而这时有一些倾向于请愿一方的国会议员也来拜访请愿者，教了他们一些辩论的技巧，并且制定了辩论的基调，首先就要尽量放弃那种绝对对立的态度，尽可能模糊自己的观点，寻找对方的弱点。同时也有支持请愿方的学者也纷纷为他们出谋划策。
第四场辩论在五月五日举行，而应各方的要求，这一场辩论设在南京工程大学举行，并且随后的辩论，将轮流在南京、杭州的大学中循环举行。而每一场辩论的谤听人数不能超过八百人，而请愿一方只能出席二百人。但在每次辨论之后，将在第一时间将辩论内容张贴出来。
因为做足了充份的准备，因此请愿一方的表现就好多了，至少己经可以和内阁一方有来有往，争上几个回合，不致于全无还手之力。但在无形中，请愿一方的所持的观点已经缓和了许多，至少不和朝廷针锋相对，同时在辩论的话题上，也更多的偏向于学术思想方面，而减少了许多政治方面的味道。
而这次辩论的影响力也越来越广泛，由南京一直影响到周边地区，由其是那些请愿者来自的地方，对这次辩论犹为关注，因为这关系到这一次请愿行动的成败。另外不仅仅是在南京，在许多地方，也针对这一次辩论的内容，展开了讨论，并也进行了不少的辩论，尽管在规模和影响力方面，不能与南京辫论相比，但对于扩大这次新旧思想的影响力，起到了不少的推动作用。而且还有众多的学者也在报纸上发表文章、著书表达自己的观点，因此一场新旧思想的大争论，也在中国展开。
在南京的辩论一直到十一月十日才结束，其中一共进行了二十三场辩论，有七场在杭州的大学里举行，并且还有两场应商毅的邀请，在皇宫里举行。
但最终的结果还是以请愿者的全面失败而告终，毕竟现在中国的社会经济结构己经开始发生了明显的变化，尽管还没有达到质变的地步，但己对中国的传统社会经济造成了相当的冲击，而经济的发展，也就需要新的思想基础，传统思想的主导地位己经发生了动摇，因此新思想的发展也是不可阻挡。而且商毅需要沒有利用政治权力强行推进新思想，但却进行了十分积极的引导。更为重要的是，新思想并不是要彻底放弃旧思想，只是拋弃旧思想中一些保守、落后、迂腐的东西，加入一些开放、积极、先进的观念。因此这场辩论的成败，其实是早就注定下来的。
而在辩论的同时，［中华时报］也不忘利用这次辩论，为商毅造势，称赞商毅的胸襟开阔，能广开言路，察纳善言，并不独断专行等等，因为有事实为证，因此对商毅的声望，也确实是一个很大的提高，对于安抚地方的反对情绪，也起了不少作用。
最终请愿者虽然还有所不甘心，但还是只能老老实实的各自返回地方，毕竟辩不过内阁，留在南京也没多大的意思。而内阁也好说好散，还给每人返回的路费，一切也都做到仁至义尽，也让这些请愿者没话说。
但等请愿者各自回到地方之后，才发现今年的省试早己经结束了。但这一次，民间的情绪也明显平稳了许多，毕竟谁都知道了这个大势己经不可改变，因此也有不少学子终于开始认真的学习自然科学，以便在下一轮科举中有所表现。毕竟十年寒窗苦溪，不就为了一朝蟒袍玉带，出人头地吗？既然科举要考自然科学，那么就好好的学习吧。
而请愿者虽然离开了南京，但这次新旧思想的辩论却并沒有结来，而是从南京一直发展到了各地方，新旧思想的碰撞，也一直就沒有停止过，有时激化、有时缓和，其中也几经起伏反复，前前后后一共进行了七十余年，一直到中华帝国的第四任皇帝继位期间，新旧思想的争论才基本结束，新的思想体系才基本形成，从而中国也正式进入到近代国家时期。
在后世研究中国历史的专家们都一致认为，将这一段时期确定为中国的近代思想启蒙运动，而这一次南京的辩论，也被认为是中国的近代思想启蒙运动的开始。