而军队的问题还只是一个方面，随着战火蔓延到了比农多区，虽然西班牙人的注意力全部放在和中华军的战斗中，并没有对比农多区的华人再进行大规模的屠杀行为，相反还对华人进行了一些安抚，但在这里定居的华人也仍然感觉到了巨大危胁，在刚刚经历了巴里安区的大屠杀之后，谁还敢再相信西班牙人的鬼话，包括传教士的说教，也起不了任何的作用。
因为华人对天主教的信仰确实并不虔诚，大多数华人只是为了溶入马尼拉的生活，才不得不加入天主教的行列，当然华人对宗教也有相当大的包容性，往往都会同时信仰好几种宗教，因此加入天主教，也并不觉得有什么不妥，但在感觉到天主教的欺骗之后，有不少人在心里都己经放弃了天主教，包括一部份曾经是很忠诚的教徒。
而中华军抵达了马尼拉之后，连继打了好几场漂亮的胜仗，也使许多以前对中华军的战斗力信心不足的华人增加了不少的信心，因此也都纷纷撤移到南京商馆来，寻救保护，包括许多在先前就躲进深山或是其他地区的华人，也都投到了商馆来，也都结果在短短的几天时间里，又增加了四五千的华人。
现在商馆己经爆满，当然就住不下这么多华人，因此宋协昌和张庚秋父孑几人商议，将商馆的周边地区也都纳入进来，做为华人的临时避难场所。
但地区扩大之后，要防守的面积也就相当扩大，因此防守的任务压力也加大了不少。宋协昌和房箴、韦章裕经过了一番商议，在避难地区的外围设立五个防守据点，毎个据点安排一个连守卫，剩下的三个连作为总预备队，那里出现危险，就向那里増援。另外民兵的数量也扩大到一千二百人，主要是维持避难地区的治安，另外在必要的时候，也将参与战斗。
不过这样一来，中华军也没有足够的兵力对修道院发动进攻,因此宋协昌也不得不放弃这个计划，一心一意的守住现有的避难地区，等待着商毅的大军抵达马尼拉。
结果双方又都停下了军事行动，暂时以德尔×蒙塔修道院和南京商馆为核心，互相对持起来。不过双方在暗地里，都在拼力的准备，等待着发动进攻的最佳时刻。
而在随后的几天时间里，几乎毎天都有大批的华人投靠到避难地区来寻求保护，也使中华军保护下的华人数量进一步扩大，达到一万五千多人，而且还不见减少。避难地区的范围也只再度扩大，而为了有效保护避难地区，宋协昌只仔再増加一个据守战。但这样一来战线也拉得更长，而机动兵力也进一步减少。
另外在一开始，还有一些华人带着粮食物资逃到这里来避难，但到了后来，逃过来的华人几乎都是双手空空，但到了避难区，中华军还是管他们的吃喝，结果华人越聚越多，消耗的粮食为越来越大，本来还算是比较充足的粮食，又紧张了起来。
经过宋协昌、张庚秋等人对逃过来的华人询问之后才发觉，到了后期，绝大部份华人都是被西班牙人或者是土著给逼到避难区来，他们对华人不再进行大规模的屠杀，而是将华人从居住地里驱赶出来，不带任何物资，逼着他们投奔了避难所来，其中有不少人都是来自十分避远的地区。
宋协昌也意识到，这是西班牙人的诡计，加大避难区里的负担。虽然宋协昌也考虑过，再打劫几个农场庄园，取得一些粮食物资，但在前一阶段，商馆周边的农场庄园基本都被中华军洗劫一空了，如果再想打劫，就必须到更远的地区，至少需要一二天的路程。
同时宋协昌等人也从逃来的华人那里了解到，西班牙人也在四处调兵，增加实力，现在己经聚集了大约三四千土著兵，另外还在向其他的海岛调集兵力。还有多名我会，方济各会的传教士，也都在积集的活动，帮助西班牙军说服其他的土著部落，出兵相助。
得知敌方的兵力己经得到了扩大，宋协昌就更不敢在轻举妄动，因为一但出兵去抢劫其他的农场庄园，势必靠成避难区的守卫进一步薄弱，一但西班牙军乘虚进攻，后果将十分危险。而且就算打劫成功，在回归的半路上，也容易遭遇到西班牙军的袭击。
宋协昌也曾偿试过派遣一支从一个排为核，辅以六百多名民军，出去打劫农场，但民军都是刚刚组建，也没有经过任何的训练，根着中华军一起出战，打打酱油还不觉得有什么不好，而一但单独作战，就显出极大的不足，六百名民兵进攻一个只有一百多名农奴守卫的农场，竟然整整攻打了一天，还是没有攻下来，有两次中华军都己经打开了突破口，己经杀进农场里的民兵，居然还被农奴给打了出来，反而还损失了五六十人。
结果西班牙军得知以后立刻发来了援军，幸好是撤离得及时，才沒有遭受更重大的损失，但从那以后，宋协昌也不敢再派遣民兵单独出战了。
而一转眼就过去了差不多半个月，又没有粮食来源，眼看着人口越来越多，存粮越来越少，己经不足十天的供应了，而也不见援军的消息，宋协昌也十分焦急，有人甚致建议，放弃一部分华人，以减少粮食的消耗，也有人认为干脆集中力量去进攻德尔×蒙塔修道院将西班牙人的势力赶出比农多区。
在此其间宋协昌等人只收到了一封商毅的来信，说明现在南京发生事故，大军会迟缓一段时间来到马尼拉，不过商毅也给他们安排了另外一支援军，很快就能到达马尼拉，希望他们能够克服困难，坚守到底。