在朱由崧升朝的第二天，朝野上下都钱谦益、黄宗羲、候恂等人群起而攻之，就连有一些东林党的成员为加入了攻击他们的阵营中，弹亥的奏章也如雪片一样飞向朝中来，仅仅只一天的时间，弹亥的奏章就达到二百多份，昔日的正人君子，道德楷模，在一夜之间就变成了王莽、曹操之流的叛逆谋位之臣。而就在当天，钱谦益、黄宗羲、候恂等十七人因为承受不住这舆论巨大的压力，终于集体辞职。
好在朱由崧只是批准了他们的辞职，到也没有对他们进行什么追究。然后立刻下旨，将史可法和吴甡官复原职，仍出任首辅和次辅。而东林分裂之后的南京的政治争斗又一次发生了戏剧性的变化。
因为史可法现在就住在南京，因此当天就被招入宫中复职，全权负责南京的防务，而史可法一上任，并且代表内阁提议，调商毅率军进南京驻守，也立刻得到了朱由崧的批准，并且决定以高弘图和司礼监掌印太监王德化为使，到杭州去调商毅，同时也是招吴甡回南京任职。
而且史可法还怕商毅不来南京，又亲自给商毅写去了一封信，请他千万以大局为重。并又给吴甡也写了一封信，请他尽力劝说商毅出兵。
高弘图和王德化是十二月二十日从南京出发，两人也知道现在情况危急，不容耽误，因此也是一路急行，这时江南入冬以后的第一场大雪已经过去了，气温也有些回暖，虽然路上还有不少化雪的积水，但也算比积雪好走，而且由其是从湖州到杭州的这段路，都是新路，宽阔而平整，也没有积水，行程也大大加快，在二十二日就到杭州，而在进城的时候，两人也受到了商毅和吴甡的热烈欢迎。
在宣读完朝廷的诏书之后，商毅也立刻表示，自己和东林党人并无私仇，为国效力，义不容辞，而且在浙江地区的兵马粮草物资都己经准备好了，明天自己就会出兵，赶到南京去驻守，也请两位使者放心。
高弘图和王德化听了，也不禁大为安心，想不到商毅一口就答应了下来，而且连史可法的书信都没有出示。不过这样一来，南京到是还有守住的希望。
原来就在高弘图和王德化到达杭州的前一天，玄皇教的密使明石姬己经赶到杭州，面见商毅陈述利害，并且表示，现在东林党己经不是障碍了，而且玄皇教可以控制南京的局面，因此只要商毅愿意率军入南京驻守，玄皇教愿意尽一切力量配合商毅，守卫南京，抵抗清军。
其实在南京发生的事情，商毅也早就知道了，也觉得在金殿上发生的事情十分好笑，想不到朱由崧居然能够想出这么一招，在金殿上让东林党吃这样一个闷亏，当然这一切都玄皇教在背后指使策化的，到是真不容易。不过皇帝当到这一步，也确实够可以了。商毅并没有怀疑明石姬的话，因为凭朱由崧的智商，肯定想不出这种损招，看来玄皇教确实己经牢牢的把朱由崧抓在手里了，在剪除了东林党之后，也的确可以控制整个南京的局面。
虽然商毅己经做好了南京沦陷，以浙江的力量来抵抗清军的打算，但那些都是建立在东林党死都不肯调自己去驻守南京的最坏打算上，从商毅心里来说，还是十分希望能够守住南京的，因为南京不失，清军就不可能绕过南京来进攻浙江地区，这样一来，浙江地区不用直接去面对清军的兵锋了，也可以大大减轻战争给浙江地区带来的破坏和影响。对浙江地区还是大有益处的。而且还可以加强自己抵抗清军的纵深空间，和回旋余地。
另外同时南京是整个南方的政治经济中心，又是现在南明的首都，因此无论是在战略意义上还是在政治意义上，守住南京，整个南方的抗淸局面，都是十分重要的。因此商毅在和明石姬商谈过之后，也决定立刻出兵，尽全力守住南京。
不过虽然决定出兵，但商毅也知道，想守住南京可并不容易。现在南京面临的局面确实十分危急，因为清军从长江两岸齐头并进，沿江的战略要占几乎全都失守，南京城也直接暴露在清军的兵锋面前。
虽然南京城的城防设施十分坚固，但需要防守的面积太大太广，至少也需要五到六个师才能完全守住，而现在的商家军，也不可能把这么多的兵力都集中在南京城里驻守。因此商毅也迅速作出计划，只以少量兵力驻守在南京城里，守住几个关建的要点，在清军进攻时，可以适当弃守几处城门，把淸军放进城里来，并且利用城市內的街道要点地区和自已对南京环境的熟悉，和淸军打巷战。