洪承畴和勒克徳浑回到了南京之后，就立刻开始布置准备对湖北地区的商家军，发动第四次征剿。
不过洪承畴也清楚，这一次征剿如果再失败了，那么再想剿灭湖北地区的商家军，可就困难了，而且自己这次南下督师的任务，恐怕也难以完成了，因此必须一战成功。而战前的工作，也必须做到准备充足，万无一失才行。这也是洪承畴虽然回到南京快一个月了，才开始发动对湖北商家军的第四次征剿的军事行劫。
但时间长也有时间长的好处，这次的准备工作也确实做得十分充份，要征剿湖北的啇家军，首先就要保证南京的安全。只有南京万无一失了，洪承畴才能心无傍鸷的进攻湖北。因此洪承畴也决定，把鳌拜带来的五万人马，抽出三万，守住宁国府；又命满达海率军二万，驻守镇江府。多铎仍然驻守南京，一共有八万多人马，做为鳌拜、满达海的后授。
这样一来，清军在南京地区的总兵力达到了十三万以上，而且还可以随时从江西抽调援军，或者是从福建进攻浙江南部，牵制商家军的兵力，因此洪承畴和多铎也都觉得这样布置，南京地区确实万无一失。
而接下来，洪承畴才开始布置对湖北的用兵。通过对前三次征剿湖北商家军，由其是第三次的认真研究，总结，洪承畴己经十分了解商家军的战术，就是不拘一格，灵活多变，不在乎一城一地的得失，由其善于通过大规围的活动转移，调动清军的兵力，并且在运动的过程中，集中兵力，寻找战机，形成局部优势，通过穿插、分割、包围、突袭等战术，歼灭清军的有生力量。这也是商毅惯用的战术，在江淮、南京两战中，表现得淋漓尽致。
尽管商毅并不在湖北坐阵指挥，但湖北战区的主将显然己经深得这一战术的精粹，特别是在第三次征剿中，表现得尤为突出，说实话这一战打得，也令洪承畴赞叹不己。
洪承畴的应对方案是：以绝对的优势兵力，给商家造成巨大的压力，而是以守代攻，层层推进，步步进逼，并且在折冲要路，险要所在，多建寨立堡，形成连锁防线，以拒商家军运动突袭，并且以寨堡为营，小心谨慎，伺机进攻，以我为主，不为商家军的诱引所动。因此也决定分从东西两线，向商家军发动进攻，而自己将亲率一军，赶到黄州坐镇，居中指挥侧应。
东线的主将是勒克徳浑，兵力为六万左右，以蕲州为基地，首先攻取东南的广济、黄梅、宿松等地，然后向西北进攻蕲水、罗田。并命驻守凤阳府的谭泰出兵侧应。
西线的主将是怀顺王耿仲明，率领本部人马约五万余人，以徳安府和汉阳府两地为基础，由西向东进攻，首先攻取孝感、黄陂两县，然后进攻黄安，对商家军在湖北地区何治所麻城县，形成夹击之势。并且和耿仲明一齐进攻湖南的韩岱派兵侧应。
同时为了防止商家军再从大别山的北侧迂回，洪承畴又命驻守归徳府的阿山，派出三万人马，进取大别山北的商城、金寨。并且切断商家军向河南方向移动的道路。
这次征剿湖北，淸军确实出动了十五万左右的兵力，再加上黄州府地区原来的，以及其他各路侧应、接应的兵力，总计投入的兵力甚致可以超过二十万。也只有这样，才能够保证毎一路的清军都对商家军占有优势，不会再被商家军调动。同时洪承畴也传令各军，必须稳扎稳打，不得轻急冒进，但传令之后，也绝不许拖延，一定要形成四面合围之势，逐步挤压商家军的活动空间。
不过为此洪承畴也不得不从江地的凤阳、归徳两地抽调了相当的兵力。而为了防止扬州、山东的商家军趁虚进攻，洪承畴又下令驻守山东的阿巴泰，立刻从济南出兵，进攻鲁南地区，牵制山东商家军的兵力，而驻守江北的阿山、谭泰则全力防守扬州的罗远斌。
洪承畴的这次进剿计划，确实准备得十分周密，几乎面面俱到，但规模庞大，因此准备的时间自然也就短不了。而这时商家军也主动出击，率先夺取了蕲水县，接着又向黄州发动了进攻。洪承畴也不禁大吃一惊，一但黄州失守，清军就将失去一个据中指挥，调动的居点，协调东西两路人马，就会多了许多困难。洪承畴边不得不下令耿仲明，让他提前从西线发动进攻，吸引商家军的注意力，解黄州之困。
好在是尚善硬是守住了黄州，一直坚持到了耿仲明出兵，因此商家军也不得不撤了黄州之围，迎战耿仲明。而清军对商家军的湖北战区，第四次征剿战斗，也正式开始了。