而就在1650年1月27曰，罗马天主教会的使者也来到了伦敦，原来是罗马天主教会的教皇英诺森十世正式邀请中国使团访问梵帝冈。
尽管三十年战争结束之后，教会的权力己经几乎完全丧失，对欧州局势的影响力也下降到零点附近，但毕竟是欧州的宗教信仰核心所在，在欧州人的心目中，教会仍然还有着十分崇高的地位。因此教皇亲自派出使者邀请中国使团访问，也算是极大的荣誉。
其实英国并不是传统的天主教国家，相反国民大多都信仰新教，但无论新教旧教，在本质上都可以算是天主教的一份，因此英国社会对教会依然还保持着相当的敬意，教皇使者架临伦敦，当然也是极有面子的事情。同时也能极大的提高英国的声望，毕竟现在英国还不是欧州的主流国家。
在中国使团一到英国之后，阿科尼亚就告别了使团，先行赶到了罗马，去参见教皇，向教皇英诺森十世汇报了耶稣会在中国传教的工作，以及在传教的过程中，出现的一些问题，希望教会给予指示：
一是中华军占领了吕宋之后，逐驱了除了耶稣会以外的所有其他天主教会，但因为吕宋地区原来是西班牙的殖民地，因此天主教总部指定吕宋为的亚州大教区，各教会的传教区分布也是由天主教总部亲自指定划分的，虽然说现在吕宋己是中国的殖民地，不用看天主教的眼色行事，但耶稣会毕竟还是天主教的一个分支机结，因此耶稣会希望能够得到天主教总部的正式确认，把吕宋地区划为耶稣会的传教区；
二是耶稣会在中国传教的经过中，遇到一些天主教教义与中国传统习惯发生冲突的事情，因为中国的风俗对宗教有很强的包容性，一个人可以信仰多种宗教，但这与天主教的教义不符，因此也再所难免的发生矛盾碰撞，比如祖先崇拜，还有多种宗教同存的情况，在明万历年间就因为教会禁止教徒祭祀祖宗，引发了冲突，造成了南京教案，对中国的传教事业造成了很大的打击，因此耶稣会也希望天主教总部能够在这些问题上放宽界限一些，特殊地点特殊对待。
不过这两个问题在天主教总部中又引起了一场激烈的辩论。
天主教是一个总称，低下大大小小还有几十个不同的分支教会，虽然耶稣会是最早在中囯开展传教的天主教教会，在中国有很高的知名度，但在天主教內部，却是最不受待见的分支教会之一，原因就在于尽管耶稣会是反对新教，但却力主在天主教内部进行维新改革，这实际和新政的宗教改革思想非常接近。因此尽管耶稣会被天主教承认，但天主教总部对这个分支教会一直没有好感。
另外耶稣会是天主教各分支教会中比较重视科学教育的，他们在欧洲兴办许多大学，培养出的学生除是耶稣会人才外，也活跃于政界与科学界，其中著名的科学家有笛卡儿、伽利略、达芬奇等人。在天主教内部以及其他新教都怀疑他们在建立某种秘密组织，有图谋不轨之心。因此在欧州的许多国家都不喜欢耶稣会，甚致驱逐耶稣会的传教士，迫使耶稣会只能向欧州以外的地方发展。
吕宋地区的传教最初是由奥古斯丁会主导，而奥古斯丁会才是天主教最主要的分支教会之一，现在要求把过去属于奥古斯丁会的传教区划分给耶稣会，当然会引起不少人的不满来。
因此在教庭内部有许多人都不同意耶稣会提出的要求，认为耶稣会应该退出吕宋，把它还给奥古斯丁会，甚致还有少数狂热份子人叫嚷对中国再发动一次十字军东征，以武力夺回吕宋。不过立刻被教皇英诺森十世所制止。
英诺森十世心里十分清楚，现在的天主教早己不在是当年那个在欧州一呼百应，可以兴风作浪的政教合一的教会，而且三十年战争之后，天主教的保护者，哈布斯堡王朝己经衰败，天主教己经被迫承认路德教、信义会、福音会、加尔文派等新教组织。在天主教内部尚且如此，还拿什么组织新的十字军东征呢？除非是主真的显一次灵还差不多。
现在耶稣会来请求天主教总部确认，在吕宋地区的传教权，说白了那不过是给总部面子，准不准又能怎么样，天主教管得住中国吗？现在奥古斯丁会还敢去吕宋吗？而天主教总部又能移阻止耶稣会在吕宋传教吗？因此还不如顺水推舟，把吕宋划给耶稣会，反正耶稣会总归也是天主教的分支教会之一，不过就是从左边口袋放在右边口袋里。
而另一个问题侧有些麻烦了，因为这牵扯到了天主教基本教义，其实这也是一个老生长谈的事。天主教是一个俱有很强的排他性的宗教，教徒是绝对不允许在信仰其他的宗教的，甚致不允许有其他的宗教性质的崇拜仪式，因此中国的祭祖活动，在不少传教士看来，就属于一种宗教崇拜仪式，应该禁止。