第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京**的南部地区，使南京**在与清军作战时，沒有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军：军长李元胤，辖特种师、第六旅、第十七旅，
在新的军区编制中，湖广军区的兵力最多，这是因为湖广军区同时于清廷、吴三桂、永历朝三方接壤，因此面临的局面也最复杂，不过经历了独守黄州的历练之后，李定国也显示出了自己的名将潜质，因此商毅也十分放心的将湖北地区防守任务交给他。
南京军区也是五个军区中最小的一个，是由从过去的湖北军区中，分离出的第七军为主组成，司令部就设在南京，主要的任务就是保卫南京、杭州两地。司令员段鹏，副司令员何冲；参谋长张达江。总兵力为五万人。下设二个军：
第七军：军长田楚，辖特种师、三旅、二十一旅；
第十七军：军长张立东，辖二十五师、骑兵旅、三十三旅；
这样五个军区总计下来，中华虎贲军的总兵力为四十五万左右。而商毅计划，在扩充二到三个军，使总兵力超过五十万，另外再扩充十到十五的后备年，那么以后对清廷和南方作战，也就基本足够了。
而海军的编制就相对简单一些，中华伏波军的司令部设在杭州，另外在山东登州、苏州南通和台湾基隆也都设有海军基地。司令员成钢、副司令员黄震、以下仍是五个海军分舰队，一个西班牙雇佣兵舰队，和三个长江分舰队。
目前海军部共计拥有各种舰船三百零七艘，主力战舰有一百七十七艘，分别为一级战列舰一艘，二级战列舰六艘，三级巡洋舰四十七艘，四级称为驱逐舰七十八艘，五级护卫舰五十五艘；辅助战舰一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型战舰；另外还有飞剪船十八艘。
海军部的总兵力为五万七千人，其中包括基地后勤人员有一万四千，海军战斗人员有二万八千、水手、技术人负一万五千。
不过各舰队的最高长官将称为分舰队司令员。如果海军有出战任务，由多个舰队联合组成作战部队，将临时任命以联合舰队司令官，指挥作战。
由于跨海突袭作战取得完美的成功，因此人们的观念也在逐渐转变过来，这才完全理解商毅当初坚持要大力发展海军是多么有先见之明，对海军的作用也日益和重祀起来。
以目前海军部的规模来说，保护现在的中国沿海，以及威助震慑清廷的沿海、周边的日本、琉球、仍致菲律宾地区也是基本足够了，但想将南京**的海上势力扩展到更远的巴达维亚、澳州、甚致是印度地区，就显得有些不足了。毕竟中国的海岸线太长了，保护起来也需要庞大的兵力和舰队。
而且商毅也知道，清廷也己经开始建造战船，发展海军，虽然说清廷的海上基础十分薄弱，不仅缺少相关的技术人员，就是船员、水手也严重不足，加上海上观念更为落后，因此建立一支强大的海军，决不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，毕竟清廷有了海军之后，也有可能从海上向南京发动偷袭。
好在是收复了南京之后，江南造船厂对开始重新生产大型战船，因此商毅也决定，在明年把海军部编制出第六支分舰队来，使主力战舰的数量达到二百艘以上，并且寻找机会，开始向南方海洋扩展势力。