭队三人飞速朝着营地奔来，表情十分恐惧，像是看到了什么可怕的东西。小智也第一时间冲出帐篷，看到了他们。
“小...小鬼头，虽...虽然平时我们是...是对手，但...但是你，你，你...可不能见...见死不救，有怪物啊！”武藏看到熟悉的小智等人，瞬间躲在小智身后，颤抖的身体让她连说话都结结巴巴的，一旁的小次郎和喵喵也好不到那里去。
“武藏，你们到底又闯了什么祸！”小霞倒是很了解火箭队，上来就追问道。随后，武藏平复了心情，缓缓解释了自己的经历。原来火箭队们听说这里有遗迹，就像过来挖宝，可是武藏的阿伯怪却带回了一个类似哑铃的黑色物体，这个东西发出一阵红光，将武藏的阿伯怪吸了进去，火箭队三人见状，直接逃了出来。
众人了解到这点，正准备讨论怎么逃离这里，可那些考古队的队员好像职业病犯了一样，争抢着要去事发地一探究竟，结果...随着一阵阵红光闪过，所有考古队员都被神秘物体吸了进去。只剩火箭队、小智等人和怀特博士留在了营地。而那个神秘物体也显现出外形，竟是一个身上布满了神秘花纹的巨大耿鬼。
“这个是？耿鬼？！那些花纹是什么？”怀特博士惊讶的看着眼前巨大的神奇宝贝，有点搞不清楚状况。这只巨大的耿鬼并没有攻击剩下的人，而是大吼一声，身体里的暗黑能量冲向天空，刚刚还晴朗的天空瞬间暗无天日。
“大家小心，离这家伙远一点，我刚注意到接触到它身体的人都被吸收了，大家拉开距离。”知晓剧情的小智提出自己的建议。但是耿鬼似乎并没有把他们放在眼里，径直朝着真新镇的方向走去。
“那个方向是？可恶，现在恐怕不能袖手旁观了。”说罢，小智朝着巨大耿鬼冲了过去。
“小智！”“小智！”小霞和小刚担心的喊着小智的名字，但小智坚定的跑去，因为他是真新镇的训练家，要尽自己的努力阻止真新镇被破坏。