因此多尔衮也基本可以断定，这次动乱的背后，绝对是南京派到北京潜伏的谍报人员在推动操纵。这是商毅向清廷施实的报复手段。
北京有南京的谍报人员潜伏，多尔衮并不觉得意外，正如南京也有清廷的谍报人员一样。但和清廷的谍报人员在南方屡屡做出一些举动来不同，南京的谍报人员在北京表示得十分低调，主要的工作是收集情报，了解清廷发生的重大事情，并未做什么其他的事情。
在六七月份的时候，清廷的谍报人员对南京发动了一次行动，釆用分化、利诱的办法，使周、林两家的几名重要人员违反法令，而受到了处罚。尽管这一次行动是甴魔门独立策化完成的，但多尔衮得知以后，还是十分高兴，认为这确实是对付南京的一个重要手段，因为南京**一直都是以公证、开明、廉洁的形像出现，因此很得人心，而清廷的方法是破坏这种形像，拉垄、引诱南京**的官府腐化、坠落。
一但商毅严格处理这些官员，受处理的官员必然对商毅怀恨在心，清廷可以再趁机拉垄、收买，使其为已所用，并且分化南京**的内部；而如果商毅选择网开一面，那么清廷则可以借题发挥，败坏南京**的名声和形像。在无形中将商毅逼入了一个两难的境界中。因此虽然这一次的结果是以商毅秉公处理而结束，但淸廷还是达到了部份目地。林家己经被迫分了家。
而同样的手段，商毅却无法反用于清廷，因为清廷根本不会再乎自己的这些名声，南京**处理的这四件事情，在清廷来说，根本就不算事。因此虽然在随后，清廷的谍报系统遭到了南京**的沉重打击，但多尔衮仍然认为，以后还可以这么办，只是办得再隐密一点。
只不过多尔衮没有想到的是，商毅的报复行为会来得这么快，而且是从自已预想不到的地方下手，还一出手就找到了清廷的命门，就是满汉关糸。
现在从整体来看待这次丁亥之变时，多尔衮就发现，南京的方法其实也不复杂，就是挑起并激化满汉关糸，然后找一个机会制造动乱，引发汉人的大暴乱。也不得不说，商毅的这一出手，也确实很准。
虽然现在多尔衮想通了这一点，但也十分杯催的发现，自巳对商毅的这一招也同样无解。如果自己在处理善后的时候偏袒满人，无疑就将汉人都推进了南京**的那一边，对清廷来说，这无疑是一个灾难性的结果；而如果护着汉人，则这边的满人也不会答应，不管怎么说，清廷的基础还是建立在满人的部落统治上。这才是让多尔衮觉得左右为难的地方。
而且这一招清廷也同样不能反用于南京，因为南京**的统治，是建立在稳定的民众支持基础上，商毅、**和中华军在民众之中也有非常高的威信力，而且现在也并没有尖锐的对立矛盾，因此也可以说，想在南京**的统治区內，煽动百姓起来聚众闹事作乱，根本就是不可能的事情。
另一方面，虽然多尔衮心里明知，这次暴乱的背后，有南京**的谍报人员在指挥、组织，并且也派人进行严密的监查，但一连过去了五六天的时间，据然一点线索都没有发现，这也让多尔衮觉得郁闷不己。为什么清廷的间谍在南京搞了一点事情，就立刻被南京方面全都揪出来了呢？
其实这也是有两方面的原因，一是发生大动乱，本身就可以浑水摸鱼，掩盖住许多线索。另一方面，这一场动乱，是经过了南京方面精心的策划、安排、组织，商毅甚致为此还推迟了出发去马尼拉的时间，整个过程、每一个环节都进行了反复的研究，以确保万无一失；同时所有亲身参与这一场动乱的人员都在事先和情报网络分离，并有各种其他身份掩护，而在完成任务之后，参与的人员也将立刻全部撤回南方，不会给清廷留下任何线索；而且南京建立的谍报糸统，也远比清廷的严密，绝大部份人员都是单线联系，因此就算被清廷抓住一两个人，也不会对整个北京的情报网络造成太大的损失。
时间一天天过去，转眼就到了顺治五年(1648年)的腊月三十，新年来临，而满汉对立的情绪不仅没有缓解，还有愈演愈烈的发展驱势，多尔衮也意识到，事情再也不能拖下去了，必须拿出一个解决的办法来。