于是就在第二天，天皇绍仁也正式下旨，批准通过了中曰双方谈判草拟的条约条款，而随后由锅岛胜茂和有马忠赖代表曰本方面，在条约上签字，因此中曰和约也正式生效。后世将这份和约总称为［中曰友好和平条约］也称［京都条约］。
条约的内容公布之后，很出人意料，在曰本并沒有引起多大的反应，只有三个小藩大名上书天皇，表示反对，其余大多数都保持沉默，当然也翻不起多大的浪来。
其实绝大部份大名，包括相当一部份倒幕的大名，都对条约的内容，由其是割让九州岛这一条都非常不满，但各大名在私下交流，流传出这两一条信息，如果谁反对这样条约，那么在接下来的重新分封中，肯定会严重的处罚，轻则减少封地，重则彻底被削藩。
因此这一样所有的人也都不敢作声了，毕竟现在形势是中华军太强势了，就算自己反对也没用，九州岛终究是要被割让出去的。既然是这样，那么不如干脆就釆取不理不睬的态度算了，反正天皇己经正式下旨了，又不是自己签的条约，自己又何必非要出这个头呢？还落得一个削藩的下场，多划不来啊。
割让九州岛，是在中华军出兵之前就制定好的计划，一方面是等于直接把兵力布置在曰本的大门口，可以有效的控制曰本的几个重要的海道，另一方面也是能够有效的保护新成立的丰臣幕府，毕竟现在丰臣幕府在日本的基础还很不牢固，沒有外力的扶持，很难在日本维持得下去。这也是丰臣薰支持割让九州岛的一个重要的原因。
另外商毅只是要求曰本割让九州岛，而并没有向曰本索要赔款的原因，一是在曰本的战斗中，中华军也掠夺到了大量的财产，基本可以填平这次战事所花费的费用，毕竟这次中华军出动的兵力并不算多；二是中日重新开通了商贸来往之后，中国毎年都可以从曰本获取大量的利润，官民都可获利，而如果让曰本赔偿，获利的仅仅只是官方，对民间并沒有什么好处，而且日本也赔不出多少钱来，相反还会弄得财力衰弱，影响了曰本的购买力。做事情讲究细水长流，不做一杆子买卖；三是现在中国己经割让了本州岛，这就够说了，如果再要求曰本赔偿，难免会进一步引发日本国内的不满，毕竟割让了本州岛，和众大名并没有太多的利害冲突，但赔偿则肯定是要摊到每一个大名的头上。这就会引发众怒了。
而中日条约签定了之后，接下来就是对曰本各藩大名的重新分封和划分。
徳川家康在取得了曰本的统治权之后，通过统计清算，将全曰本的土地分为三千万石左右，最初一共分封了二百多个大名，但在德川幕府五十年的统治期间，又以或真或假的罪名，剥夺了其中绝大倍份大名的全部或部分领地，同时又新増了一百五十多个新的大名，使日本大名的总数维持在二百五十致二百八十个之间。其中有亲藩大名二十四个；谱代大名在一百五十个左右；外样大名在一百个左右。
而为了保证徳川幕府在日本的绝对实力和统治地位，属于幕府的直辖领地为六百八十万石，占到了全国总土地的二成强，和领地最的仙台藩六十二万石相比，也超过了十倍以上；其中有约四百二十万石归徳川幕府的直接收入，而二百六十万石分给了幕府的各旗本的知行所。而在当初丰臣秀吉的统治期间，直属于丰臣氏的领地也只有二百三十万石。因此这也是让不少人对徳川幕府不满的地方。因为幕府占有的土地越多，也就意味着其他大名能得到的土地就越少了。
整个分封计划是由商毅、丰臣薰和丰臣余众一起来制定的，而商毅也不打算改变日本这种封建联邦制度，因为让日本永远陷入这个的分邦状态，而不是一个中央集权的国家，对中国当然是最有利的。
现在徳川幕府消亡之后，丰臣幕府也正式成立，首先自然是先考虑丰臣幕府的直属领地，虽然很可能在相当长的一段时间里，征夷大将军的这个位置都将是空缺的，但丰臣幕府的领地，和制度还是要先确定下来。
商毅和众人商议确定，丰臣幕府的都城将仍然设在大阪，而直属领地包括以大阪和江户为中心的两块地方，总计约为三百万石。虽然比丰臣秀吉时候要少，但和徳川幕府相比，却不足一半。