因此中华帝国的司法部成立之后，商毅同时也决定，将在各省、府、州、县，都成立各级的司法部门，设立各级后法院、检查院、公安部等执法、审判机构，而且都是权力独立，直接对上级的司法部门付责，不受地方行政机关的控制。
虽然商毅制定的司法体系，和中国古代历朝的司法体糸有很大的不同，因此在提交给国会之后，也引发了非常激烈的辩论，不过在这个时候，商毅多年以来建立起来的巨大的威信力发挥了最重的作用，当然在另一方面来说，三权分立是建立国会的时候，就己经确定好的大原则，而且把司法从行政机构彻底分离开，进一步削弱內阁的权力，对国会来说，并没有损失，相反还能巩固国会的地位。
另外有不少头脑灵的国会议员心里都能够算清这笔帐，国会的制度就己经决定了，国会本身只能有立法权，而不能有执法权。一但执法权被內阁掌握，国会将很难与内阁相抗衡，因为从理论上说，內阁可以非常容易的利用司法机构，将不听话的议员一一清除掉，因此只真确立三权分立，把执法权从內阁分离出来，形成三方互相的权力制约，才是对囯会最有利的。
因此最终的投票结果，虽然赞成票不足六成，但新的司法体制，仍然还是在参、众两院通过。商毅提名以前的刑部尚书王仲平出任第一任司法部长，也得到了国会的通过。
而商毅也终于松了一口气，司法体制得到了通过，这不仅是中国历史上首次将司法机构比较彻底的与行政机构分离开，在法制建设上的一个大进步。同时也标志着三权分立的国家结构终于完全建立了起来。可以说近代的国家制度，己经在中国初步确立，而中国终于跨过了这个历史的十字路口，彻底走上了一条正确的轨道。
当然历史的发展并非是直线前进，也许在自己之后，中国还会发生反复，甚致出现倒退回封建专制的时代，但历史的发展进程是谁也挡不住的，这扇门巳经被商毅推开了，这条道路也被越来越多的中国人发现，相信就算有人还想再把中国拉回到以前的道路，最多也只能得呈一时，不可能阻挡得了历史的大势。
不过这并不表示商毅从此就可以高枕无忧，安心的做自己的太平天子，接下来的事情就是利用自已手上现有的权力和影响力，尽力的巩固和完善现有的体制，尽可能的避免走上回头路去。因此下一步要做的最重要的一件事情，就是制定中华帝国的法律标准，既【中华宪法】。以法律的形式，将现有的国家体制确定下来。确保中国在正确的道路上一直前进。
【宪法】并不仅仅是一个法律的条例集合，而是确定国家制度，国家机关的组织和活动行为，民众的基本权利和义务的总则，是国家的最高纲领。因此只有确实了【宪法】之后，才能算是彻底实现了中国的近代化进程。
当然现在也并不是所有人都明白【宪法】的意义，但一般在新朝建立之后，修定新朝的法律以取代旧律，是历代的惯列，只是以前都称“律”或“例律”，不过众人也习惯了商毅发明一些新的名词，现在叫【宪法】，反正就是换了个名字。因此商毅提出制定【宪法】的提案，也立刻就得到了国会的通过。
于是商毅也马上下旨，成立【宪法】制定工作委员会，由商毅直接领导，由国会、内阁、司法三方面的最高官员出任委员会常协，付责领头主持【宪法】制定工作，同时招集国内各方面的学者、各行业的精英，参于【宪法】的制定工作，其中有全职，有兼职，有官员，有平民百姓，也有商人，甚致还请了几名外国人，欧州的传教士和商人，因为【宪法】有涉外和宗教的內容。
当然商毅也知道，制定出【宪法】之后，还有【刑法】、【民法】等等一糸列的具体法律，因此只制定出【宪法】，也许并不需要太久，但要将其他的基本法律全部都制定出来，没有二三十年以上的时间，是不可能完成的任务，在另一时空里,清廷的【大清例律】从顺治年间开始,一直到乾隆中期才制定出来,足足花了一百多年的时佪。而且随着时代和国家的发展，还有不断的有新的法律出现,几乎永远都完不了。
因此现在只能一部一部的来制定，首先制定出【宪法】，确定确定国家制度，国家机关，以及制定其他法律的依据，然后再制定【刑法】、【民法】等其他专业法律，制定出一部，就应用一部，如果没有的，仍然还是依旧【大明例律】为依据。