虽然商毅是用商量的口气在向众大臣询问，但现在谁都清楚，整个太和殿都己在商毅的控制之中，甚致说整个南京也都被商家军接管了，他想怎么样做，谁也阻栏不了，何况现在众大臣的头脑里都是一片空白，谁也拿不出一个办法来，因此也只能听商毅的。
于是商毅也立刻下令，让安徳烈带领着第二警卫连在太和殿外布守，第一警卫连抽出三个排，每个排找两个宫中待卫带路，在皇宫里搜找淸廷细作的位置，同时又命吴亮带一个排立刻出宫，到钟鼓楼去找在那里驻守的段鹏，立刻把特种旅带到皇宫里来。
安派完这些事情之后，商毅才又命太监把太和殿里的尸体收拾一下，并扯下纱帘蒙好，而朱由崧的尸体，先暂时用几张桌子拼戌一大台放置，也用一块幕帘给蒙上。同时又把倒了桌椅都扶起来，让众大臣就坐。等待着商家军的大队人马赶到皇宫来。
而还沒等这些事情做完，在太和殿外，有一个警卫排己经回报，说着清廷的细作又杀回来了，而在大殿里，不少官员又慌了起来，有些宫女甚致都吓哭了。商毅对史可法和吴甡道：“两位阁老，这里面就交给你们照看，我出去指挥。”
史可法也点了点头，道：“你放心吧，这里面就交给我们了。”
商毅出了太和殿，虽然除夕之夜没有月光，但今晚天气睛好，星光也十分明亮，基本可以看得清楚，只见在殿前的广场，人影密布，至少也有四五百号人。商毅也不禁有些吃惊，想不到清廷竟然混进来了这么多的人。
原来早在十月的时候，清廷就想尽各种办法，向南京渗透细作人员，前前后后总共派出了有近千人。按说这么多人潜入南京，不可能一点蛛丝马迹都没有留下，就算东林党无能，但玄皇教总能发现一点什么，只是当时整个南京都陷入东林党的内斗之中，就连玄皇教也被牵到大量的精力，因此除了玄皇教发现紫明楼这个据点以外，对于其他的情况几乎一无所知。
等商家军进南京之后，淸廷的潜入人员己经隐藏好了，只等着行动的时机。而且在商家军抄了紫明楼之后，商毅也以为将清廷的细作基本清除，因此也放松了追查，当然这也和阿济格的大军到达了南京城外，商毅的主要精力投入到军事方面也有关。
这时夕颜进宫也有一年多的时间了，因为她很受朱由崧的宠爰，加上又有玄皇教的扶持，因此她在皇宫里面，也建立起自己的势力范围，借着这个有利的条件，夕颜也帮助相当一部份清廷的细作人员，以太监、待卫的身份作掩护，潜入皇宫里隐藏。
同时夕颜也对皇宫內部的布防情况了如指掌，在她的指点下，今天晚上，清廷潜入南京的所人人员里应外合，全面行动。由夕颜和杨护法在内，不动声色的杀死朱由崧，引发局面大乱，而外围由周护法指挥，首先控制住午门，然后分头行动，将皇宫的待卫首领全部暗杀，其他待卫也都缴械关押，因此尽管在太和殿上打得十分热闹，但却沒有待卫赶来支援。
而且在皇宫中杀死商毅，也是今晚行动的一个重要目标之一，因为只有在今天晚上的除夕夜宴，商毅才会脫离商家军的保护，也是他防护力最为薄弱的时候，正是杀他的最好机会。当然朱师成也是另一个重要目标，不过这也是夕颜和清廷合作的条件。
虽然在宴会上戌功的击杀了朱师成，但谁也没有想到，商毅一直小心防范，而且他全身的武装也太过厉害，在外面的人员还没有到达之前，夕颜和杨护法等人竟被他轻易杀死，而且等周护法带人进攻太和殿，也被商毅牢牢挡住，一直坚守到援军赶来。
不过虽然己经连续错过了几次下手的机会，但现在商毅仍然还在皇宫里，任务也就没有完全失败，刚才进攻太和殿的清军撤退，也并不是放弃了，周护法带人暂时撤离了太和殿之后，立刻派人从皇宫各外调集人手，聚集了五六百人，再次来攻打太和殿，同时这一次周护法也下定决心，一定要不昔代价，将商毅杀死在太和殿里。因此也立刻下令,再一次向太和殿发动进攻。