等张涛带着三十余名伙计在两个排的士兵保护下离开商馆之后，宋协昌又立刻组织剩余的伙计士兵，开始布置阵地防守。
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过了巴石河之后，阿科尼亚和郭纳爵告别了众人，按照张庚秋提供的地图来到了马尼拉城，虽然在路上也遇到了几批抢劫的土著，但他们都是传教士的服装，而且又是欧州人的样子，因此到也没有人为难他们，相反还主动给他们让路。到了马尼拉城也是一样，守在城上的西班牙士兵见是两名传教士，立刻打开城门，让他们进去。
马尼拉城本来只是吕宋岛土邦的首府，一五七一年，西班牙殖民者黎盖斯比从马尼拉湾登陆，入侵并占领了菲律宾，马尼拉就成为西班牙殖民者的首府，经过了七八十年的发展之后，尽管城市的规模并不大，但己经是一座纯欧式风格的城堡一，在城里最显眼的两座建筑是西班牙菲律宾总督府，和圣奥古斯丁大教堂，这是西班牙人占领马尼拉后建造的第一所教堂，也是奥古斯丁会的教会总部，奥古斯丁会是天主教会在马尼拉的势力最大的教会，马尼拉大主教实际就奥古斯丁会的大主教。
这时在菲律宾的总督府里，总督查孔现在和大主教弗朗西斯科发生了激烈的争吵。
原来这时进攻南京商馆的败军己经回到了马尼拉城，逃回来的西班牙士兵只有两个人，立刻向查孔报告了情况，有一支生理人的军队乘坐着三艘商船，己在马尼**陆，住进了中国商馆里，人数在五百人左右，全部都装了火枪，同时还有**武器。
查孔也不禁大吃了一惊，生理人的军队怎么突然到达马尼拉，因此对两个逃回来的西班牙士兵详细询问。不过对这两个士兵所说的情况，查孔多半不信，认为这两个人是故意夸大了生理人的实力，生理人的军队有五百人，到是可信，但全部装备火枪最对不可能，能够有一二百支火枪，就很不错了。那么一支五百人的军队，配有一百支左右的火枪，打败一支由十几名西班牙人指挥，一百多名土著的军队，这也是很正常的事情。
但现在让查孔有一些拿不定把握的是，这支生理人的军队是什么性质，也就是说，是属于国家军队，还是个人的私兵或者是海盗。这几点还是有很大的区别，虽然对中国的局势不大了解，但查孔到是也知道，中国现在正在发生内战，而前两次击退西班牙军的，其实只是中国的一个候爵领主的个人私兵。而且中国商馆也是他建立的，因此查孔估计，这支生理人的军队应该是这名候爵领主的个人私兵的可能性比较大，当然确切的结果，还是应该派人去侦察一下。
虽然查孔坚信，在几年以前两次进攻中国战斗的失败并不是生理人的战斗力有多强，而是前任总督科奎拉，远征舰队的司令官徳拉佩纳太无能，但査孔毕竟还是一个军人，虽然不懂什么战略上藐视，战术上重视之类的格言，既然敌人己经打到了自己的眼前，首先摸清楚敌人的实力，还是应该的。
但就在这时，马尼拉大主教弗朗西斯科来找査孔，原来逃回来的土著中有不少是天主教的信徒，回到马尼拉城上后，也向大主教报告了这一战的经过。而且有人还亲眼看见，传教士内格雷多被生理人抓去了。
西班牙军和土著的伤亡，弗朗西斯科当然不关心，但自己的传教士可不能不管，而且这个内格雷多还是弗朗西斯科的一个得力助手，很受大主教的看重，因此弗朗西斯科亲自来到总督府，要求总督立刻出兵，进攻南京商馆，救出内格雷多。
西班牙哈布斯堡王朝是以天主教的保护者自居，因此教会在西班牙及其殖民地拥有十分大的影响力，大主教的权势，在吕宋岛丝毫不逊色于总督，因为总督的权力，其实只限于马尼拉城及其周边地区，而吕宋基层的部落村社，几乎全都被教会控制，教会指派到部落衬社的牧师，实际就是基层的民政官员，拥有对土著进行收税，审判，处罚，行刑等权力。因此历任的菲律宾总督和大主教之间，都有很大的矛盾，当然在对外方面，两者还是能够基本保持一致的。
这一次来说，进攻南京商馆的大目标，双方是一致的，但查孔从军事角度出发，认为应该先弄清楚敌人的人数，实力目地，然后再发动进攻。但大主教却认为，这样太耽误时间，被异教主抓走的主的忠实仆从会有危险，应该立刻出兵，对异教徒发动进攻，解救主的忠实仆从。至于敌军的情况，完全可以无视，因为在主的光泽指引下，异教徒是注定要失败的。