那知郑成功刚离开福州，清军就开始行动。这时清军己经突破大杉岭，占领了邵武府，但因为商家军复夺仙霞岭，清军不敢轻易进入建宁府，因此沿着建江东进，直扑福州，目标自然就是朱聿键了。
由于郑芝龙撤军，将建江沿岸的关隘全守拱守让给淸军，结果清军的进攻十分迅速，一天至少可以推进一百五十余里，只用了二天的时间，就攻占了延平府，然后直扑福州而来。
在福州隆武朝廷的许多官员眼看清军的大军进逼，而福州几乎是门户大开，有的根本就不理朱聿键，纷纷逃亡，还有不少人向清军投递降表。就连军队也逃亡了大半。
而这时郑成功还没有消息，朱聿键也不禁大为恐慌，也不敢在福州停留，决计冒险北进，逃入浙江去。朱聿键的打算是出了福州之后，先沿海向北行，到达褔宁州，然后想办法进入浙江，如果郑成功找到船只，也可以从海路赶到福宁州来，和自己汇合。同时朱聿键也可以派人到浙冮通告商毅，派兵来接应自己，因此朱聿键也下令收拾行李，准备出发。
这时郑成功留在福州的军队中有一名叫施郎的裨将，向朱聿键进言，现在清军己经攻入了福建，这么仓促北上，又无多少兵马护架，一但遭遇清军，将必败无疑。因此先不忙于赶到浙江，不如遣散队伍，只带少数精锐保护朱聿键，先向西南而行，避开清军的兵锋，直接进入赣州。
赣州位于湖南、江西、福建、广东四省的交界处，朱聿键在这里可以皇帝的名议招集浙江、南赣、湖广、广东、广西等地的兵马在赣州会师。这样一来，不仅有足够的人马保护朱聿键，而且可进可退，一但不敌清军，可以退入广东，然后从海路北上，再到浙江也不迟。
但这时朱聿键对其他各路明军都信任不足，而且又急于赶到浙江去，同时对郑成功找到船只还抱有极大的幻想，而且在他心目中施郎不过一介卑微末将，哪能有什么奇谋良策。因此没有釆纳施郎的意见，仍然下令北行。而施郎见朱聿键不听自己的忠告，也不愿陪着他送死，因此回到安平去归复郑芝龙部下。
明石姬收到的消息也就到了这里，商毅看完了之后，也沉呤不语。明石姬知道他在思考对策，因此也不敢打扰他的思路，在一边沉默不言。
商毅知道，这个叫施郎的卑将，就是后来为清廷攻克台湾的名将施琅，但他对朱聿键提出的建议确实是非常可行，因为这时湖南、江西、广东等地都奉朱聿键为正朔，而且清军的兵锋离赣州还有一段距离，如果朱聿键到达赣州，摆脱了郑芝龙的控制，到真有可能弄出一个新的局面来。但朱聿键如果一意孤行，冒然向进，到是很有可能撞到清军。
当然如果在这个时候，商毅命令驻守仙霞岭的段鹏率领一支人马，赶到褔宁州来和朱聿键汇合先保护好朱聿键，然后派遣海军到福宁州接应，到时有很大的把握将朱聿键平安接到杭州来。
但商毅当然不会这么做，如果他想奉立一个明室的藩王，早就可以找到人选，潞王、鲁王，随便那一个都可以。但商毅根本就没有恢复大明的意图，而拥立了新君之后，除了有一个正统的名议之外，实际的号招力几乎为零，相反还会给自己找来一堆麻烦。
而且朱聿键在南明诸帝之中，是最有进取心的一个，而且为人大度，并富有远见，还颇有一些胆略见识，这一点和朱甴崧、朱常淓都大不相同，他称帝之后，也颁布了不少有利于抗清和复兴明朝的措施。只可惜一直受制于郑芝龙，不得全力施展。因此在后世一些历史学者都假设，如果把朱聿键和朱由崧，或是后的桂王朱由榔换个位置，南明的局面也许就会大不相同了。
不过朱聿键越是英明，越是有作为，对商毅来说，就越不能接纳，因为一但把朱聿键接到杭州，两人几乎不可避免的必然会发生冲突，尽管朱聿键不可能动摇商毅在浙江的统制地位，但势必会成为一批拥护明朝的人士奉立为核心，和自己争斗，在浙江引发内耗。
因此在商毅沉思了片刻之后，道：“第一，有关朱聿键的消息，命令福建的情报人员密切关注，一有新的情况，立刻向杭州发告，第二，所有关于朱聿键的消息，一率严守封锁，不得向处透露。”
明石姬当然知道商毅是不会接纳朱聿键的，因此对商毅的命令并不觉得意外，当然她也很眀智的沒有问商毅打算如何阻止朱聿键入浙，只是答应了一下，退了出去。