会议上，参谋长费舍尔上校代表亚历山德罗夫少将宣读了针对黑龙江城作战的部队配置和攻击命令。这次沙俄的作战部队包括了15个连、48门炮、一个骑兵连，另外由哥萨克中校佩琴金负责指挥207名桨手、80艘小船、5只平底小驳船。
不大的会议室内，身穿绿色红翻领军装的的沙俄军官人挤人，对面的费舍尔在助手艾辛举着的烛台照耀下，宣读了作战命令。
“命令：颁发给集结在黑龙江城外的部队，东部方面军参谋部，1788年5月30日。
一、我军部队应在6月1日夜渡河到阿穆尔河左岸，将敌人从瑷珲旧城的阵地上击退，并占领瑷珲旧城。
二、上校什韦林率领二团继博加耶夫斯基上校的纵队之后，在瑷珲旧城附近登陆，然后朝着同方向继续前进。渡过河以后，将一个连留在瑷珲旧城西面的高地上，以便观察和掩护作战部队的后方。
三、中校波利亚科夫继第二火枪团的纵队之后渡河，扫荡稍达子沟的敌人，之后跟随作战部队的右翼前进。
四、中校佩琴金负责正确分配桨手并派遣河船去左岸，在运从部队登陆后返回船队继续运送。
五、骑兵连在半夜一点在上瑷珲旧城城北部渡河，侦察敌人的部署，侦察完毕后，集中在作战部队的右翼。
六、少将亚历山德罗夫将带领后备部队在瑷珲旧城附近登陆时，炮兵司令指挥各船炮兵，击毁设置在瑷珲旧城和黑龙江城岸上的的敌炮，并用炮火轰击黑龙江城和瑷珲旧城的火药库，一有机会便靠近左岸，伺机登陆，用炮火截断敌军向齐齐哈尔撤退的道路。
七、注意掩护船队，避免遭受部落民和清军的突然袭击......”
部队司令亚历山德罗夫少将在费舍尔上校宣读完作战部署后，对与会的所有的军官最后总结道：“先生们，由于你们的无能，总司令官阁下没能按计划进入黑龙江城举行授勋仪式，他的抵达日期改在了6月10日。这次我们的进攻行动有多重要就不必再说了，不过请你们记住，女皇陛下在等待我们胜利的消息！愿上帝的荣光保佑我们战无不胜！”
5月30日，刚刚渡过边境抵达雅克萨的伊尔库茨克总督伊凡雅克比迫不及待的发布了一道命令，将边境线到呼玛尔卡伦沿途两岸所有带有汉字的石碑、界碑甚至墓碑，统统刮掉，把沿路所有属于清国的山名、地名、水名统统改掉，让地图上再不存在一点与清国有关系的地方！
沙俄东路军统帅苏沃洛夫在出发前看到伊凡雅克比拟定的地名名单后，禁不住骂了一句“混蛋！“，因为那厮除了用雅克比家的姓、名、父命名外，连他老婆、亲戚的名字也列了出来，甚至最末一个地名后面还标注着“这是我妻子的那条哈巴狗！”
经过沙俄先头部队的侦察探明，清军的阵地布设在卡伦山高地到瑷珲旧城沿岸一线；同时黑龙江城的主力不是集中在城里，而是集中在离岸四、五里的树林里。沿岸的防线上白天只有警戒哨，而夜里则是连续不断的游兵散勇。
同时，沙俄参谋部认为黑龙江西岸和结雅河汇合处是最适合集结出发部队的地方，这里只有个几户人的小村子（后世的海兰泡屯）。登陆后对面就是山沟口，可以在其中集结整个作战部队。而俄军沿着这条沟前进，可以神不知鬼不觉地深人敌人后方及其左翼。
事实上由于兵力不足，清军将领额勒德木布把之前布设在瑷珲旧城到结雅河一带的清军撤走，只在稍达子沟附近有一支由一个协领和两个骁骑佐领组成的巡逻队；这支队伍除了可以警戒报信，还可以护卫清军防线的左翼。
而这一决定让他追悔不已！
6月1日午夜三点，博加耶夫斯基率领的火枪团乘小船登岸，之后便沿着那条山沟左边的高地发动进攻。凌晨四点，清军的一支十人巡逻小队发现了他们，双方随即展开交火，只有弓箭和两支鸟枪的清军在交战后没多久，连同什长在内的八人战死，只有两人逃回去报信。
差不多在同一时间，天刚刚开始破晓，沙俄船队驶过结雅河和黑龙江交汇处，向瑷珲旧城靠近，江岸上清军的火炮便展开了炮击。鸟枪、二人抬、子母铳、奇炮的火光象闪电似地掠过江面，景象极为壮观；瑷珲旧城的居民都爬上城头大声叫好，不过随后罗刹那呼啸的炮弹迫使他们又纷纷躲回了城墙后面。
