尽管两年以后，查理五世将教皇释放，并向教皇下跪道歉，为教皇牵马坠蹬，以表示自己在精神上服从教皇，而教皇也十分知趣的原谅了查理五世，并在三个月后，为他举行了加冕仪式，正式承认了查理五世神圣罗马帝国皇帝的地位。而实际上查理五世是将罗马教会纳入自己的控制之中。
阿科尼亚把商毅比作查理五世，并不是因为两人行事性格有什么相似之处，而是向让×托徳暗示，强权人物只会利用宗教为自己服务，而不会轻易被宗教所束缚。
让×托徳当然明白他的意思，因此也沒有再说什么，和阿隆索、摩莱尔一道回到了马尼拉城。
商毅提出的条件，查孔和弗朗西斯科当然是不能接受的，就第一条来说，这次华人大屠杀，两人是绝对脱离不了关系的，肯定逃不过审判，而后两条实际就是架空西班牙在马尼拉的统制地位，将马尼拉逐步纳为华人的控制中，因此两人也明白商毅的目地并不仅仅是为保护海外的华人，实际是要占领整个菲律宾地区，就算两人能逃过第一条，答应了后两条，回到西班牙也没有什么好结果。
事情到了这一步，也就没有什么好说的了，只能用战争来解决，背城一战，说不定还能死中救生。
因此总督和大主教也立刻分工，由总督领兵出战，而大主教带领所有的传教士在奥古斯丁大教堂里为将士们祷告，以求主的疪护，取得战斗的胜利。
马尼拉城的规模虽然不算大，但它的城墙和炮台却建得非常高大、宽阔而坚固，在设计时已考虑到了抵御各种火炮的攻击，因此对于西班牙军来说，最理想的战术应该是退守城里，据城墙防守，而不是选择出城迎战。
但查孔也是有说不出的苦衷，现在手下的兵力加起来超过了万人，但如果仅仅只是守城，根本就不需要这么多人，就目前的西班牙士兵、待从兵、附庸土著兵也就够了。而且一万多人都要吃饭吧，一天要消耗多少粮食，但每一个土著部落自带的粮食是有限的，必须要靠城里供应，而马尼拉城才多大点地方，又能储备多少粮食，如果全部都据守在城里，恐怕根本就不需要中华军来进攻，只要困住一个月，估计城里就会断粮了，不用打就饿死了。
因此查孔也只能选择出城迎战，先和中华军见上几阵，一方面是消耗土著的数量，减少粮食的消耗量；另一方面也是让土著去和中华军死磕，就算不能消耗中华军的兵力，消耗他们一些弹药也是好的。反正土著的命又不值钱，死多少都不在乎。
但双方在马尼拉城外亮阵之后，查孔还是大吃了一惊，因为对方的兵力似乎并不比自己少。但这个时候己经没有退路了，因此查孔也下令，命阿诺基三世率军出战。
阿诺基三世本来就是西班牙殖民者的铁杆小弟，而且刚刚收到了查孔奖励给他的四百支火枪，自觉本部落的实力大增，无论是心情还是自信心，都是正好的时候，也希望在老大面前好好表现一番，于是也立刻下令，向中华军主动发起进攻。当然阿诺基三世是不会亲自上阵，但却把自己刚扩大到六百人的亲卫队抽出了两百人，加入到进攻的部队中。
因为这一次出战的土著邦班牙部，在斗志上要比上一次在德尔×蒙塔修道院的战斗中要强得多，而邦班牙人的努力表现，也带动了其他的土著部落，再加上这次土著的人数也比上一战要多，因此声势也确实大得多。
但出战的中华军士兵足有七千余人，而且还有不少新式的连射枪，土著这种程度的进攻怎么会放在眼里，因此迅速组成了一道密集的火力网，不断收割着土著兵的生命。
在西班牙人半逼迫，半忽悠之下，土著一连向中华军发动了四次进攻，结果连中华军的阵地都没有碰到，就全部都被打回去了。而在战场上留下的尽是土著的尸体，几乎将地面都覆盖住了，整个战场都充满了刺鼻的血腥味道。就在这一天的战斗中，土著的伤亡人数竟接近四千人，而中华军竟无一受伤，不要说是西班牙士兵，就连中华军自己内部的海盗兵和民兵，也被中华军这种可怕的火力感到了震惊。而查孔见了，立刻下令收兵回城，反正其中的目地之一也算是达到了。
中华军虽然击退了西班牙军，但天色已晚，商毅也下令收兵，明天再对马尼拉成发动进攻。
回到营房之后，士兵们到并不觉得什么，因此这一战实在是打得太轻松了，就可平时的射击训练几乎没什么两样，只不过是枪靶换成了活人而己。只有那些随军观摩的学生兵，虽然都沒有亲自上场，但平时有口个人能亲眼见到死人的，这一回可算是开了眼，一见就是几千人，而且还都是血肉模糊，结果一个个吐得昏头转向，连晚饭都吃不下去了。
而在当天晚上，西班牙军对向中华军发动了一次夜袭，而且这一次出动的，是西班牙士兵，想趁着夜色，打中华军一个措手不及，来个乱中取胜。但中华军对此早有准备，每一个营地都安排下了足够的守夜部队，结果西班牙军半点便宜也沒有占到，相反还阵亡了几十名士兵，只好又退回马尼拉城里去了。