十余年的潜在盟友关系，郑齐两家彼此双方人员交流甚广，移民船队往来大明时，也会经常停靠泉州、中左所（今厦门）等郑氏辖地进行一番补给休整。许多郑军将领和齐国水师军官也曾一起喝过酒，吃过席，甚至一块逛过窑子，多少有些交情。
今年一月，郑芝龙突然降清，并出动大批舰船突袭广州齐国舰队，使得两家关系瞬间变成敌对。待五月齐国汇集了主力舰队，开始打击和削弱郑氏水师。不过，在交战过程中，齐国水师官兵并没有对郑军下死手，只要郑氏舰船上的官兵主动投降，一般都会获得齐军的优待。
此前郑齐双方友好合作时，齐国就对郑军旗下的数万水手馋涎欲滴，时不时地挖些墙角，偷偷招揽一些郑氏水手。如今，与郑军作战，齐国水师除了要极力削弱郑芝龙的海上力量外，还有一个重要目标，就是全力收编郑氏的水手，以补充和扩大齐国的海军队伍。
至于郑军的陆师官兵，齐国并没放在眼里。广州一战，数千人在齐军猛烈的炮火轰塌城墙后，立时丧失战斗欲望，纷纷跪地请降。
那么这个小小的肇庆城，恐怕也难挡齐军的进攻。
然而，让人意想不到的是，肇庆城中的郑军却根本没有投降的打算，反而抵抗得异常顽强。他们利用此前明军留下的火炮，与城外齐军展开对轰。虽然炮火不甚猛烈，但也让齐军试图直接轰开城门快速破城的计划根本无法实现。
攻城战斗进行了一天，齐军除了将城墙轰开几道细小的裂缝，未取得更大的战果，反而使得炮兵伤亡十余人。这令齐军上下在惊讶之余，也是恼怒万分。
若是尚可喜等清军主力在广西被李定国击败，说不定这个时候正在往肇庆的方向逃窜。不能攻占此城，那么清军就能顺利地从肇庆往东北方向撤退，走四会、清远，至韶州，最后退回江西。
“明日再从船上卸下几门重炮。”石广汉愤愤地说道：“明日，誓要将肇庆城墙轰塌，让郑军晓得俺们齐国军队的厉害！奶奶的，南京、广州等大城都让俺们攻下来了，在这小小的肇庆城下，还会让俺们吃瘪不成？”
“营长，城中郑军防守颇有章法，领兵的将领有些门道。……咱们还是谨慎一点为好。”一名战术参谋提醒道。
“俺晓得。”石广汉看着远处肇庆城，若有所思地说道：“城中守军将领叫施琅，是近几年来郑军窜得最快的将领之一。听说，十几年前攻台湾荷兰据点的时候，他就表现得非常亮眼，让郑军第一时间攻下赤嵌城，取得了稳固的立足点，为最后全取台湾立下头功。此人打仗善于用奇，还喜欢弄险。你说，到了晚上，他会不会偷偷摸出城来，对我们发动一次夜袭？”
“营长，我这就去安排！”那名战术参谋闻言，顿时心领神会。
10月26日，夜，肇庆城守军主将施琅遣七百精兵，夜袭城外齐军大营。但遭到齐军的精心设伏，几乎全军覆没。肇庆城随即全城警戒，防备齐军趁势攻城。
然而，击灭来袭郑军后，齐军并未趁势发起攻击，而是好整以暇地继续安守大营，养精蓄锐。
10月27日，齐军集中十门火炮，密集轰击肇庆东城，至傍晚六点，此前遭到清军破坏严重的东城一段城墙出现垮塌。齐军指挥官石广汉遂命令忠义军发起突击，攻入城中。
待夜幕降临时，齐军基本清除郑军的反击。然而，令人失望的是，郑军主将施琅趁着夜色，逃出肇庆，不知所踪。
10月29日，清军韶州总兵马光明部闻之肇庆城破，立即置罗定州李元胤部明军不顾，往高州（今广东茂名市）逃去。
11月1日，清军尚可喜、耿继茂所部清军三千余陆续出现在肇庆城下，整个队伍辎重皆失，军械也丢弃毁损近半。
在看到肇庆城头几面飘扬的赤色黄龙旗和黑衣军时，清军上下均露出绝望的神情。
别说城中驻守的是令清军最为忌惮的齐国军队，就是普通的一千多明军，也足以让狼狈逃窜至此的清军束手无策。没有辎重补给，更没有攻城器械，而且师老兵疲，军械不足，如何能跨过肇庆城。
难不成，又钻深山老林，逃往江西？若如此，最终能有几人活命。
当齐军列队出城时，尚可喜长叹一声，解下腰间佩剑，掷于地上，命全军跪地乞降。
耿继茂挣扎良久，亦不甘地抛下手中长刀，跪倒在尚可喜的身后。
11月2日，原大顺军将领袁宗第、李来亨二人领四千余兵马从梧州一路追击而来，进抵肇庆城，与齐军顺利会师。
至此，清军攻两广主力大部被歼，而攻至广西钦州附近的郝尚久部八千余兵马则彻底成为孤军，覆灭也是时间早晚的事。
接下来，齐军将出动水师舰队配合李定国大军，扫荡广东北部和东部地区，剿灭清军和郑军残余，彻底将这个富庶的省份纳入大西军的直接控制之下。
不论是拥有的人口，还是积存财富，广东均数倍于云贵广西等地，大西军据有此地，将极大的提升和促进他们未来的战争潜力。
更重要的是，此战还一举全歼清军汉军八旗尚、耿两部，若是再加上半年前被李定国打得抱头鼠窜的孔有德部，清军最能打的三王，均栽在两广之地。整个南方局势，亦为之一变，使得大明辖地拥有了更为宽广的战略纵深。