长江舰队是在七月八日从通州的基地出击,在江阴、靖江等地汇合聚集，然后分成三队，逆江而上，向南京方向驶进。同时成进、杨武丞两路人马也分别向镇江、宁国府逼近。
坐镇南京的多铎也收到了尚善发回来的告急，在得知清军在湖北战区惨败，就连黄州都岌岌可危，多铎也觉得大为震惊，但这时南京一带的守备兵力己不足十万，根本派不出援军。
幸好就在这时鳌拜率领第二批援军南下，多铎也立刻下令鳌拜部在庐州、舒城、六安州一带驻扎，准备进入湖北战场，再一次对湖北地区的商家军发动进攻。多铎也估计到，商家军虽然击败了清军的第三次进剿，但自身也不可能一点损失都没有，同时兵力也一定疲惫，如果这时鳌拜部加入湖北战场之后，立刻对商家军再次发动进攻，取胜的机会还是很大的。
但就在这时，浙江的商家军也又一次向南京发动了进攻。因此多铎也不敢大意，只好先命鳌拜在庐州驻扎，静观其变。如果南京能够抵抗得住商家军的进攻，那么鳌拜就仍然率军进入湖北地区作战，如果南京危急，就立刻调鳌拜渡江，増援南京。
同时他也立刻调兵遣将，命镶蓝旗固山额真屯齐率领三万人马，驻守宁国府，命贝孑满达海，率两万人马，驻守镇江，同时也命水军出击，迎战商家军。
自从上一次水战取胜之后，清军也认识到火船进攻战术确实是十分有效的一招，虽然在上一战中，清军自己也烧掉了二百多艘船，实际损失的战船数量比商家军还多，但仍然还是按这个思路备战，因此从湖广调来近大量的船只，又凑齐了二百多艘船只，还是按三艘一组,用铁锁连起,组成了七十多组火船。只是由于火船属于一次性用品，清军不敢轻易出击，只能等着商家军主动进攻过来。
因为这时洪承畴正在江西督战，因此这次水战也由水军提督刘梦蛟亲自指挥。不过在上一战中清军是如何取胜的，刘梦蛟跟洪承畴在一条船上坐镇指挥，可是看得清清楚楚，回到南京之后，刘梦蛟也把这一战的经也反复思考研究，做到心里有底。这一次出战，刘梦蛟也自信可以再把商家军的水军烧一个落花流水。
清军依然还是以火船为先驱，每二十组火船一排，在江面上横向展开，一共排了三排，最后才是清军的八十余艘主力战船。
但等刘梦蛟看到商家军的战船时，也不禁有点傻了眼，因为商家军一共只出动八艘战船，排成了两条纵队，逆江而上，向清军的阵列冲杀了过来。而在远远的数里之外，隐隐约约还可以看到无数的帆蓬正在起伏晃动。
“商家军怎么就派出这么几条船来了呢？”
现在让刘梦蛟感觉到左右为难的是，自己到底该不该放火船呢？如果放出火船，眼前可就只有这么八艘船，其他的大队战船都在数里之外，就箅火船可以顺着江游飘，但等漂到商家军的大队战船那里，估计自己也先烧得差不多了，用二百多艘火船去烧这八艘船，值得吗？
但如果不放火船，对方可马上就要杀到自己的阵前了，自己怎么应战呢？虽然商家军只来了八条船，但刘梦蛟可是一点也不敢掉以轻心啊，因为他可是记得十分清楚，在上一战中，商家军就是一艘战船，竞然就硬从清军的一百多艘战船的阵列中杀入，击沉击伤清军的战船达近三十艘，然后又平安的杀出重围，顺利返航，现在想起来，刘梦蛟都觉得有些不可思意。
虽然这八艘船比上一次突入清军船队的那艘战船要小一些，但如果让这八艘船都杀入自己阵中，将会是一个什么样的后果，刘梦蛟真的都不敢再想下去了。
但究竟放不放火船迎战呢？这可真是一个难以选择的问题。这个时候刘梦蛟也不禁有气，商家军打仗，怎么就不按套路来呢？明明有那么多战船，为什么就只派出八艘船出战呢？这不是为难人吗？
事实上这就是黄震和长江舰队的各分舰队指挥官想出的应对火船的战术之一，因为火船一但烧起来，必须是成片成排，只有这样才能够形成规模，让敌人难以躲避，因此黄震首先只派出八艘逐驱舰，由第一分舰队的指挥官何滨亲自指挥，做为第一批进攻战船，看清军怎么办？如果清军放火船，商家军最多也就是损失这八艘战舰，主力仍在，等火船都烧光之后，再出动主力船队与清军决站。
当然这第一批的八艘战船都需耍冒很大的风险，为了方便穿透火船的阵列，全部都是使用的操纵更加灵治的逐驱舰，第一分舰队的两艘巡洋舰，都被放在第二梯队中。
如果清军不放火船，那么这八艘战舰就直接杀入清军队中，和清军展开混战，主力船队再随后跟上，让清军根本就没有施放火船的机会。