在随后的三天时间里，商毅也下令商家军，向驻守在南京城里的清军发动了连续的进攻。
而这时清军在南京城里的驻守兵力只有四万左右，在兵力上己经不占多少优势，但火器部队大半都留在了南京，由其是火铳兵，还有近万人，另外还有火炮百余门。因为在此前的战斗中，商家军一直都是保持守势，而这一次商家军却主动进攻过来，因此阿济格也觉得，这个机会也十分难得，到是可以和商家军一战。从前几天的经验来看，和商家军的作战，最好的办法还是以火器来对付火器，现在自己也有足够的火器部队了，应该可以和商家军展开正面战斗。
在经过十几天的反复拉距之后，南京中部城区的建筑己被催毁了大半，只剩一间间残辕断壁，依稀还保留着几分城市的格局，另外还有好几处街道的大火未灭。街道上满是碎瓦残砺，而且百姓的尸体也随处可见。
这一战商家军出动的是李定国的第九师，兵力为一万左右，而清军也出动了一万二千人，包括有五千火铳兵、和二千弓箭手。两方的兵力大致相当，但因为是在城市中作战，中重型火炮难以定位瞄准，不过在九师的炮兵团中，有两个炮兵营无法参战，因此实际的兵力只有八千五百人，比清军要少一些。
在李定国下令进攻之后，八师的两个步兵团立刻分散成以营为单位，向前突进，而每个营又是以二个连为一组，一个连突前，一个连稍后掩护，并伺机使用小型火炮支援，这样一共分为十六个小队，展开面几乎覆盖了整个中部城区。虽然这时城区基本都被催毁，但在废墟中仍然可以找到许多掩体，因此各营在突进的过程中，各自寻找掩体掩护自己，然后依次前进。
商毅在鼓楼上看得十分清楚，清军是以火铳兵、弓箭兵和其他士兵合作成纵队，从街道上向前推进。不过现在清军的主导思想依然还是逼近商家军之后，进行近身的作战，火铳兵和弓箭手只是为其他士兵提供火力掩护，最终还是依靠近战来结束战斗，因此并没有像商家军那样依赖于掩护。但还是将兵力分散展开，向商家军这边逼近过来。
不过经过十几天的城市战之后，清军也积累了不少巷战的经验，知道在城市中作战，不能将兵力扎推，而是要尽力将兵力展开，才能发挥自己在兵力上的优势，另外厚重的盔甲也影响了士兵们的灵活性，因此清军的弓箭手和火铳兵也都换上了轻便的皮甲，只有长枪兵还穿着厚甲，以便在接身作战的时候取得优势。至少和十几天以前相比，清军的巷战水平确实有了不小的进步。
这时在战场上，有些街道上的双方士兵己经进入了射程，在掩体后面己经做好了准备的商家军士兵立刻向清军开枪射击，一阵枪声响起之后，受到打击的清军也纷纷寻找掩体后面躲避，而火铳兵和弓箭手也都开始还击，重甲步兵也马上退后，把阵地交给火铳兵和弓箭兵。这时商家军押后的队伍也速度赶了上来，利用残墙的掩护，加入了战局中。
双方你来我往，用火枪弓箭互相对射，枪声也响个不停，确实有几分近代战争的味道了。
但很快清军就发现，这样互相对射，对自巳非常不利，因为商家军是人手一支枪，可以全部投入战斗，而清军有相当一部份兵力不能参与这种对射中，再加上商家军全是使用的**撞击发射的燧发枪，在射程上比清军使用的火绳枪要略远，但射击速度却要快了近一倍，而清军的弓箭射速到是很快，精度也很高，但在射程上却要短了近一半，因此双方刚一接触，清军就明显处于下风。
不过因为现在双方是互相对攻，因此商家军的火力并不强，而且在经过了最初的打击之后，清兵也都巳经隐藏好了自已的身形，虽然对商家军造不成什么危胁，但清军的损失也并不大。
但这时清军的重甲步兵虽然退出了商家军的一般步枪的射击距离，但却仍在线蹚枪的射程之内，每一队商家军都有十名狙击步兵压阵，这时虽然清军的火铳兵和弓箭手都找到了掩体躲藏，但最后的重甲步兵却马上成为狙击步兵的猎杀目标。