就在江北、江南的局势都得到了缓解以后，清军又一次向商家军在湖北地区建立的根据地发动了进攻。
尽管现在商家军的湖北根据地建立还不到三个月的时间，但发展十分迅速，特别是李岩和李牟兄弟到达麻城之后，带来了一批行政管理人员，接手了根据地内的民政管理工作，也使李定囯和九师的官兵从繁重的民政工作中解放出来，可从全心投入到训练新兵、备战清军的工作中来。
而李岩、李牟都有足够的经验，一到麻城之后，立刻把带来的行政人员分散到黄安、麻城、罗田三县的各村中去开展工作，迅速在各村中建立基层的行政系统，制定田租税率，分配田地。对各村民忿较大的地主豪强势力给予坚决的打压，而对一些欺压行为较少则网开一面，只是沒收他们的大部份田地财产，不伤害他们的性命。而少数对乡里做过些好事的地主豪强还被授予管理职务。
并且在农民中间加大了抗击清军，打击豪强，保卫家园的宣传力度，充份发动农民的积极性，组建民兵，实行村村联保。也使商家军在三县的统治基础迅速稳定下来。
同时也对俘虏的清兵进行分类处理，满人和关外的汉人做苦力，而在关內的汉族人，由其是本地区的汉族人侧实行宽大政策，尽力说服动员他们能够留下来加入商家军，共同抗击清军，保卫家园，等赶走了清军之后，保证人人有田种，都能过上平安的生活，而对想离开的人也不阻拦，立刻放行。
上一次俘虏的清军绝大部份都是本地人，而且大部份都是农民，佃户出身，商家军的宽大政策也感动了他们不少人，有一大半都愿意留下来加入商家军，也有一部份表示回家之后，领着家人一起来投奔商家军。只有一小部份人不作表态。而李定国和李岩也没有为难他们，想回去的，不管有没有理由，都让他们自由离开，同时还发给二两白银作路费，只是警告他们不要再当清兵,给满人当帮凶来打汉人。
加上投降过来的清兵，现在商家军已经招募了新军四千多人，另外还组建了民兵五千余人。实际控制的域区东到稀水、西到滠水，南抵举水中游，面积达数千平方公里，人口约有二十万。同时李定国还派出二十二团，向大别山里发展，占据了白沙关、黄土关、长岭关等大别山南北要路的重要隘口，并且准备向大别山以北的地方发展，真正实现以大别山为核心，横跨湖广、河南两省的地区。
而就在这时，阿济格派出的正蓝旗满洲梅勒额真珠玛喇，率领着清军，也来到了黄州，准备征剿盘据在这里的商家军。
真珠玛喇这次带来了一万五千清兵，其中属满八旗及三大管所属的人马有三千余众，其中包括一千名火铳兵，属汉军八旗及绿营的人马有四千余众，也有一千名火铳兵，和五十门各种火炮。包衣跟役有两千余人，其余全都是这次南征以来，收降的明军。
在南京战役中，真珠玛喇吃商家军的亏可是不少，因此他丝毫也不敢大意，到达了黄州之后，立刻招集官员以及上一战中逃回来的败军，询问上一战的详细经过，以及商家军的虚实，因为一直到现在，淸军还弄不明白，盘居在大别山的商家军到底有多少人马。
后来听说商家军居然还放回来不少人，真珠玛溂也下令把这些放回来的兵勇都招集起来询问。同时又派出一些探子，去打探商家军的虚实。但商家军到底有多少人马，在黄州谁也弄不清，因为现在谁都不敢到商家军的控制区里去。而派出去的探子有大部份都被活动，少部份虽然逃回来了，但都没有深入进去，只说商家军戒备森严，各村都组织了民兵放哨守卫，对陌生人盘查得十分仔细，而且清军中间的汉兵大多都是北方人，口音差异很大，因此想要混进去非常难。
不过根据黃州的官员、士兵、放回来的俘虏的述说，再加上真珠玛喇自己的判断，估计在湖北境内的商家军不会很多，应该在三四千左右，最多也不超过五千人。
因为按真珠玛喇的经验，一支孤军深入到敌人后方的军队想要站稳脚跟，必须要占领几个大城市才行。只有占了大城市，才能抵挡敌人的进攻，才能获得税收和补济。而这支商家军显然没有占领大城市的能力，他们明明都攻下了黄州，结果还是主动放弃了，只占据了大别山外围的几座县城，一付随时都准备逃进大别山里去的样子，这就充份说明，这支商家军的兵力并不多。