这几项处理决定公布之后，山东军政两方面的官员们也都没有异议，随后周世奇也开始了自己的工作，在济南、兖州、东昌三府建立完善的行政机构。
而商毅的重点工作是检阅军队，以及山东军区的各项备战工作。在随后的几天时间里，商毅毎天在各个军营里巡视，检阅军队的军容、军貌、武器、后勤保障等等事务。同时也观看了士兵的日常训练，演练，各项军事技能的练习，比试等。
其实在取得了山东战役的胜利之后，山东军区就己经开始进行下一步的备战工作，一方面是补充山东战役中的伤亡人员，扩充预备士兵，现在山东军区的四个军的人员编制己经全部补充完毕，同时还编制了二个民兵师，扩充了二个预备师，三个预备旅的部队。使总预备部队达到七万三千余人。
另一方面是加紧制造各种武器、弹药，保障战争的需要，并积累各种军用物资，牲畜、车辆，征调民役等等，到这个时侯，己经征集了马牛驴骡等牲畜二万三千余匹，各种车辆一万七千余辆，其中四轮车有三千余辆，独轮有六千余辆，民役也达到二十余万。由于以前山东地区的战事并不多，各项物资储备都十分丰富，而且征调民役也都给予十分合理的报酙，因此对民间的影响并不算太大。要不是发生这次的事件，山东军区己经处于随时可以出战的状态，并且可以供应远距离的作战。
商毅对山东军区的备战工作也是相当的满意，另外虽然在中华军里，混入了一些清廷的细作人员，商毅也并不太担心，因为这在两个敌对的势力之间，都是在所难免的。而且从现在掌握的情况来看，清廷对中华军的渗透极为有限，在十几万大军中混入几百个清廷细作，实在并不足为虑。而且中华军的军纪和晋升制度都十分严格，清廷细作想晋升到中高级军官并不容易，因此也难以及时获得军事情报，更不用说在军队中闹事什么的，像这一次虽然煽动了几百名士兵，但其实并没有闹出多少事情来，绝大多数士兵都是被迫拉来的。
而且从另一方面来说，两国相争，情报、间谍系统毕竟只是辅助部份，比拼的还是整体的国力、军力，在这两方面南京**对清廷己经取得了相当大的优势，纵观古今中外，还没有出现那一个弱势的国家，依靠间谍活动，击败强势国家的例了。因此一但南京**在战场取得决定性的胜利，那清廷的这些细作人员要么自动消失，要么老老实实成为南京**的一员，和清廷彻底断绝关系。
因此商毅也鼓励山东军区司令部的成员，不要受这一次事件的影响，努力备战，随时准备出击，以战功来挽回山东战区的荣誉。
商毅在济南一共停留了五天的时间，在此其间，也收到南京方面发送来的有关清廷的动向，在这段时间里，清廷一直在从其他地方调兵遣将，一场大战也迫在眉睫，因此商毅也要尽快返南京，指挥这场战事。
在最后一天，按照商毅的行程，应该是由周少桓在府里设宴招待商毅。在中国古代，君主到臣下的府中做客，是极大的荣誉，也表示对臣下的绝对信任。
不过发生了青州的袭击事件之后，李松晨也向商毅建议，取消这一项计划，这到不是还怀疑周少桓，而是万一周少桓的府里混入了清廷的细作，又趁机行刺商毅怎么办，比如周元辉不是就被清廷策反了吗？谁敢说没有第二个周元辉。尽管刺杀成功的可能性并不大，但依然存在着危险性，而且又会把周少桓给卷进来。
但商毅则考虑到如果仍然到周少桓府里作客，对于彻底安定山东地区的军心、民从，包括周家在内，都有极大的作用。可以让周少桓和周世奇知道，商毅对他们依然保持着信任。
致于担心周少桓府里有清廷细作，商毅认为这种可能性并不大，如果周少桓府里那么好混进来，清廷也就不用费这么多周折，而且就算是有，也不用怕，只要加强预备也就行了，假如真的发生了行刺事件，还可以将计就计，假说是商毅和周少桓设下的一个圈套，诱出清廷的细作人员。因此商毅仍然坚持依照制定好的行程进行。
而周少桓得知商毅依然要架临自己的府邸之后，也十分感动，另外虽然现在己经正实，自己并没有反叛的意图，但发生这样的事情，对周家的声誉，也是不小的打击，因此他和周世奇也需要商毅的这种表示依然信任的态度，那怕商毅只是到自己府里打个转就走，像征意义也十分重大，就能够向人们表示，周家依然还是受商毅的信任。
因此周少桓也决定，在商毅架临自己府邸的时候，除了周世奇，还有自己的妻子，儿孑，还有几个最贴近的家人之外，其他的从人全部都限定活动范围，并由商毅带来的士兵看守，绝不许靠近商毅的活动区域，就连厨房都腾出来，交给商毅随军的厨子使用，各项食物，调料也都用最新鲜的，以防有人投毒。