关原地区离京都并不远，商毅的一行人马从早上出发，到接近黄昏时分的时候，就已经到达了京都，而这时在京都的天皇绍仁早已经接到通告，提前了一个小时，带领着皇室的宗室、官员等一干人员到京都城外，等候迎接商毅的一行。这也表示了曰本天皇向中国皇帝低头。
在关原合战之前，商毅一直都在大阪居住，虽然大阪和京都近在咫尺，但商毅并没有到京都来和天皇绍仁会面，毕竟那时的时机还不成熟。因为这是历史上中日两国名议上的最高皇者之间的第一次会面，互相之间的礼议怎么安排，是一个**烦。
因为从日本方面来说，尽管一直以中国为师学习，并且也多次向中国进贡，但从来没有真正臣服于中国，一直都不认为曰本是中国的藩属国，两国尽管有大小之分，在在国际交往中，应该是平等的。而中国一向以天朝上国自居，当然不会将日本视为与自己等量的国家，无论从商毅的内心，以及中国的大国形像来说，当然是不屑和绍仁平起平坐，只是那时日本国内的大局未定，德川幕府仍在，倒幕的大名对中华军的敬畏也还不足，商毅也不好过份逼迫绍仁低头，因此干脆选择了不见面。
而现在的情况就不同了，德川幕府败亡在际，而中华军在日本如日中天，甚至被惊为天军，谁也不敢拈其锋芒，号令整个曰本，都茣敢不从，因此在这个时候商毅再到京都，与绍仁会面，完全就可以以居高临下之势，以天朝上国之君对待偏邦小国之主的模式，会见绍仁，任何人，包括倒幕的所有大名，也都不敢有任何异议。
因此当商毅跨骑着高头大马，来到绍仁面前的时候，绍仁上前两步，向商毅恭恭敬敬的一揖到地，道：“日本天皇绍仁见过中国皇帝，愿中国皇帝陛下万岁，万寿无疆。”
而其他的宗室大臣也都全部跪倒在地，三叩九拜，齐声道：“中国皇帝陛下万岁，万岁，万万岁。”
商毅也点了点头，曰本皇室这几百年来一直大各大势力的夹缝中生存，果然是十分务实了，不然的话日本皇室也不可能这么夹着尾巴活了几百年，而在另一时空里，还将一直存在下来，也不是没有道理的。能屈能伸，首先保障自己的生存才是硬道理。虽然说绍仁并没有向商毅下跪叩头，但亲自出城等候、迎接，又首先向商毅躬身施礼，称贺，也就够说了，而商毅本来就对这些虚礼就不太在乎，只要是意思到了也就行了，绍仁磕不磕头，都改变不了现在中日之间的关糸了。
因此商毅从战马上下来，道：“绍仁殿下，不必多礼。各位也都平身吧。”
绍仁这才直起了腰，而其他的宗室、大臣也都纷纷站起身来。随后众人才一起进入京都，当然绍仁和一干大臣一直陪着商毅进入了二条城。
其实这时绍仁的心里也十分复杂，当中华军刚到曰本刚到日本的时候，绍仁还有些兴奋，希望中华军能够好好教训一下徳川幕府，自己也可以出一口气，因为绍仁对德川幕府并没有多少好感，而且很有些抵触情绪。
原来徳川幕府虽然不敢明目张胆的将天皇取而代之，但总喜欢弄一些小动作，向日本显示徳川氏的地位和权势凌驾于天皇之上的。
首先是在1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》，详细地限制了天皇的权力和行动，明确规定了天皇不许过问日本的国事，也彻底断绝了皇室在日本的政治权力；1620年，绍仁的父亲，后水尾天皇政仁迫于德川家的压力，不得不迎娶第二代幕府将军徳川秀忠之女德川和子入宫，并生下了后来的明正女天皇兴子；在1626年，己经退位的徳川秀忠和继位的第三代幕府将军徳川家光领伊达政宗等多位大名上洛，但并不是在皇宫去拜见后水尾天皇，而是让后水尾天皇和中宫德川和子以出巡的名议，下榻二条城，接受秀忠、家光的拜见，并升徳川家光为左大臣，以示天皇承认德川家光三代将军的地位。
如果说这些事免强都还能让皇室接受，但最过份的一次是在1629年，徳川家光打发自己的乳母阿福到京都参见后水尾天皇。按照礼仪，在曰本只有五品以上的官员才有资格参见天皇的，阿福不仅没有官职，而且还只是一个乳母，当然这个阿福不是一般的乳母，而且一位有相份量的人，对徳川家光的影响力很大，但不管有多大份量，多大影响力，她还是一个乳母。居然也能参见天皇，自然被皇宫视为大辱。但迫于徳川氏的权力，后水尾天皇也不得不接见了阿福，并给她赐名春日局。
但就在那以后，后水尾天皇让位于德川和子所生的女儿兴子，也就是明正女天皇，自己来个眼不见为净，去当太上皇。后来明正女天皇又将皇位让给绍仁，也当了太上皇。而直到现在，后水尾天皇仍然还建在，实际在京都皇宫里养着两位太上皇。