在清军排枪的轰鸣声中掺杂着双方的隆隆炮声。沙俄船队中的的24磅炮也在随后开火，清军的江岸阵地上很快就升起了一道道浓烈的烟柱，清军炮手死伤惨重。部队参谋长费舍尔上校根据清军防线上的火力估计，清军在这里至少布设了两千五百人。
沙俄船队于江岸清军炮位的互射转移了防守清军的注意力，而沙俄军队在河口的登陆行动便十分顺利。不过当负责指挥的清军将领终于发现是怎么一回事以后，清军只好走出防线，主动迎战。
清晨6点45分，清军派出了一支由500名骁骑甲兵组成的军队，他们手持弓箭和长矛，只携带了两门子母炮；过了15分钟，又一支由200名鸟枪兵和1000名背着弓箭、手持长枪的甲兵所组成的部队，带着十门回铳和两门得胜炮，会同80人的骑兵向山沟中的俄军围了过去。
博加耶夫斯基派出手下的两个哥萨克炮兵连，他们携带着六磅炮和八磅炮向清军展开炮击。十五分钟后，他便指挥着手下的四个营发动进攻。
清军与罗刹的地面战斗在清晨7点30分打响，清军的两门子母炮在距离俄军对面约一里外的地方开火，打了一轮实心弹和两轮霰弹后，鸟枪兵开始打放排枪，甲兵和骑兵准备包围沙俄军队的右翼。在俄军的左翼，一队由两三百名鄂伦春猎人组成的队伍在树林的掩护下，向罗刹抛射箭雨。
因为清军火炮和鸟枪的射击距离太远，沙俄军队的损失并不大。博加耶夫斯基对于派出了一个连队，很快就将鄂伦春人打跑；之后他又命令两个营攻击右翼的骑兵和甲兵，其余部队向正前方的清军发动总攻。
面对沙俄火枪和火炮的猛烈轰击，清军不住后退，起先还能进行正常的回射，打到中午时分，清军坚持不住了，剩余残部便开始翻过山向着瑷珲大撤退。到了下午一点，俄军的先头散兵已经占领了山沟上方；两小时后，中校波利亚科夫带领布里亚特第一第二火枪团向瑷珲旧城方向前进。
此时瑷珲旧城以北的清军几乎被沙俄军队全部肃清，黑龙江城副都统额勒德木布中枪受伤后逃回城中。
至于在黑龙江江面上的炮战，由于沙俄的战船均为内河船，所以并没有设置炮甲板，所有的火炮都放置在了船头和船中的位置。这导致在上午的炮战中，瑷珲旧城内的清军炮手用两门冲天炮向江面打了12发炮弹，当场击毁沙俄船队中的两门12磅炮和一门24磅炮，之后又用得胜炮打死哥萨克士兵20人。
从黑龙江城水营赶来的几十条大、中型雅克萨战船也击伤了几条沙俄战船，打死打伤敌军几百人。可由于船上的子母炮使用年头太久，导致有些没开几炮便炸膛了，还有的则是因为炮身过热，无法再战。
清廷在黑龙江将军府设有水师营，主要分三处驻扎。齐齐哈尔、墨尔根、黑龙江城。设在黑龙江城的水营有大雅克萨战船十只，二号雅克萨战船四十只，江船十只。这些船都是康熙二十二年在吉林船厂建造，按工部条例，需要每五年大修一次，十年拆造。
不过因为边境多年承平无事，黑龙江城水营的战力下降的厉害。营官不过是指挥水手练习撑船，船上开枪放炮的事根本不管，都是鸟枪营的事。兵部要求水营在每年霜降前的十天会操，可这几年水营总是以江面上冻为借口，根本不进行操演。
相对于清军水营，沙俄战船上的12磅炮打的又快又准，同时在燃烧弹和霰弹的加持下，清军水营损失惨重，一天下来损失大型雅克萨战船四条、中型雅克萨战船二十多条。
下午时分，哥萨克骑兵面对空无一人、甚至连水井都被填上的村庄，穷凶极恶的将瑷珲旧城外的几个村子付之一炬。大火熊熊中，被点燃的木头发出噼噼啪啪的爆响，数十道浓浓的黑色烟柱在原野上升起，守在黑龙江城和瑷珲旧城的军民却只能眼睁睁的看着，各自揣测着自己那不可知的命运。
就在这样一场即将输掉的战役中，一面红旗出现在了黑龙江城以南的江面上，北海军的船队终于到了。