最后商毅还表示，为了表示自己的诚意，把外州暂时让给鲁王存身，而对潞王那边，赠送给他们十万两白银、一万石米。其实商毅的打算就是让他们安心的呆在原地别动。这点钱粮对商毂来说，只是一个小数目，并不算什么，而处州是浙江和福建交界的地方，福建是郑芝龙的地盘，让给鲁王定居，也是在自己和郑芝龙之间建立一个缓冲带，虽然商毅的郑芝龙己经达成了贸易协议，但互相之间一直都在防着对方，只不过实力平衡，才相安无事，现在商毅要全力迎战清军，不想和郑芝龙发生冲突。
张煌言不知就里，还以为商毅这是一片好心，因此也对商毅颇为感激，向商毅道谢之后，也立刻就告辞，返回温州去向鲁王报信，而黄宗羲却沉着脸不说话，只是向商毅拱了拱手，然后转身就走，第二天也没有来向商毅辞行，只是派人来通告了一声，就离开了杭州，转回徽州去了。
商毅对这些事情并不在乎，相反在第二天的［杭州时报］上正式公布了自己的主张，现在的［杭州时报］己经在南方传插的很广，虽然这时南京失陷，［杭州时报］已经不能向西发行了，但在南方一直传到两广地区，都有发行，虽然等［杭州时报］到达两广地区以后，至少己经晚了五天，但依然还是供不应求。
当然也把南京之战的全部过程，还有商家军的战绩，包括钱谦益写的劝降顺表，还有商毅回应的抗清诗，也都一一展现在南方的民众面前，有许多百姓，甚致是官员，都是靠［杭州时报］来了解南京的战事，因为自从过年开始，南京的邸报就己经停止了。
而随着［杭州时报］的传播，商家军的威名也在南方进一步扩大，因为在皇帝己死，清军攻入城市中的情况下，商家军依然能够以不足三万的孤军，对抗十数万清军，坚守了南京达一个月之久，同时还给清军造成了大量的伤亡，确实是十分难得，大多数人可不会管什么党争不党争，谁在真正的抗击清军，谁在空喊口号，不干实事，可以看得一清二楚。
在黄宗羲和张煌言都离开杭州之后，商毅也把精力都投入到备战上来，现在防守计划都己经布置好了，当务之急是将兵力都布置到位，而且前一阶段的战斗减员还要补充，而新军的中下级军官缺口也都要选拔，这些工作都要赶来淸军新一轮进攻之前完成。
另外就是武器装配也要跟上，由其是现在枪枝不足的情况下，应该如何分配有限的武器，也是一个让人头痛的问题，还有预备军也要再扩充，商毅也决定，在浙江地区再扩充十个预备旅，争取在今年再扩充十万左右的军队，这样才能够保证商家军扩张之后，兵力不致于再不足了。
不过商家军在南京的努力作战到也并没有白费功夫，尽管清军终于在占领了南京，但自己也蒙受了不小的损失，也需要修整一段时间，因此阿济格也决定，暂时停止了军事行动。以稳固南京的防守为主。这样一来，也给商家军赢得了不少的时间，商毅一面准备，一面等待着湖北那边，李定国的消息。
黄宗羲和张煌言分别回到了徽州和温州以后，果然不出商毅所料，两方面的拥立大臣都积极的反对潞王、鲁王去杭州。其实他们根本就沒有想过，另一方是否会答应商毅的要求，反正只要保证自己不会失势就行了。同时也展开了激烈的口水大战，互相指责，都宣称自己才是正统，而对方没有资格监国等等。因为现在清军停止了进攻，也使他们都能够安下心来进行论战，你来我往，也争得不亦乐乎。
而南方其他的各势力见商毅采用两不得罪的态度，而清军暂时又没有继续进军的迹像，因此也都纷纷打起了自己的小算盘，在各地方有一点势人的官宦豪族也都在打算找一个朱氏的后裔奉立，也过一过当官的瘾，而一些藩王也都在积极活动，寻找支持的势力，也坐一坐龙庭，享受几天万岁的称呼，反正大家都是各取所需。尽管有人没有找到藩王奉立，也扯起虎皮拉大旗，自立山头，当家做主，反正在每一个乱世之中，也都不乏混水摸鱼的人。
不过平静的局面终究只是暂时是，清军迟早都是要重新开始发动进攻。