而在海面上，尽管日军逃回了一批战船，但海上力量根本就不是商家军的对手，因此商家军也完全可以纵日本沿海。
但球琉岛上的日军都要当做人质利用，因此成钢决定，对首里城中的日本，釆用困而不打的战术，暂时还是将他们留在首里城里，自己率领舰队，去攻击日本的本土，迫使德川幕府投降。
在琉球岛上，留下一个团驻守，同时还留下了一千海军的登陆部队，和西班牙雇佣军的陆军部队，在琉球岛上和首里城里后日军对持，牵制日军的兵力。第一、三分舰队和西班牙雇佣军舰队将组成联合舰队，进攻曰本，而第一旅的另一个团则随舰队一起出发，准备有可能会发生的登陆作战。
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长州藩的败军退回到日本之后，在日本也引发了一阵恐慌，因为长州藩的水军，在日本公认稳坐第一，如果连长州藩都遭败而回，那么还有谁能和商家军相抗衡呢？
毛利秀就也带着吉川广正来见德川家光，将这一场海战的经过向德川家光汇报了一遍，并且直言商家军的海军实力强得可怕，以现在的曰本，跟本不可能是对手。和商家军为敌，完全是自取灭亡，因此建议德川家光，立刻和商家军讲和，否则被困在琉球的萨摩、彥根两藩也无法救援。
德川家光刚听到长州藩败绩之后，虽然有些吃惊，但胜败毕竟是兵家常事，商家军既然可以打败萨摩藩，肯定是相当的实力，再打败长州藩也不足为奇。而且商家军自身，也不可能没有损失，因此德川家光又立刻下令，仙台藩的伊达宗忠，立刻派遣本藩水军参战。
仙台藩的第一任藩主就是日本著名的独眼名将伊达宗政，现在接任藩主的，是伊达宗政之子伊达宗忠。虽然在关原之战中，仙台藩站在德川军这一边，但伊达宗政一直都在打自己的小算盘，在双方激战正酣时，曾鼓动南部氏领内的和贺郡前领主和贺忠亲反叛南部氏，因此并不受徳川幕府的信任，并且一直都对仙台藩保持警戒，视其为潜在敌。不过仙台藩是曰本另一个比较善于使用水军的大名，因此在长州藩失败之后，德川家光也立刻调仙台藩的水军参战。
但听吉川广正说完这一战的经过之后，德川家光也十分震惊，他沒有想到长州藩的水军败得比传说中的还要惨，可以说是一场完败，而且如吉川广正所说的战场情况，就算是仙台藩的水军出战，结果仍然不会有任何改变。而且日本和商家军作战，将没有半点胜出的机会。
虽然德川家光怀疑，长州藩是不是有意保存实力，并没有用心作战，又故意夸大商家军的战斗力，好为自己的失败找借口。但长州藩出战时一百五十多艘战船，但回来时只剩六十余艘，这个事实也摆在眼前。要保存实力也不是这么个玩法，再加上三年以前，商家军又有大败萨摩藩的战绩，也让德川家光不由得不信。
于是德川家光立刻招集幕府大臣，商议对策。众人也是各予己成，众说纷云。但总体来话，喊打的声音己经大大降低了，因此商家军的战绩己经摆在那里，连败萨摩、长州二藩，萨摩藩被打得元气大伤，长州藩被打得举手叫饶，稍有理智的人都清楚，自己面对的是一个可怕的对手。虽然有一二个大臣还坚持和商家军作战到底，但他们的意见，被德川家光直接无视掉了。
既然不想打，那就应该选择和谈，那么是怎样一个谈法呢，商毅会提出那些要求，而德川幕府又能同意那些条件，是不是对中国开放通商口岸，而投靠了商毅的丰臣余众又该怎样处理，如果商毅要求德川幕府把权力重新还给丰臣家又该怎么办，还有现在应该派谁去和商毅谈判呢？等等。
结果还没等徳川幕府商议出一个结果来，德川家光又收到新的消息，商家军的船队己经杀过了横须贺，驶进了江户湾，从海上逼近了江户城。