然而，不到二十天，这四艘大船却无功而返，并且船身均有不同程度的损伤。带队的卡洛斯·巴特雷斯少校沮丧地告知科奎拉总督，福尔摩沙的两个据点已经失陷，它们遭到了明国将军郑芝龙部下的攻击。而作为支援舰队的他们，曾试图夺回圣萨尔瓦多（今台湾最北端基隆的和平岛）未果。
当支援舰队辗转至圣多明各（今台湾淡水）时，遇到了郑芝龙数十艘组成的移民船队，随即展开了激烈的海上搏杀。虽然，西班牙人凭借船只巨大，火力凶猛，击沉击伤了十余艘大小船只，但更多的郑家船队还是逃入了圣多明各。并且，依靠岸边的炮台，挫败了西班牙人的登陆企图。
眼见着西班牙在岛上的两处据点均被攻占，支援舰队所携带的武装也无力夺回，而且还要担心，对面大陆上的明国海军的援兵赶来，卡洛斯·巴特雷斯少校只能率领舰队返回马尼拉。
科奎拉总督对失去福尔摩沙殖民据点正在感到万分恼怒的时候，从卡拉巴又传来一个更为严重的坏消息，卡兰巴屯垦区的明人发动了暴乱，他们击杀了前来收粮的一百多名殖民军，还趁势攻占了卡兰巴城。
据圣佩德罗城的官员汇报，多达数千人的明人，持有刀剑和木矛蜂拥地冲进了卡兰巴城，他们杀死了内湖省高官、卡兰巴计划监督官路易斯·a·莫拉及以下数十名西班牙官员，并毙伤俘虏了几乎所有的西班牙士兵和土人仆从。
侥幸逃出卡兰巴城的零星官员和士兵不敢走大路，而是顺着林间的小路，绕道往马尼拉逃亡。经过大半天的亡命奔逃，直到进入圣佩德罗城，才稍稍喘口气。
圣佩德罗城的守军迅速集结了两百人的部队，二十多个胸甲骑兵为前锋，火枪兵和土人仆从在后，准备往卡兰巴城平定明人的暴动。
却不料，在半路上，遭到暴动明人的埋伏。二十多个胸甲骑兵，被一阵排枪射杀十余个，然后公路两边的林中涌出千余手持刀剑长矛的明人，将西班牙平叛部队迅速围杀在路上。只有五六个骑兵借着马速逃了出来。
圣佩德罗城顿时震动不已，立刻全城动员，并派人向马尼拉总督府报信。
科奎拉总督听到卡兰巴屯垦区明人暴动的消息，脸色变得非常难看。而且还听闻，暴动的明人居然持有大量刀剑长矛，甚至还拥有火枪。这样一来，事态就非常严重了，甚至比丢失福尔摩沙两个殖民据点还要严重。
数千明人，占据了卡兰巴城，还拥有武备力量，这对整个菲律宾的安全构成了直接的威胁。不要忘了，城外的八连（马尼拉城外华人聚居区），还聚集着一万多明人，再加上菲律宾其他地方的明人，要是一起响应卡兰巴暴动明人的行动。那对整个菲律宾的西班牙人来说，无异于灭顶之灾。
“城外的明人有什么动静？”科奎拉总督有些紧张地问道。
“还没有任何异动。”陆军司令波尔齐?奥纳托上校也是神色严峻，郑重地说道：“我已经下令关闭马尼拉所有的城门，并命令城头的炮手，一旦八连的明人有任何不轨行为，立即开炮。另外，城内的部分明人，也已经控制住了，全部关押在军营里。”
“你的应对非常正确，也非常及时。”科奎拉总督点头说道：“我们还要封闭港口，禁止明人商船到港。那些还未离去的明人船只，全部予以扣押。哦，上帝，这是怎么了，简直是一团糟！”
马尼拉殖民官员们看到总督大人在面对目前严峻的形势下，表现的有些失态，不禁面面相觑，心里也跟着有些紧张起来。
“总督大人，巴达维亚的荷兰代表已经来市政厅询问过我们多次了，何时签署一份新的停战合约。……我们是否立刻同意他们的要求？”海军司令罗尔?沙伊特上校小心地问道。
“嗯？”科奎拉总督凝神想了一下，随后点头说道：“答应他们的要求，签订一份新的停战合约。还有，要封锁我们这里的消息，不能让他们知道这里发生的一切。”
“遵命，总督大人。”罗尔?沙伊特上校说道：“在荷兰人离开之前，我会派人全程陪同他们。”
“总督大人，我们需要……动员武装力量去卡兰巴吗？”波尔齐?奥纳托上校问道：“他们此时，应该还未彻底掌控那里的一切，我认为，必须派出一支有力的武装去给予他们沉重的打击。”
“我们需要派出多少部队？我们马尼拉城里还有多少人？”科奎拉总督有些恼怒地看着奥纳托上校，“你准备将一座空虚的马尼拉城丢给八连的明人吗？……派出信使，去墨西哥求援吧。”
众人闻言，齐齐地看着科奎拉总督，去墨西哥求援，一来一回，再加上准备时间，快的话，一年半时间，慢的话，估计要两年了。
这么长时间，只有上帝才知道，菲律宾的局势会发展到何种地步！以科奎拉总督的意思，菲律宾殖民政府紧守马尼拉，其他地方可以置之不顾了。
科奎拉总督的决定，也是出于无奈之举。这三年来，西班牙人损失了太多的人，与汉洲的战争，与荷兰人的战争，以及在福尔摩沙的损失，前前后后，有一千多人，如果加上土人仆从的话，那损失的更多。
这几年，一直被上帝眷顾的西班牙人似乎被它抛弃了，不论是在欧洲，还是美洲，乃至在远东，都遭受了全面挫折。