10月2日，时隔五年后，大明官军再次进入南京城，引来了全城数十万百姓的热烈欢迎。
昨夜一战，城内守军覃春礼部与何伯平部先后打开观音门和太平门，将城外的明齐联军迎入南京城。随着联军入城，清军的防御瞬间崩溃，和州总兵丘越、除州总兵于永绶仅领少数亲兵逃出南京城，禄口总兵杨守壮、副将赵大捷携全军投降。城中满洲八旗除五百余甲骑奔逃出城，余者尽数被俘、杀在城中。
夜里，无数的溃兵趁乱抢掠居民，纵火焚烧房屋，及至天明，在齐国陆战队和李本深部明军的大加约束下，先后斩杀百余名抢掠溃兵，城中内乱方始平定。
齐国军队在十余年来，不论是在南洋，还是在登来、山东，亦或在辽东，攻下大小城池不下数十个，但像南京这般数十万人口的大城，尚属首次。
进入城中后，所有的齐国军兵都被这座规模巨大的城市所震撼。不说这座城市面积，就论人口的话，南京城比齐国汉洲本土所有的人口加在一起都要多得多。在接管部分南京城防后，更是被其坚固厚实的城墙、险峻雄伟的地势而惊叹。若非有守军主动打开内外城的城门，联军即使连续攻城数月，也未必能将其攻破。
既然攻入了南京城，自然要开始对这座城市进行一番物资清理和转移。南京作为江南核心，赋税重地，城中积存的各类物资不计其数，让一众联军将领为之喜笑颜开。
仅城中府库，就缴获白银一百三十多万两，铜钱数百万枚，稻米、小麦等粮食就有百余万石（明朝一石=150斤左右），铁、铜、铅、火药、甲具刀剑长矛等武器堆满了数十座仓库。
至于附逆投靠清廷的官员和清军将领，一律遭到清算，除了民愤极大者被直接斩首示众外，其余所有人就地关押，准备押解回登来，等待永初朝廷处置，其所属家产也予以全部没收，再加上从城中八旗官兵家中起获的各类财物，计白银三百二十多万两，黄金八万两，珠宝玉器、珍贵文物字画无数。
攻克南京，联军可以说是获得了此前难以想象的巨大财富和物资，永初朝廷和代表齐国的水师舰队落了大头，但所有的参战官兵也在随后数天时间里，均将自己的随身挎包和行囊也塞得满满当当。
另外，联军在南京城中还俘获了清廷委任的内院左理机务兼都察院左都御史、五省总督大学士洪承畴。昨夜，在数名家丁的护持下，试图从南门逃出南京，但在途中遇到数十名抗清义士的阻拦，一番搏斗后，将洪承畴一行数人捆缚至明齐联军所在，让带队的明军副将韦世乾喜出望外。
要知道，永初陛下尝与人言，“洪恩浩荡，不能报国反成仇，为祸大明，荼毒天下，以亨九（洪承畴号亨九）为最”。若是能将此贼解于陛前，定能获大功一件。
对于永初朝廷看重的洪承畴以及众多金银财物，齐国人却是最重各类工匠、手艺人、郎中、学者以及海量的图书典籍、历代珍贵器物。
尽管当年在清军还未攻占南京时，齐国人和福建的郑芝龙就分别从龙江船场通过各种方式，挖走了若干船匠学徒，但对于这座大明最大的船场而言，拥有的工匠艺人和水手人数可是以万计数。如今攻占了南京，齐国人如何会放过这个船场。
不管龙江船场所属人员是否愿意，齐国出动千余陆战队和乡兵，将其连同家属全部打包装运上船，随同各类财富物资一起全部暂时运至崇明沙（今崇明岛），等待后续移民船只慢慢转运回本土。
10月2日，江北扬州、浦口等地清军试图乘船渡过长江，以援南京，在十余艘齐国战舰的炮击和冲撞下，近百艘艘清军小船尽数覆灭与江中，落水溺毙者千余。
10月5日，驻太平府（今马鞍山市）清军杨捷部四千余人往援南京，行至秦淮河南岸时，遭到明齐联军直面迎击，火炮、火枪数重打击下，清军大溃，遗尸千余，狼狈逃回太平府。
10月9日，驻常州满洲八旗镶黄旗一部六百余，督汉军马玉文部三千余人，经丹阳，走句容，前来支援南京。但在南京城安德门外，遭到明齐联军布设在雨花台众多火炮轰击，将军阵击散，随后又遭排枪射击，大溃，损兵五百余，退往方山。是夜，联军以忠义军为前导，投掷数十枚炸弹，一举突入清军临时营地，并趁乱袭杀数名清军将领，使得清军全军崩散，不复建制。
10月12日，驻宁国府（今安徽宣城市）清军李栖凤部三千余，经当涂、溧水来援南京，联军出外郭沧波门，先以数门3磅火炮轰击，最后直接发起全军突击，击溃清军，俘总兵李栖凤以下官兵五百余，毙伤六百，余者皆溃。
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10月18日，武昌。
大清三等阿达哈哈番（乾隆元年，即1736，定汉字为轻车都尉）湖广总督祖泽远打开一份来自安庆传送而来的急递文书，刚刚看了几眼，神色大变，勐地从座椅上站了起来。
“大人……”身侧几名总督府幕僚见祖泽远脸上表情狰狞，浑身发抖，连忙轻声询问，“大人，莫非江南有变？亦或两淮生事？”
“南京……被永初伪明联合那齐藩攻破了！”祖泽远将手里的文书递给身旁的亲信幕僚，“多罗顺承郡王（勒克德浑）、五省总督大学士（洪承畴）、江南提督（张天禄）、芜采总兵（卜从善）等数十位军政要员均失陷于南京。……江南恐有巨变！”
“永初伪明远在登来，如何会跨海过江，还袭破南京？”
“那齐藩小邦拥有众多舰船，往来纵横于江海湖泊，定然携大军攻至南京。齐国，乃我大清劲敌矣！”
几名幕僚闻言，顿时沉默无语。那齐藩小邦一心扶助永初伪明，数次袭破我大清疆界，俘杀我大清官员兵士，还曾一度攻克盛京、辽阳，让我大清颜面皆失，确实为心腹大患。
“大人，南京左近，驻有兵马不下数万人，可曾往援南京，以解江南之危？”
“常州府、太平府、宁国府，乃至江北的扬州、浦口，皆派援军至南京，却为明军逐一击破，损兵折将，已无力再援。”
“可是，湖广之地，要应对贵州、广西两线作战，辖下也无多余兵力调派至南京解围。”
“目前，定南王（孔有德）攻至何处？”祖泽远转头问道。
“回大人，两日前，定南王来使报告，大军已破湘桂交界处的要隘--龙虎关，大败伪明保昌侯曹志建，斩首一万二千余，准备兵进灌阳，威逼桂林。”一名幕僚拱手答道。
“将此份急递文书马上送与定南王，让他暂时止兵。”祖泽远苦笑道：“若是摄政王得知南京事变，定会集结各方大军，齐聚江南，剿杀伪明军队，收复南京。”