自从何滕蛟和堵胤锡夹击荆州的战役失败以后，在湖南的南明军也被迫转入防守，何滕蛟和堵胤锡分兵驻守长沙府和崇德府，以抵挡清军向湖南的进攻。
清军对湖南的进攻釆取东进西守的战术，由耿仲明首先派部将徐得功、连得成从岳州出兵，进攻新墙县。何腾章旷部署新墙县的防守，章旷派出招募的督、抚标下亲军守卫新墙县，由吴承宗、姚友兴、龙见明、满大壮四人率军两万驻守新墙县。
但被何滕蛟寄于厚望督标亲军根本就是一群乌合之众，等清军杀到之后，一下孑就被打得大败，结吴满大壮阵亡，龙见明被清军活捉，吴承宗、姚友兴等闻风丧胆，弃地南逃，新墙也被清军占领。
何腾蛟和章旷闻迅之后，也都大为震惊，为了挽回败局，两人又聚了五万大军，准备复夺岳州，由章旷督兵由湘阴进军，王进才和王允成部带领的水师由湘水进军，两路大军浩浩荡荡水陆并进，企图一举攻下岳州，进而收取湖北。并且还移文堵胤锡，让他从常徳出兵接应。堵胤锡接报之后，也命忠贞营马进忠出兵，北入长江顺流，进攻嘉鱼，配合何腾蛟作战。
清军的岳州守将马蛟麟见南明军势大，一面守城，一面向武昌请援。耿仲明也立刻派儿子耿继茂率部将石明雄、宋国辅、潘孝等人来救援岳州。
那知清军的援军还没有到达岳州，马蛟麟带着副将李显功率六百名骑兵出击，在万由桥迎战明军的先锋黄朝宣、刘承胤部的一万人马。结果一战下来，明军又被杀得大败，而这时清军的援军也赶到战场，趁势追杀五十余里，接着又击败王允成部的水师。章旷一直败回了湘阴。
幸好这时，受堵胤锡节制的马进忠部率军由长江东下，直至嘉鱼县六矶口，使清军回军相救，这才使章旷得以守住了湘阴。但章旷败阵，使马进忠也不敢在嘉鱼县久留，只好也回兵崇德。而这一战又遭失利，使章旷、何腾蛟更是愧恨交加。
而这时耿仲明又亲自率大军，乘着大胜明军之势，出动大兵直取长沙。清军进迫，明军根本就不堪一击，纷纷如鸟兽散。章旷率军放弃湘阴逃往长沙，同督师何腾蛟商量对策。但何滕蛟这时也是策手无策，只能向驻守常德的堵胤锡救援。
堵胤锡收到了何滕蛴的求救之后，立刻派造马进忠、王允才部赶来救援长沙。但马、王二部还在途中时，清军就已经直趋长沙城下。何腾蛟、章旷眼看援兵未到,也不敢于清军交战，只好乘船南撤，弃城而逃，结果清军兵不血刃,就占领长沙。
随后清军又乘势两路进军，一路进攻常德府,一路逅击何滕蛟。
因为这时长沙己失守，堵胤锡在常徳府也是孤掌难鸣，因此也守不住常徳，和忠贞营一起，败退到菱东地区，暂时驻守,等待时机。而何滕蛟却是兵败如山，连续放弃衡州、宝庆、辰州等地，一直败退到永州。章旷在败退途中染病，死于永州，偏沅巡抚傅上瑞、部将董英、黄朝宣等人都向清军投降。
到这个时候,湖南之地仅仅只剩一个永州,其他的地方基本都被清军占领了。
而耿仲明正要乘胜进军，夺取衡州，与尚可喜在湖南南部会师的时候，洪承畴的命令传来，令耿仲明把湖南交由韩岱管理，率领本部人马，立刻返回武昌，准备参加清军第四次征剿湖北商家军的战斗。
三次进攻湖北都惨惜失败，相反还使湖北地区的商家军实力越来越强，地盘越来越大，由其是第三次进剿失利之后，整个黄州府都差不多被商家军占领了。尽管在这个时候，清军在湖南、江西、福建的战场上都连连得手，但洪承畴依然是忧心忡忡，毕竟现在清廷最大的敌人还是商家军，而不是其他的南明势力。这也让洪承畴觉得，如果再不尽快剿灭湖北的商家军，以后恐怕就越来越难了。
现在湖南、江西、福建都己经平定了下来，而且鳌拜部也己经到达南京，洪承畴还从江西带回来五万人马，兵力是足够了，因此洪承畴也觉定，立刻再对湖北的商家军发动新一轮的进攻。回到南京，把郑芝龙送走
而这一次把耿仲明也调回来进攻湖北，主要是不想让他和尚可喜顺利在湖南南部会师，因为当初分派吴三桂、尚可喜、耿仲明三人进取南方的时候，就作了精心的安排，把他们三人分割开，现在吴三桂远在四州，不足为患了，但一定不能让耿仲明和尚可喜再汇合了。同时洪承畴也打算借这次进剿商家军的机会，消耗耿仲明的实力，不过洪承畴自然不可能向阿济格做得那么明显。
虽然耿仲明心里不愿意，但这时只有他一个人，可不敢违抗洪承畴的命令，只好把湖南的事情和韩岱做了交接，然后带着本部的人马，返回武昌。
韩岱则带领大军，继续向永州发动进攻，然后与尚可喜、金声桓等人会师，继续南下，进攻两广地区。