曹化淳先到了乾清宫，崇祯先用责备的口气问曹化淳：“陈新甲辜负朕意，暗中派马绍偷同东虏议和。事情经过，朕实不知。他们暗中议和之事，言官们如何全都知道？你的东厂和吴孟明的锦衣卫两个衙门，职司侦伺臣民，养了许多打探事件的番子。像这样大事，你们竟然如聋如瞽，白当了朕的心腹耳目！陈新甲等做的事，何等机密，朝中的乌鸦们是怎样知道的？”
曹化淳跪在地上，一边连说“奴婢有罪，恳皇爷息怒”，一边在转着心思。从秘密议和开始，主意出自皇上，中间如何进行，曲曲折折，他完全心中清楚。但听了皇上的这几句话，他明白皇上要将这事儿全推到陈新甲的身上。
他在地上回奏说：“对东虏议抚的事，原来很是机密，奴婢不大清楚。如今泄露出来，奴婢才叫番子们多方侦查……”
“侦查的结果如何？”
“启禀皇爷，事情是这样的：马绍愉将一封密件的副本夜里呈给陈新甲。陈新甲因为困倦，一时疏忽，看过之后，忘在书案上便去睡了。他的一个亲信仆人，看见上边并未批‘绝密’二字，以为是发抄的公事，就赶快送下去作为邸报传抄。这也是因为陈新甲治事敏捷，案无留犊，成了习惯，他的仆人们也常怕耽误了公事受责。方士亮是兵科给事中，所以先落到他的手中。第二天五更上朝时候，陈新甲想起来这个抄件，知道被仆人误发下去，赶快追回，不料已经被方士亮抄了一份留下。这个方士亮像一只苍蝇一样，正愁没有窟窿嚼蛆，得了这密件后自然要大做文章。”
“京师臣民们如何议论？”
“京师臣民闻知此事，自然舆论大哗。大家说皇上是千古英明之主，断不会知道与东虏议和之事，所以大家都归咎于兵部尚书不该背着皇上做此丧权辱国之事。”
崇祯沉吟片刻，叹息说：“朕之苦衷，臣民未必尽知！”
曹化淳赶快说：“臣民尽知皇上是尧、舜之君，忧国忧民，朝乾夕惕。纵然知道此事，也只是一时受了臣下欺哄，不是陛下本心。”
崇祯说：“你下去吧。”
略停片刻，在乾清门等候召见的锦衣卫使吴孟明被叫了进来，跪在崇祯面前。他同曹化淳已经在进宫时交换了意见，所以回答皇帝的话差不多一样。崇祯露出心事很重的神色，想了一阵，忽然小声问道：“马绍愉住在什么地方，你可知道？”
“微臣知道。陛下要密召马绍愉进宫询问？”
“去他家看他的人多不多？”
“他原是秘密回京，去看他的人不多。自从谣言起来之后，微臣派了锦衣旗校在他的住处周围巡逻，又派人装成小贩和市井细民暗中监视。他一家人知道这种情形，闭户不敢出来。”
崇祯又小声说：“今日夜晚，街上人静以后，你派人将马绍愉逮捕。他家中的钱财什物不许骚扰，嘱咐他的家人：倘有别人问起，只说马绍愉因有急事出京，不知何往。如敢胡说一句，全家主仆祸将不测。”
吴孟明问道：“将他下入镇抚司狱中？”
崇祯摇摇头，接着吩咐：“将他送往西山远处，僻静地方，孤庙中看管起来。叫他改名换姓，改为道装，如同隐居的有学问的道士模样，对任何人不许说出他是马绍偷。庙中道士都要尊敬他，不许乱问，不许张扬。你们要好生照料他的饮食，不可亏待了他。”
“要看管到什么时候？”
“等待新旨。”
吴孟明恍然明白皇上的苦心，赶快叩头说：“遵旨！”
崇祯召见过曹化淳和吴孟明以后，断定这件事已经没法儿强压下去，只好把全部罪责推到陈新甲身上。于是他发了一道手谕，责备陈新甲瞒着他派马绍愉出关与东虏议款，并要陈新甲“好生回话”。实际上他希望陈新甲在回话时引罪自责，将全部责任揽到自己身上，等事过境迁，他再救他。
陈新甲接到皇上的手谕后，十分害怕。尽管他的家中保存着崇祯关于与满洲议和的几次手谕，但是实际上他不敢拿出来“彰君之恶”。他很清楚，本朝从洪武以来，历朝皇帝都对大臣寡恩，用着时倚为股肱，一旦翻脸，抄家灭门，而崇祯也是动不动就诛戮大臣。他只以为皇上将要借他的人头以推卸责任，却没有想到皇上是希望他先将罪责揽在自己身上，将来还要救他。陈新甲实在感到冤枉，而性格又比较倔强，于是在绝望之下头脑发昏，写了一封很不得体的“奉旨回话”的奏疏，将一场大祸弄得不可挽回了。